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Yorodumi- PDB-5tj4: Gasdermin-B C-terminal domain containing the polymorphism residue... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tj4 | |||||||||
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Title | Gasdermin-B C-terminal domain containing the polymorphism residues Gly299:Pro306 fused to maltose binding protein | |||||||||
Components | Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Gasdermin-B fusion protein | |||||||||
Keywords | LIGAND BINDING PROTEIN / alpha helices / fusion protein / C-terminal domain / 1 SNP | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cytotoxic T cell pyroptotic cell death / wide pore channel activity / killing by host of symbiont cells / programmed cell death / cardiolipin binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / pyroptotic inflammatory response / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phospholipid binding ...cytotoxic T cell pyroptotic cell death / wide pore channel activity / killing by host of symbiont cells / programmed cell death / cardiolipin binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / pyroptotic inflammatory response / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phospholipid binding / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.5 Å | |||||||||
Authors | Chao, L.K. / Herzberg, O. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Gene polymorphism linked to increased asthma and IBD risk alters gasdermin-B structure, a sulfatide and phosphoinositide binding protein. Authors: Chao, K.L. / Kulakova, L. / Herzberg, O. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tj4.cif.gz | 991 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tj4.ent.gz | 807.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tj4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5tj4_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5tj4_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | |
Data in XML | 5tj4_validation.xml.gz | 179.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5tj4_validation.cif.gz | 244.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/5tj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/5tj4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tibS S: Starting model for refinement |
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-Assembly
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