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Yorodumi- PDB-6d1u: Crystal structure of the human CLR:RAMP1 extracellular domain het... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d1u | |||||||||
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Title | Crystal structure of the human CLR:RAMP1 extracellular domain heterodimer in complex with adrenomedullin 2/intermedin | |||||||||
Components |
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Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / CGRP receptor / class B GPCR / peptide hormone / amidated peptide | |||||||||
Function / homology | Function and homology information calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity ...calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / feeding behavior / positive regulation of heart rate / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / coreceptor activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / digestion / negative regulation of blood pressure / protein localization to plasma membrane / G protein-coupled receptor activity / intracellular protein transport / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / receptor internalization / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / protein transport / heart development / outer membrane-bounded periplasmic space / G alpha (s) signalling events / angiogenesis / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / receptor complex / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein phosphorylation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli O157:H7 (bacteria) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | |||||||||
Authors | Pioszak, A. / Roehrkasse, A. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Structure-function analyses reveal a triple beta-turn receptor-bound conformation of adrenomedullin 2/intermedin and enable peptide antagonist design. Authors: Roehrkasse, A.M. / Booe, J.M. / Lee, S.M. / Warner, M.L. / Pioszak, A.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d1u.cif.gz | 705.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6d1u.ent.gz | 583.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d1u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6d1u_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6d1u_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 6d1u_validation.xml.gz | 62.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6d1u_validation.cif.gz | 90.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/6d1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/6d1u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4rwgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 66304.562 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O157:H7 (bacteria), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Gene: malE, Z5632, ECs5017, RAMP1, CALCRL, CGRPR / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P0AEY0, UniProt: O60894, UniProt: Q16602 #2: Protein/peptide | Mass: 1925.002 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 129-147 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q7Z4H4*PLUS #3: Polysaccharide | #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 13% v/v PEG 3,350 0.1 M Na cacodylate, pH 6.5 0.15 M DL-malic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Apr 5, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 128678 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.136 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 965268 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4rwg Resolution: 2.05→45.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 11.622 / SU ML: 0.154 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.159 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 158.52 Å2 / Biso mean: 66.542 Å2 / Biso min: 30.12 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→45.64 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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