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- PDB-4emz: HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adapti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4emz
タイトルHIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain)
要素
  • AP-1 complex subunit mu-1
  • MHC-I
  • Protein Nef
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Human immunodeficiency virus 1 / HIV / Nef / MHC-I / antigen presentation / host defense / Adaptor protein complex 1 / Mu1 adaptin subunit / sorting motif recognition / CLASP / membrane trafficking / viral hijacking / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endosome to melanosome transport / AP-1 adaptor complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / protein trimerization / negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / platelet dense granule organization / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / melanosome assembly / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...endosome to melanosome transport / AP-1 adaptor complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / protein trimerization / negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / platelet dense granule organization / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / melanosome assembly / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / MHC class II antigen presentation / thioesterase binding / CD4 receptor binding / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / MHC class I protein binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / host cell Golgi membrane / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / vesicle-mediated transport / regulation of calcium-mediated signaling / viral life cycle / Neutrophil degranulation / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / trans-Golgi network / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / SH3 domain binding / virion component / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / antibacterial humoral response / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / early endosome membrane / early endosome / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / synapse / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / Mu homology domain, subdomain B / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site ...Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / Mu homology domain, subdomain B / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / AP-1 complex subunit mu-1 / Protein Nef
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jia, X. / Xiong, Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis of evasion of cellular adaptive immunity by HIV-1 Nef.
著者: Jia, X. / Singh, R. / Homann, S. / Yang, H. / Guatelli, J. / Xiong, Y.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Protein Nef
D: MHC-I
E: MHC-I
B: Protein Nef
A: AP-1 complex subunit mu-1
M: AP-1 complex subunit mu-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3656
ポリマ－114,3656
非ポリマー00
水32418
1
C: Protein Nef
D: MHC-I
M: AP-1 complex subunit mu-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1823
ポリマ－57,1823
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
2
E: MHC-I
B: Protein Nef
A: AP-1 complex subunit mu-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1823
ポリマ－57,1823
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.324, 112.471, 114.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21B
12D
22E
13A
23M

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLYSLYSCA7 - 2047 - 204
21LYSLYSLYSLYSBD7 - 2047 - 204
12ARGARGGLNGLNDB315 - 3302 - 17
22ARGARGGLNGLNEC315 - 3302 - 17
13TRPTRPGLNGLNAE159 - 4232 - 266
23TRPTRPGLNGLNMF159 - 4232 - 266

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Protein Nef


分子量: 23586.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: NL-43 / 遺伝子: nef / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q90VU7
#2: タンパク質・ペプチド MHC-I


分子量: 2748.915 Da / 分子数: 2 / Fragment: CYTOPLASMIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04439*PLUS
#3: タンパク質 AP-1 complex subunit mu-1 / AP-mu chain family member mu1A / Adaptor protein complex AP-1 mu-1 subunit / Adaptor-related ...AP-mu chain family member mu1A / Adaptor protein complex AP-1 mu-1 subunit / Adaptor-related protein complex 1 mu-1 subunit / Clathrin assembly protein complex 1 medium chain 1 / Clathrin coat assembly protein AP47 / Clathrin coat-associated protein AP47 / Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin mu-1 subunit / Mu-adaptin 1 / Mu1A-adaptin


分子量: 30846.578 Da / 分子数: 2 / Fragment: sorting motif recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap1m1, Cltnm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35585
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch underoil / pH: 6.5
詳細: 0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, Microbatch underoil, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 26098 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.9-35.71100
3-3.126.21100
3.12-3.276.211000.65
3.27-3.446.211000.423
3.44-3.656.2199.90.25
3.65-3.946.111000.157
3.94-4.336.111000.093
4.33-4.96611000.069
4.96-6.245.9199.90.089
6.24-405.5199.60.07

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.530.1880.1020.53
2Se54.1560.6570.2580.1410.428
3Se600.860.1990.2880.639
4Se25.0910.1690.3370.2940.294
5Se16.7920.210.1750.3820.261
6Se31.1340.2350.1770.4510.269
7Se44.0380.4550.9340.090.271
8Se600.4070.0070.3950.325
9Se10.5420.0140.4650.155
10Se56.5410.3770.9040.0540.235
11Se600.9480.2980.3470.289
12Se600.7840.1720.320.281
13Se24.4870.050.1460.3320.152
Phasing dmFOM : 0.64 / FOM acentric: 0.63 / FOM centric: 0.66 / 反射: 22301 / Reflection acentric: 19931 / Reflection centric: 2370
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.3-29.8390.930.950.871179852327
5.2-8.30.860.870.7834922946546
4.1-5.20.850.860.7742823798484
3.6-4.10.710.720.6641143752362
3.1-3.60.450.450.4463185857461
2.9-3.10.240.240.2429162726190

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC5.6.0116精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / SU B: 43.897 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.833 / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27795 1317 5.1 %RANDOM
Rwork0.22268 ---
obs0.22543 24623 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 117.856 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å20 Å2
2---2.48 Å2-0 Å2
3---1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6755 0 0 18 6773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.026633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9559397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.553315257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0785818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86422.738336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.35151171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7271562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11C4621X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
12B4621X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
21D326X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
22E326X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
31A8386X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
32M8386X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.978 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 105 -
Rwork0.374 1765 -
obs--99.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5951-1.2740.55463.7854-0.8220.71980.0439-0.11420.0809-0.28020.2016-0.6027-0.0515-0.0993-0.24550.4263-0.09910.10520.355-0.03090.5543-22.1926-31.836111.893
21.5640.56940.3412.62760.61850.2320.23460.03610.135-0.6863-0.0889-0.5743-0.1946-0.0793-0.14570.6074-0.0190.21230.33070.00540.4386-21.1285-39.37252.5189
34.5716-0.7185-2.02840.38751.60387.1820.3864-0.02530.9534-0.1126-0.1633-0.0451-0.0015-0.6934-0.22320.6727-0.181-0.3380.35410.12320.6045-47.8506-13.61681.859
41.4683-1.77930.49643.969-0.02650.4356-0.0669-0.30820.3203-0.174-0.0084-0.36810.0553-0.23230.07530.3562-0.0347-0.01850.3726-0.00190.4998-39.1447-18.887410.9753
50.85261.2943-1.96292.0129-3.08654.76960.19050.38050.31060.04630.59970.5826-0.0102-0.7274-0.79020.40110.1138-0.37240.33480.09541.0226-54.2522-50.41866.2545
61.0052-0.47160.28273.87911.20980.58480.14940.14450.08940.1498-0.1840.08150.09730.06470.03450.4848-0.11970.09550.38540.04980.5012-38.2302-43.339112.6215
71.45751.3816-0.24381.82880.39582.23690.1402-0.13470-0.259-0.10370.3849-0.0377-0.0848-0.03650.5508-0.0031-0.33130.20890.04060.616-42.8819-55.57916.1268
87.2063-3.213-1.8992.2498-1.0715.03830.85330.7094-0.5518-0.4365-0.04610.60520.064-0.7605-0.80720.9060.0318-0.35460.1613-0.00670.7566-39.5824-63.4332-2.6885
91.21850.3624-1.03095.750.98012.4187-0.25570.1884-0.5754-0.91420.0853-0.17690.96170.12520.17040.89980.1217-0.14440.1722-0.10030.3935-33.6572-64.66210.4938
100.11951.27760.465514.76325.35751.9456-0.06760.0492-0.017-0.9337-0.03740.281-0.32250.00060.1050.5422-0.0524-0.06690.4562-0.12540.3093-35.131721.6563.9446
110.40720.0203-1.24650.0043-0.06413.8393-0.0230.1728-0.01530.0186-0.0303-0.0492-0.1287-0.48430.05330.4603-0.0954-0.36210.3772-0.03330.801-46.22297.594913.8053
121.4053-1.76970.7074.118-0.75920.38780.1375-0.0669-0.2391-0.65120.03960.21220.00430.0457-0.17710.50540.0162-0.04950.4831-0.03710.3807-24.00418.082719.0607
134.18120.6622-0.96661.66440.77333.8836-0.1902-0.01110.001-0.3470.03760.3183-0.2918-0.42730.15260.43330.0871-0.10080.35410.02120.4343-41.203627.158317.07
1411.5142-5.7025-0.2474.5023-0.49690.2351-0.2494-0.6491.52970.10.76580.6422-0.0035-0.1455-0.51640.45280.1726-0.13470.2520.21161.3907-41.676136.240323.2209
1523.69891.8891-9.616729.01595.54615.29130.8408-0.2124-0.806-0.4495-0.8217-1.3201-0.4577-0.0463-0.0190.45860.0197-0.03140.5056-0.08480.3572-7.464911.21920.4251
1612.4894-4.6741-2.07333.81551.59830.6846-0.0342-0.00340.2782-0.33510.0283-0.0393-0.1978-0.00440.00590.45030.0248-0.03290.430.05190.2647-21.246927.552324.0279
1710.173710.907110.915716.985810.50911.9992-0.09140.1877-0.02651.86040.1733-0.3213-0.53770.1683-0.08190.7318-0.00250.00210.36360.06930.7011-30.8836-29.260823.1019
185.90450.19370.02621.39850.20420.04370.1496-0.5608-0.6736-0.2541-0.1378-0.065-0.09320.0366-0.01190.4854-0.0886-0.08570.37860.07810.4235-27.071-47.50314.2337
191.47011.2187-0.45145.2847-0.2350.1672-0.3064-0.20810.00040.66140.3401-0.17460.05660.0524-0.03370.52980.0583-0.07610.50750.03210.2619-13.405516.306333.6797
201.831-0.12510.39521.0888-0.94371.8146-0.1533-0.4148-0.17730.53030.28530.0256-0.2369-0.2843-0.1320.53970.14170.04140.4936-0.0270.186-23.166721.553637.9154
210.2101-0.95250.41685.6955-0.63252.12150.0026-0.0163-0.04280.00470.13440.15710.1939-0.1485-0.1370.3116-0.0481-0.11610.39260.07930.4587-17.2454-14.224126.8482
221.3155-0.2304-0.23452.1539-0.66450.2808-0.1042-0.1011-0.08350.08330.08460.0668-0.0343-0.01320.01970.45110.0171-0.04520.46340.03090.3198-17.291715.112128.8891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A159 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2A212 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3A271 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4A289 - 423
5X-RAY DIFFRACTION5B12 - 61
6X-RAY DIFFRACTION6B62 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7B83 - 131
8X-RAY DIFFRACTION8B132 - 179
9X-RAY DIFFRACTION9B180 - 203
10X-RAY DIFFRACTION10C8 - 16
11X-RAY DIFFRACTION11C17 - 64
12X-RAY DIFFRACTION12C65 - 81
13X-RAY DIFFRACTION13C82 - 179
14X-RAY DIFFRACTION14C180 - 203
15X-RAY DIFFRACTION15D314 - 319
16X-RAY DIFFRACTION16D320 - 332
17X-RAY DIFFRACTION17E315 - 319
18X-RAY DIFFRACTION18E320 - 331
19X-RAY DIFFRACTION19M159 - 211
20X-RAY DIFFRACTION20M212 - 270
21X-RAY DIFFRACTION21M271 - 381
22X-RAY DIFFRACTION22M382 - 423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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