PDB-6zpx: Structure of Unliganded MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Type 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zpx

タイトル

Structure of Unliganded MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Type 1

要素

MgGH51

キーワード

HYDROLASE / arabinofuranosidse / glycosidase / GH51

生物種

Meripilus giganteus (トンビマイタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of a GH51 alpha-L-arabinofuranosidase from Meripilus giganteus: conserved substrate recognition from bacteria to fungi.
著者: McGregor, N.G.S. / Turkenburg, J.P. / Morkeberg Krogh, K.B.R. / Nielsen, J.E. / Artola, M. / Stubbs, K.A. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

履歴

登録	2020年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zpx.cif.gz	461.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zpx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zpx_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zpx_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6zpx_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	6zpx_validation.cif.gz	46.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zpsSC 6zpvC 6zpwC 6zpyC 6zpzC 6zq0C 6zq1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zpy-d 6zq0-d 3n95-7 6zpw-d 3n95-6 3n93-4 6zq1-d 1os2-7 4cce-d 6zpv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: MgGH51

ヘテロ分子

69.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.980, 65.801, 193.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

MgGH51

分子量: 67687.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Meripilus giganteus (トンビマイタケ)
発現宿主:

Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 mg/mL MgGH51 in 10 mM NaOAc, pH 5.5, 100 mM NaCl mixed 2:1 with 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 6.5, 0.2 M NaNO3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→82.28 Å / Num. obs: 188207 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 6 % / Num. unique obs: 9226 / CC_1/2: 0.778 / R_pim(I) all: 0.422 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZPS

6zps

解像度: 1.3→62.362 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.155 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2174	9384	4.99 %
R_work	0.1781	178687	-
all	0.18	-	-
obs	-	188071	99.86 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.808 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.335 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.622 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.713 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→62.362 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4769	0	124	643	5536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	5114
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.899	1.679	7042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.593	1.589	10295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.365	5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.442	23.291	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.423	15	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.759	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	5840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.114	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.834	1.853	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.818	1.852	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.077	2.789	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.084	2.789	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.622	2.062	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.622	2.062	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.797	3.029	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.801	3.03	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.673	23.338	5783
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.552	22.828	5646
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.843	3	9535

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.333	629	0.34	13150	X-RAY DIFFRACTION	99.588
1.334-1.37	0.328	719	0.312	12725	X-RAY DIFFRACTION	99.9182
1.37-1.41	0.315	625	0.291	12376	X-RAY DIFFRACTION	99.8387
1.41-1.453	0.3	609	0.273	12090	X-RAY DIFFRACTION	99.7878
1.453-1.501	0.281	645	0.248	11672	X-RAY DIFFRACTION	99.8379
1.501-1.554	0.254	607	0.219	11275	X-RAY DIFFRACTION	99.8991
1.554-1.612	0.212	509	0.195	11041	X-RAY DIFFRACTION	99.9135
1.612-1.678	0.199	554	0.171	10531	X-RAY DIFFRACTION	99.9459
1.678-1.753	0.219	527	0.155	10124	X-RAY DIFFRACTION	99.9156
1.753-1.838	0.207	514	0.144	9687	X-RAY DIFFRACTION	99.9902
1.838-1.938	0.198	544	0.148	9188	X-RAY DIFFRACTION	99.9692
1.938-2.055	0.199	457	0.153	8723	X-RAY DIFFRACTION	99.9891
2.055-2.197	0.196	434	0.145	8253	X-RAY DIFFRACTION	99.931
2.197-2.373	0.205	417	0.139	7658	X-RAY DIFFRACTION	99.9629
2.373-2.599	0.181	400	0.14	7068	X-RAY DIFFRACTION	99.9866
2.599-2.906	0.206	330	0.149	6452	X-RAY DIFFRACTION	99.9705
2.906-3.356	0.217	284	0.179	5749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.356-4.109	0.213	250	0.19	4880	X-RAY DIFFRACTION	100
4.109-5.81	0.195	210	0.157	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
5.81-62.362	0.228	120	0.204	2222	X-RAY DIFFRACTION	99.2373

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