PDB-6zps: Structure of Unliganded MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Ty...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zps

タイトル

Structure of Unliganded MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Type 3 Collected at 2.75 A

要素

MgGH51

キーワード

HYDROLASE / arabinofuranosidse / glycosidase / GH51 / Sulphur SAD

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Meripilus giganteus (トンビマイタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.795 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of a GH51 alpha-L-arabinofuranosidase from Meripilus giganteus: conserved substrate recognition from bacteria to fungi.
著者: McGregor, N.G.S. / Turkenburg, J.P. / Morkeberg Krogh, K.B.R. / Nielsen, J.E. / Artola, M. / Stubbs, K.A. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

履歴

登録	2020年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zps.cif.gz	279.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zps.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zpvC 6zpwC 6zpxC 6zpyC 6zpzC 6zq0C 6zq1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zpv-d 6zpy-d 6gwr-d 6zq1-d 5v6y-2 3zr6-d 6d1u-1 5v6y-1 5v6y-4 3n95-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: MgGH51

ヘテロ分子

72.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.171, 84.171, 257.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-934- HOH
2	1	AAA-1551- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	MgGH51 分子量: 67687.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Meripilus giganteus (トンビマイタケ) 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 784分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mg/mL MgGH51 in 10 mM NaOAc pH 5.5, 100 mM NaCl mixed 2:1 with 1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaOAc, pH 5-6, 35% glycerol PH範囲: 5-6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Conductive cooling through pin / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.755 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.755 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→257.35 Å / Num. obs: 74070 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 70.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 35.1
反射シェル	解像度: 1.79→1.8 Å / 冗長度: 21.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique obs: 4624 / CC_1/2: 0.91 / R_pim(I) all: 0.142 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		data processing
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.795→80.128 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.7 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1784	3570	4.827 %
R_work	0.1438	70385	-
all	0.145	-	-
obs	-	73955	84.529 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.521 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.389 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.389 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.778 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.795→80.128 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4790	0	285	751	5826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5351
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.792	1.698	7387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.514	1.605	10706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.071	5	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.417	23.105	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.996	15	715
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.855	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	956
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	4194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.282	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.481	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.588	1.834	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.585	1.832	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.137	2.742	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.137	2.743	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.806	2.183	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.805	2.184	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.009	3.178	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.008	3.178	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.181	24.131	6088
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.853	23.272	5862

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.795-1.841	0.212	270	0.16	5592	X-RAY DIFFRACTION	92.1264
1.841-1.892	0.201	174	0.155	3535	X-RAY DIFFRACTION	59.9483
1.892-1.947	0.289	98	0.229	2246	X-RAY DIFFRACTION	38.7054
1.947-2.007	0.211	222	0.148	4454	X-RAY DIFFRACTION	79.7
2.007-2.072	0.204	207	0.148	4003	X-RAY DIFFRACTION	74.185
2.072-2.145	0.187	246	0.145	4756	X-RAY DIFFRACTION	90.5339
2.145-2.226	0.186	252	0.131	5086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.226-2.317	0.214	181	0.146	3336	X-RAY DIFFRACTION	68.3842
2.317-2.42	0.172	253	0.122	4710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.538	0.165	201	0.122	4519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.538-2.675	0.183	178	0.133	3489	X-RAY DIFFRACTION	81.7068
2.675-2.838	0.18	203	0.138	3833	X-RAY DIFFRACTION	93.9041
2.838-3.033	0.171	213	0.147	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.033-3.276	0.178	202	0.156	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.276-3.589	0.169	136	0.16	2975	X-RAY DIFFRACTION	89.2427
3.589-4.013	0.151	141	0.137	2509	X-RAY DIFFRACTION	82.8384
4.013-4.633	0.137	133	0.117	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.633-5.674	0.149	119	0.125	2320	X-RAY DIFFRACTION	100
5.674-8.022	0.195	93	0.173	1821	X-RAY DIFFRACTION	100
8.022-80.128	0.268	48	0.201	1117	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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