PDB-1gve: Aflatoxin aldehyde reductase (AKR7A1) from Rat Liver

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gve

タイトル

Aflatoxin aldehyde reductase (AKR7A1) from Rat Liver

要素

AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE / AFLATOXIN B1 / SUCCINIC SEMIALDEHYDE OXIDOREDUCTASE / AKR7 FAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

Aflatoxin activation and detoxification / aflatoxin catabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) / aflatoxin metabolic process / : / NADP+ binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Kozma, E. / Brown, E. / Ellis, E.M. / Lapthorn, A.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of Rat Liver Akr7A1: A Dimeric Member of the Aldo-Keto Reductase Superfamily
著者: Kozma, E. / Brown, E. / Ellis, E.M. / Lapthorn, A.J.

履歴

登録	2002年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月21日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gve.cif.gz	275.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gve.ent.gz	222.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gve.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gve_validation.pdf.gz	504.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gve_full_validation.pdf.gz	513.2 KB	表示
XML形式データ	1gve_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	1gve_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/1gve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/1gve	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1exbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2g2i-d 4gt4-d 2clp-2 1dqs-d 2fdc-1 2clp-6 1c4o-d 2bp1-2 1e0x-d 2clp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (4)

登録構造単位

A: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

B: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

ヘテロ分子

75.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.540, 64.680, 112.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.97152, -0.04903, -0.23181), (-0.03974, -0.99822, 0.04455), (-0.23358, -0.03407, -0.97174)
ベクター: 8.0454, 10.75928, 66.67067)

#1: タンパク質	AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3 / AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE / AFLATOXIN ALDEHYDE REDUCTASE / AKR7A1 / AFB1-AR / B1 ALDEHYDE ...AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE / AFLATOXIN ALDEHYDE REDUCTASE / AKR7A1 / AFB1-AR / B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 1 / RAFAR1 分子量: 36789.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 器官: LIVER / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38918, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: DATA EFFECTIVELY 100% COMPLETE TO 1.7A RESOLUTION. DATA WERE ANISOTROPIC RESULTING IN THE LOW COMPLETENESS AT HIGH RESOLUTION

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: SITTING DROP METHOD WITH 1MICROLITRE PROTEIN (6 MG/ML) AND 1MICROLITRE WELL 20% PEG8K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20 %	PEG8000	1	reservoir
2	0.2 M	lithium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	sodium citrate	1	reservoir	pH5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.83
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射	モノクロメーター: TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.83 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→30 Å / Num. obs: 134602 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 43
反射	PLUS Num. obs*: 158665
反射シェル	PLUS % possible obs*: 42.8 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EXB

1exb

解像度: 1.38→28.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 2.993 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	7094	5 %	RANDOM
R_work	0.158	-	-	-
obs	0.159	3768	73.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→28.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4895	0	133	504	5532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	5173
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.701	1.971	6992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	2.207	3	10745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.3	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.3	4636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.296	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.5	495
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.042	0	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.3	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.195	0.3	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.579	0.5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.589	1.5	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.143	2	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.338	3	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.577	4.5	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.38→1.42 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.297	198
R_work	0.295	3768

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6672	-0.3374	0.6864	0.7703	-0.2576	1.7787	-0.0072	0.2314	-0.0409	-0.2043	0.0768	0.1059	-0.1213	0.0019	-0.0695	0.2371	-0.0467	0.0038	0.0133	0.0235	0.1442	33.099	9.292	10.766
2	1.0061	0.3275	0.4754	0.2288	0.1027	0.5242	0.03	-0.1489	-0.01	-0.0011	0.0132	0.023	0.0417	-0.1193	-0.0432	0.1609	-0.0151	0.0398	0.0505	0.0212	0.1914	38.501	0.604	47.945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 327
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1328
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 327

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 134602 / R_factor R_free: 0.178 / R_factor R_work: 0.157

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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