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Yorodumi- PDB-2clp: Crystal structure of human aflatoxin B1 aldehyde reductase member 3 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2clp | ||||||
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Title | Crystal structure of human aflatoxin B1 aldehyde reductase member 3 | ||||||
Components | AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE FAMILY 7 / NAD / NADP / TIM BARREL / SSA REDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information aldehyde metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / aldo-keto reductase (NADPH) activity / Oxidoreductases / electron transfer activity / Golgi apparatus / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Debreczeni, J.E. / Marsden, B.D. / Johansson, C. / Kavanagh, K. / Guo, K. / Smee, C. / Gileadi, O. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. ...Debreczeni, J.E. / Marsden, B.D. / Johansson, C. / Kavanagh, K. / Guo, K. / Smee, C. / Gileadi, O. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Oppermann, U. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Human Aflatoxin B1 Aldehyde Reductase Member 3 Authors: Debreczeni, J.E. / Johansson, C. / Kavanagh, K. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Oppermann, U. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2clp.cif.gz | 662 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2clp.ent.gz | 541.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2clp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2clp_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2clp_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | |
Data in XML | 2clp_validation.xml.gz | 76.3 KB | Display | |
Data in CIF | 2clp_validation.cif.gz | 99.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/2clp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/2clp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2bp1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 39052.223 Da / Num. of mol.: 11 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): R3 / References: UniProt: O95154 #2: Chemical | ChemComp-NDP / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | DISCREPANCIES FOUND IN THE SEQUENCE ARE DUE TO KNOWN DIFFERENCES BETWEEN VARIANTS. THE SEQUENCE ...DISCREPANC | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.2 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 600 NL SITTING DROPS 0.05 M CACL2, 10% ETHYLENE-GLYCOL, 0.1 M TRIS PH 8, 20% PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.008 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Aug 5, 2005 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.008 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→59.09 Å / Num. obs: 92971 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.98 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.16 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.1 Å / Redundancy: 4.84 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2BP1 Resolution: 3→164.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 53.159 / SU ML: 0.423 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.431 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.3 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→164.4 Å
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Refine LS restraints |
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