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- PDB-5xgx: Crystal structure of colwellia psychrerythraea strain 34H isoaspa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xgx
タイトルCrystal structure of colwellia psychrerythraea strain 34H isoaspartyl dipeptidase E80Q mutant complexed with beta-isoaspartyl lysine
要素Isoaspartyl dipeptidase
キーワードHYDROLASE / Colwellia psychrerythraea / Isoaspartyl dipeptidase / IadA / beta-isoaspartyl lysine
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / beta-aspartyl-peptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M38, beta-aspartyl dipeptidase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Peptidase M38, beta-aspartyl dipeptidase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ASPARTIC ACID / D-LYSINE / Isoaspartyl dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Lee, J.H. / Lee, C.W. / Park, S.H.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and functional characterization of an isoaspartyl dipeptidase (CpsIadA) from Colwellia psychrerythraea strain 34H.
著者: Park, S.H. / Lee, C.W. / Lee, S.G. / Shin, S.C. / Kim, H.J. / Park, H. / Lee, J.H.
履歴
登録2017年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoaspartyl dipeptidase
B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,34510
ポリマ－85,5252
非ポリマー8208
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area28060 Å2
手法PISA
2
A: Isoaspartyl dipeptidase
B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

A: Isoaspartyl dipeptidase
B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

A: Isoaspartyl dipeptidase
B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

A: Isoaspartyl dipeptidase
B: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,38140
ポリマ－342,1008
非ポリマー3,28132
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area30230 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area92170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.878, 107.878, 155.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Isoaspartyl dipeptidase


分子量: 42762.508 Da / 分子数: 2 / 変異: E80Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (strain 34H / ATCC BAA-681) (バクテリア)
株: 34H / ATCC BAA-681 / 遺伝子: iadA, CPS_1869 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q484B6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DAS / D-ASPARTIC ACID / D-アスパラギン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#4: 化合物 ChemComp-DLY / D-LYSINE / D-リシン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 146.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 1 M ammonium citrate tribasic pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50.01 Å / Num. obs: 36407 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 31.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.33→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.989 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24636 1910 5 %RANDOM
Rwork0.18886 ---
obs0.19177 36407 95.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.708 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.72 Å2-0 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5780 0 40 334 6154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.9638054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0752.99812862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5035758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19724.59244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.28315970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.9971528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.173.7893044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1683.7883043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6335.6593798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6345.663799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0384.2392886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0384.2412887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0716.1714257
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.27245.9816555
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.24545.8126488
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.332→2.392 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 138 -
Rwork0.237 2705 -
obs--97.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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