PDB-6jc2: Crystal structure of the Fab fragment of ipilimumab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jc2

タイトル

Crystal structure of the Fab fragment of ipilimumab

要素

ipilimumab fab heavy chain
ipilimumab fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ipilimumab / CTLA-4

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Heo, Y.S.

引用

ジャーナル: Bull.Korean Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Fab Fragment of an Anti-CTLA-4 Antibody, Ipilimumab, Used for Cancer Immunotherapy
著者: Lee, J.Y. / Lee, H.T. / Lee, S.H. / Lim, H. / Heo, Y.S.

履歴

登録	2019年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jc2.cif.gz	175.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jc2.ent.gz	145.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jc2_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jc2_full_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示
XML形式データ	6jc2_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	6jc2_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ibu-2 5waw-d 5ywf-2 1a4j-2 5ibu-1 1dbj-d 1kem-d 1a4j-1 5jor-3 5ywf-1 6srv-2 2fjf-10 5vh3-1 4h20-d 2aj3-3 6a0x-1 6ws6-3 3mnv-1 6xli-1 1it9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: ipilimumab fab heavy chain

L: ipilimumab fab light chain

ヘテロ分子

48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.614, 119.614, 82.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: 抗体	ipilimumab fab heavy chain 分子量: 24894.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#2: 抗体	ipilimumab fab light chain 分子量: 23477.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 10000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Acetate pH5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→30.8 Å / Num. obs: 17797 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 51.59 Å² / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→30.785 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2625	906	5.09 %
R_work	0.202	-	-
obs	0.2051	17797	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.03 Å² / B_iso mean: 61.0695 Å² / B_iso min: 28.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.65→30.785 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3256	0	20	35	3311
B_iso mean	-	-	108.78	57.01	-
残基数	-	-	-	-	426

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6502-2.8161	0.3331	140	0.284	2755	2895	99
2.8161-3.0334	0.3325	166	0.2768	2752	2918	99
3.0334-3.3383	0.3295	138	0.2471	2794	2932	100
3.3383-3.8206	0.2647	148	0.2069	2797	2945	99
3.8206-4.8106	0.2089	159	0.1633	2831	2990	99
4.8106-30.7867	0.245	155	0.178	2962	3117	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8382	-1.2152	0.6256	2.6363	-0.5707	2.8818	-0.3351	-0.6136	0.4912	0.4232	0.0126	-0.0345	-0.4592	-0.4377	0.2976	0.3774	0.0345	-0.0543	0.4807	-0.1108	0.5036	1.0902	-24.4848	30.2539
2	2.6579	-0.1551	-0.7199	1.1115	0.338	1.5608	-0.0349	0.2677	0.0114	-0.1634	0.0207	-0.1168	-0.1378	-0.0642	0.1111	0.3168	-0.038	-0.0313	0.322	-0.0011	0.4344	18.408	-31.1376	8.4724
3	6.1442	0.7893	-3.5367	1.4974	0.7123	5.4667	0.0016	0.0442	0.0578	-0.1673	-0.0911	-0.0825	-0.1815	-0.0068	0.0413	0.3364	0.0262	-0.0993	0.3025	0.0048	0.55	-12.3394	-31.0207	10.2553
4	2.9952	-1.5991	-0.3031	1.3652	0.7831	0.7916	-0.11	0.2748	-0.1617	-0.0028	0.0626	-0.0184	0.1714	-0.0591	0.0934	0.4512	-0.0735	0.0062	0.4751	0.0407	0.5401	12.0638	-43.8102	2.25
5	8.193	-1.9946	2.4166	3.4667	-1.0501	4.15	0.2294	0.5573	-0.6551	-0.2313	-0.0496	-0.04	0.576	-0.0132	-0.2252	0.4665	-0.0889	0.0419	0.4344	0.0164	0.5486	18.7279	-47.9378	-3.7113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 83 )	H	1 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 84 through 218 )	H	84 - 218
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 1 through 91 )	L	1 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 92 through 164 )	L	92 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 165 through 214 )	L	165 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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