+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ia3 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | urate oxidase under 220 bar (22 MPa) of argon | |||||||||
![]() | Uricase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / aspergillus flavus / homotetramer / purine metabolism / argon / high pressure | |||||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Prange, T. / Colloc'h, N. / Carpentier, P. | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparative study of the effects of high hydrostatic pressure per se and high argon pressure on urate oxidase ligand stabilization 著者: Prange, T. / Carpentier, P. / Dhaussy, A.C. / Girard, E. / Colloc'h, N. #1: ![]() タイトル: Current trends in X-ray Crystallography. Intech Open books 著者: Colloc'h, N. / Marassio, G. / Prange, T. #2: ![]() タイトル: Gas-sensitive biological crystals processed in pressurized oxygen and krypton atmospheres: deciphering gas channels in proteins using a novel soak-and-freeze methodology 著者: Lafumat, B. / Mueller-Dieckmann, C. / Leonard, G. / Colloc'h, N. / Prange, T. / Giraud, T. / Dobias, F. / Royant, A. / van der Linden, P. / Carpentier, P. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 793.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 794.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6i9xC ![]() 6i9zC ![]() 6ia1C ![]() 6ia9C ![]() 6ic1C ![]() 6rgmC ![]() 7p0cC ![]() 7p0dC ![]() 7p0gC ![]() 7pufC ![]() 7pwnC ![]() 7q09C ![]() 2ibaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The 6 LAST RESIDUES AT THE C-Terminus NOT OBSERVED IN THE EXPERIMENTAL DENSITY. THE ACE (Acetate) GROUP AT N-Terminus IS PART OF THE PROTEIN, NOT COMING FROM THE EXPRESSION SYSTEM 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
---|
-非ポリマー , 6種, 459分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/AZA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/AR.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AZA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/AR.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-AZA / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 % / 解説: LARGE COLORLESS PRISMS |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 詳細: 20 microliter of protein (15 mg/ml) mixed with 20 microliter of solution: buffer (Tris 0.05M /Phosphate 0.05M) + 4% PEG 4000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→70 Å / Num. obs: 39125 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 31.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.78 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Num. unique obs: 2310 / Rpim(I) all: 0.116 / % possible all: 36.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2IBA 解像度: 1.69→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.658 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.77 Å2 / Biso mean: 13.696 Å2 / Biso min: 6.57 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.69→47.62 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.692→1.736 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|