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- PDB-6i9x: urate oxidase under 35 bar of argon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9x
タイトルurate oxidase under 35 bar of argon
要素Uricase
キーワードOXIDOREDUCTASE / aspergillus flavus / homotetramer / purine metabolism / argon / high pressure
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / purine nucleobase catabolic process / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGON / 8-AZAXANTHINE / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Prange, T. / Colloc'h, N.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Comparative study of the effects of high hydrostatic pressure per se and high argon pressure on urate oxidase ligand stabilization.
著者: Prange, T. / Carpentier, P. / Dhaussy, A.C. / van der Linden, P. / Girard, E. / Colloc'h, N.
#1: ジャーナル: Current trends in X-ray crystallography / 年: 2011
タイトル: Protein-noble gas interactions investigated by crystallography on three enzymes - Implication on anesthesia and neuroprotection mechanism.
著者: Colloc'h, N. / Marassio, G. / Prange, T.
#2: ジャーナル: J. Applied Crystallography / 年: 2016
タイトル: Gas-sensitive biological crystals processed in pressurized oxygen and krypton atmospheres: deciphering gas channels in proteins using a novel 'soak-and-freeze' methodology
著者: Lafumat, B. / Mueller-Dieckmann, C. / Leonard, G. / Colloc'h, N. / Prange, T. / Giraud, T. / Dobbias, F. / Royant, R. / van der Linden, P. / Carpentier, P.
履歴
登録2018年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.42025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4004
ポリマ－34,1841
非ポリマー2163
水4,125229
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,59916
ポリマ－136,7344
非ポリマー86412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area26490 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area44120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.234, 96.114, 105.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Uricase / Urate oxidase


分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 6 RESIDUES AT THE C-END NOT OBSERVED IN THE DENSITY: SER-LEU-LYS-SER-LYS-LEU 296- ..... ...-301
由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE


分子量: 153.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2
#3: 化合物 ChemComp-AR / ARGON


分子量: 39.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ar
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 % / 解説: LARGE COLORLESS PRISMS
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 8
詳細: 20 microliter of protein (15 mg/ml) mixed with 20 microliter of solution: Tris 0.05M (chloride free) + 4% PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月14日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→14.78 Å / Num. obs: 53681 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Num. unique obs: 5277 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1R51

1r51


解像度: 1.6→14.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.315 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17832 2729 5.1 %RANDOM
Rwork0.15051 ---
obs0.1519 50892 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.568 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→14.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 13 229 2604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8731.6433318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1761.5775178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9155294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96323.14129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09615434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6171512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3532.2751181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3512.2711180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3363.4131474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3383.4171475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0372.7121266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0352.7111267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1033.8791844
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.15327.1692684
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.10726.8592660
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 187 -
Rwork0.206 3677 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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