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- PDB-7p0c: URATE OXIDASE WITH 8-AZAXANTHINE UNDER 210 MPA PRESSURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p0c
タイトルURATE OXIDASE WITH 8-AZAXANTHINE UNDER 210 MPA PRESSURE
要素Uricase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HPMX / purine metabolism / tetramer / T-fold domain / peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / purine nucleobase catabolic process / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase
類似検索 - ドメイン・相同性
8-AZAXANTHINE / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Colloc'h, N. / Prange, T. / Girard, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Comparative study of the effects of high hydrostatic pressure per se and high argon pressure on urate oxidase ligand stabilization.
著者: Prange, T. / Carpentier, P. / Dhaussy, A.C. / van der Linden, P. / Girard, E. / Colloc'h, N.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5134
ポリマ－34,1841
非ポリマー3293
水3,225179
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,05116
ポリマ－136,7344
非ポリマー1,31712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area27180 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area43360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.530, 95.630, 104.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Uricase / Urate oxidase


分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 断片: URICASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE


分子量: 153.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.5
詳細: 20 MG/ML URATE OXIDASE, 8-AZAXANTHINE CONCENTRATION IN EXCESS, 50 MM TRIS/ACETATE, 8% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: CRISTAL / 波長: 0.58183 Å
検出器タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.58183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→29.588 Å / Num. obs: 21075 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.174 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3071 / Rsym value: 0.701 / % possible all: 97.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.36
最高解像度最低解像度
Rotation29.59 Å2.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4OP9

4op9


解像度: 2.15→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.2229 / WRfactor Rwork: 0.1664 / FOM work R set: 0.7549 / SU B: 7.917 / SU ML: 0.183 / SU R Cruickshank DPI: 0.2579 / SU Rfree: 0.2185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 944 5 %RANDOM
Rwork0.1893 ---
obs0.1924 17795 84.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.8 Å2 / Biso mean: 28.891 Å2 / Biso min: 11.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.71 Å2-0 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 23 180 2565
Biso mean--25.49 33.57 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.9363349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97735293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0195300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.02124.44116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.19215425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2861512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02576
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 57 -
Rwork0.309 1122 -
all-1179 -
obs--73.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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