PDB-6har: Crystal structure of Mesotrypsin in complex with APPI-M17C/I18F/F34C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6har

タイトル

Crystal structure of Mesotrypsin in complex with APPI-M17C/I18F/F34C

要素

Amyloid-beta A4 protein
PRSS3 protein

キーワード

PROTEIN FIBRIL / PRSS3 / Mesotrypsin / Serine protease / Kunitz type inhibitor / APPI

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding / clathrin-coated pit / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endocytosis / nervous system development / heparin binding / growth cone / perikaryon / membrane => GO:0016020 / early endosome ...
類似検索 - 分子機能

Amyloid-beta precursor protein / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.497 Å

データ登録者

Shahar, A. / Cohen, I. / Radisky, E. / Papo, N.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Disulfide engineering of human Kunitz-type serine protease inhibitors enhances proteolytic stability and target affinity toward mesotrypsin.
著者: Cohen, I. / Coban, M. / Shahar, A. / Sankaran, B. / Hockla, A. / Lacham, S. / Caulfield, T.R. / Radisky, E.S. / Papo, N.

履歴

登録	2018年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6har.cif.gz	130 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6har.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6har.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6har_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6har_full_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示
XML形式データ	6har_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	6har_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6har ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6har	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bx8C 5c67S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u30-3 4u32-d 3l33-2 3l33-4 4u30-2 3uou-d 6bx8-1 6bx8-2 4u30-4 6gfi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (22) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (22) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: PRSS3 protein

E: Amyloid-beta A4 protein

ヘテロ分子

33.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.091, 82.781, 46.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PRSS3 protein 分子量: 24257.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRSS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N2U3
#2: タンパク質	Amyloid-beta A4 protein 分子量: 9070.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APP / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: H7C0V9
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.8, 16% PEG 20, 000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.497→46.47 Å / Num. obs: 40015 / % possible obs: 96.46 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.497→1.551 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C67

5c67

解像度: 1.497→46.466 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1928	2000	5 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.1703	40008	96.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.497→46.466 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2111	0	5	250	2366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2252
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.793	3071
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.025	1259
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	324
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	405

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4973-1.5347	0.3177	113	0.3046	2446	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5347-1.5762	0.357	136	0.273	2716	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5762-1.6226	0.2617	140	0.2491	2677	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6226-1.675	0.2442	141	0.2308	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
1.675-1.7348	0.2516	131	0.2064	2704	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7348-1.8043	0.2206	135	0.2003	2703	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8043-1.8864	0.2127	149	0.1806	2737	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8864-1.9859	0.2163	154	0.1639	2749	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9859-2.1103	0.2042	155	0.1567	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1103-2.2732	0.1994	144	0.16	2737	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2732-2.502	0.1883	136	0.1614	2745	X-RAY DIFFRACTION	97
2.502-2.864	0.1939	142	0.1593	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
2.864-3.6081	0.1648	174	0.1587	2700	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6081-46.488	0.1526	150	0.1414	2815	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0187	-0.5314	-1.2917	3.9699	4.3408	5.3911	-0.0403	-0.2562	-0.0822	0.3008	0.1529	-0.1154	0.3759	0.1339	-0.1338	0.1346	0.0252	-0.0034	0.1269	0.0236	0.1578	31.5656	-12.9114	-26.8682
2	2.1644	-0.1549	-0.1199	1.6733	-0.1219	2.7534	-0.0305	-0.0617	-0.0957	0.0264	0.0041	-0.0554	-0.0169	-0.2022	0.0232	0.0863	0.0033	0.0048	0.1118	0.001	0.1289	14.6964	-7.1431	-26.0413
3	1.9231	-0.7946	-0.3566	3.1387	0.7177	2.4639	-0.1495	-0.2879	-0.0907	0.3742	0.1109	-0.1403	0.3405	-0.0249	0.0128	0.1278	-0.0211	0.0258	0.1177	0.016	0.1182	18.0489	-11.2793	-19.6181
4	4.8068	0.9746	0.8242	4.1339	1.5962	8.1236	-0.1016	0.1347	-0.1583	-0.0688	0.0301	0.0949	-0.0896	-0.3861	0.0543	0.1281	0.0273	-0.0256	0.1845	-0.0006	0.171	9.745	-1.6529	-41.9709
5	0.8254	-0.3397	-0.9615	0.6366	0.1945	3.1835	0.0055	-0.0823	0.0523	0.067	-0.0189	-0.0245	-0.1664	0.1409	-0.0025	0.1023	-0.0129	-0.0119	0.0902	-0.0122	0.1454	24.6255	-0.9526	-27.4889
6	1.8542	1.0134	-0.7085	5.1158	0.8019	3.4904	0.088	0.1502	-0.3562	0.0939	-0.0771	-0.0234	0.4981	-0.1661	-0.0637	0.1682	0.0169	-0.0102	0.1258	-0.012	0.2377	23.6807	-21.9009	-33.5517
7	1.643	0.0926	1.3361	0.2535	-0.6232	4.838	-0.0965	0.1717	0.0396	0.0403	0.0319	-0.037	-0.2461	-0.032	0.0548	0.1298	0.0095	0.0144	0.1282	-0.0036	0.1526	24.89	-5.2741	-47.2858
8	1.112	-0.0014	-0.2724	2.0349	-0.2131	2.8383	0.0031	0.0554	-0.0253	0.0255	0.0318	-0.1173	0.0254	0.0931	-0.0328	0.0761	0.0037	-0.0042	0.12	-0.0069	0.1585	25.5036	-7.7466	-39.2783
9	3.5502	0.2894	0.071	7.4433	-0.7724	1.927	-0.0665	0.2425	-0.1161	-0.3615	0.1052	0.1914	0.4523	-0.2317	-0.0015	0.2043	-0.0281	-0.0098	0.202	-0.0435	0.1664	23.7775	-15.3779	-48.9829
10	2.4048	-0.8975	-1.246	3.4657	1.0787	3.1433	0.105	-0.0454	0.2806	0.0419	-0.0772	0.0554	-0.4333	-0.1132	-0.0129	0.1158	0.0131	-0.0115	0.0809	0.0008	0.1482	16.7783	5.7159	-34.003
11	3.0432	3.6134	0.1684	5.04	0.2729	0.0167	-0.0528	0.1927	-0.1002	-0.1675	0.0702	0.0966	-0.013	0.1391	-0.0105	0.1436	0.0171	-0.0208	0.1332	-0.0318	0.2041	8.6123	-22.9917	-41.478
12	1.0447	0.7739	-0.1444	4.4715	1.8477	1.7362	-0.1004	0.0362	-0.0043	0.0885	0.1098	0.4309	0.1419	0.0832	-0.0406	0.1745	0.0174	-0.0114	0.1743	0.0062	0.2504	4.3293	-26.3363	-39.2061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 90 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 91 through 103 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 104 through 140 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 141 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 180 through 215 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 216 through 225 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 226 through 246 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 3 through 24 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 25 through 56 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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