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- PDB-3uou: Crystal structure of the Kunitz-type protease inhibitor ShPI-1 Ly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uou
タイトルCrystal structure of the Kunitz-type protease inhibitor ShPI-1 Lys13Leu mutant in complex with pancreatic elastase
要素
  • Chymotrypsin-like elastase family member 1
  • Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1
キーワードHYDROLASE/Hydrolase Inhibitor / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / HYDROLASE (SERINE PROTEASE) / KUNITZ-TYPE INHIBITOR / HYDROLASE-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nematocyst / pancreatic elastase / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. ...: / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1 / PI-stichotoxin-She2a
類似検索 - 構成要素
生物種Stichodactyla helianthus (イソギンチャク)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Garcia-Fernandez, R. / Perbandt, M. / Rehders, D. / Gonzalez-Gonzalez, Y. / Chavez, M.A. / Betzel, C. / Redecke, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Three-dimensional Structure of a Kunitz-type Inhibitor in Complex with an Elastase-like Enzyme.
著者: Garcia-Fernandez, R. / Perbandt, M. / Rehders, D. / Ziegelmuller, P. / Piganeau, N. / Hahn, U. / Betzel, C. / Chavez, M.A. / Redecke, L.
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin-like elastase family member 1
B: Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,45117
ポリマ－32,0382
非ポリマー1,41315
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.750, 47.180, 42.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-428-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Elastase-1


分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptidase S1 domain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pancreas / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: タンパク質 Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1


分子量: 6108.968 Da / 分子数: 1 / 断片: Kunitz-type proteinase inhibitor SHPI-1 / Mutation: K13L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stichodactyla helianthus (イソギンチャク)
プラスミド: pPICZalphaC / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: P31713
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.425M ammonium sulfate, 0.085M tri-sodium citrate, 0.85M Lithium sulfate, 15% glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月18日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.647 Å / Num. obs: 17481 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 6.2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 2→2.1239 Å / % possible all: 80.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QNJ, PDB ENTRY 3OFW

1qnj

3ofw


解像度: 2→29.647 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2115 892 5.1 %Random
Rwork0.1657 ---
obs0.168 17474 98.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.139 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4863 Å20 Å24.6244 Å2
2--13.2011 Å20 Å2
3----1.4417 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 82 206 2530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.0473336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.321861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.12390.26921370.20722568X-RAY DIFFRACTION91
2.1239-2.28790.24951500.1822746X-RAY DIFFRACTION99
2.2879-2.5180.25171570.17652795X-RAY DIFFRACTION99
2.518-2.88210.23091330.16812790X-RAY DIFFRACTION100
2.8821-3.63010.18841430.16142824X-RAY DIFFRACTION100
3.6301-29.65010.17671720.14742859X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.125 Å / Origin y: 3.2727 Å / Origin z: 9.9495 Å
111213212223313233
T0.0615 Å20.0159 Å20.0004 Å2-0.0698 Å20.0185 Å2--0.0617 Å2
L0.8243 °20.0305 °2-0.152 °2-0.6213 °2-0.0027 °2--1.0128 °2
S0.0567 Å °0.1055 Å °0.0248 Å °-0.0476 Å °0.0202 Å °-0.0042 Å °-0.0946 Å °-0.0007 Å °-0.0321 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA27 - 266
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 54
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 436
4X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 57
5X-RAY DIFFRACTION1allB - A1 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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