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- PDB-3l33: Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l33
タイトルHuman mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor(APPI)
要素
  • Amyloid beta A4 protein
  • Trypsin-3
キーワードHydrolase/Cell Adhesion / Human mesotrypsin / alzheimer's amyloid precursor protein inhibitor / APPI / Serine protease inhibitor / Hydrolase-Cell Adhesion complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / amyloid-beta complex / Alpha-defensins / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway ...Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / amyloid-beta complex / Alpha-defensins / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / zymogen activation / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / mating behavior / regulation of spontaneous synaptic transmission / Antimicrobial peptides / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / signaling receptor activator activity / dendrite development / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / presynaptic active zone / positive regulation of protein metabolic process / neuromuscular process controlling balance / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of presynapse assembly / regulation of multicellular organism growth / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / trypsin / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / forebrain development / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / digestion / Notch signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / serine-type peptidase activity / response to interleukin-1 / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / cholesterol metabolic process / axonogenesis / positive regulation of calcium-mediated signaling / dendritic shaft / platelet alpha granule lumen / adult locomotory behavior / positive regulation of glycolytic process / central nervous system development / learning / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / locomotory behavior / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / synapse organization / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / neuromuscular junction / visual learning / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide ...Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / : / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / PH-like domain superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Amyloid-beta precursor protein / Trypsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Salameh, M.A. / Soares, A.S. / Radisky, E.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Determinants of affinity and proteolytic stability in interactions of Kunitz family protease inhibitors with mesotrypsin.
著者: Salameh, M.A. / Soares, A.S. / Navaneetham, D. / Sinha, D. / Walsh, P.N. / Radisky, E.S.
履歴
登録2009年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin-3
B: Trypsin-3
C: Trypsin-3
D: Trypsin-3
E: Amyloid beta A4 protein
F: Amyloid beta A4 protein
G: Amyloid beta A4 protein
H: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,34331
ポリマ－120,3088
非ポリマー1,03523
水4,125229
1
A: Trypsin-3
E: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,53112
ポリマ－30,0772
非ポリマー45410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
2
B: Trypsin-3
F: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3939
ポリマ－30,0772
非ポリマー3167
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
3
C: Trypsin-3
G: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2556
ポリマ－30,0772
非ポリマー1784
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
4
D: Trypsin-3
H: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1634
ポリマ－30,0772
非ポリマー862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.793, 130.067, 132.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Trypsin-3 / Trypsin III / Brain trypsinogen / Mesotrypsinogen / Trypsin IV / Serine protease 3 / Serine protease 4


分子量: 24257.457 Da / 分子数: 4 / 断片: Trypsin-3 / 変異: S195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21(DE3) / 遺伝子: PRSS3, PRSS4, TRY3, TRY4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35030, trypsin
#2: タンパク質
Amyloid beta A4 protein / Alzheimer disease amyloid protein / ABPP / APPI / APP


分子量: 5819.501 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 290-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APP, A4, AD1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P05067
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.48→23.702 Å / Num. all: 57050 / Num. obs: 57050 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Rsym value: 0.263 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.48→2.61 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. measured all: 98361 / Num. unique all: 7901 / Rsym value: 0.02353 / % possible all: 95.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLM3.2.25データ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER2007_05_29_2026位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→23.702 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.843 / 立体化学のターゲット値: mlhl
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1992 3.5 %
Rwork0.198 54882 -
obs-56874 99.08 %
溶媒の処理Bsol: 73.674 Å2 / ksol: 0.426 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 222.85 Å2 / Biso mean: 44.887 Å2 / Biso min: 10.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.24 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.667 Å20 Å2
3----0.572 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→23.702 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8412 0 61 229 8702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8711
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0871
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.488 Å / Total num. of bins used: 110 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.261 438 -
obs--82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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