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- PDB-2i82: Crystal structure of pseudouridine synthase RluA: indirect sequen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i82
タイトルCrystal structure of pseudouridine synthase RluA: indirect sequence readout through protein-induced RNA structure
要素
  • 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'
  • Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A
キーワードLyase/RNA / pseudouridine synthase / Lyase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine32 synthase / 23S rRNA pseudouridine746 synthase / 23S rRNA pseudouridine(746) synthase activity / tRNA pseudouridine(32) synthase activity / tRNA pseudouridine synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / RNA modification / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthesis ...tRNA pseudouridine32 synthase / 23S rRNA pseudouridine746 synthase / 23S rRNA pseudouridine(746) synthase activity / tRNA pseudouridine(32) synthase activity / tRNA pseudouridine synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / RNA modification / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA processing / rRNA processing / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase, RluC/RluD / Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / : / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FOU / RNA / RNA (> 10) / Dual-specificity RNA pseudouridine synthase RluA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hoang, C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of pseudouridine synthase RluA: indirect sequence readout through protein-induced RNA structure
著者: Hoang, C. / Chen, J. / Vizthum, C.A. / Kandel, J.M. / Hamilton, C.S. / Mueller, E.G. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2006年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'
G: 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'
H: 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A
C: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A
D: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,20310
ポリマ－126,9028
非ポリマー3002
水4,594255
1
E: 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8763
ポリマ－31,7262
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7262
ポリマ－31,7262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'
C: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8763
ポリマ－31,7262
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'
D: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7262
ポリマ－31,7262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)320.737, 51.691, 81.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The crystallographic model consists of all residues for the four RNA molecules in the asymmetric unit.

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要素

#1: RNA鎖
5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3'


分子量: 6642.013 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A / rRNA-uridine lyase A / rRNA pseudouridylate synthase A


分子量: 25083.588 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rluA / プラスミド: pET15-b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0AA37, pseudouridylate synthase
#3: 化合物 ChemComp-FOU / (5S,6R)-5-FLUORO-6-HYDROXYDIHYDROPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / (5S,6R)-5-FLUORO-6-HYDROXY-PSEUDOURIDINE


分子量: 150.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7FN2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG4000, 100mM Tris-HCl pH 8.5, 25mM MgCl2, 100mM LiCl, 1mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG400011
2Tris-HCl11
3MgCl211
4LiCl11
5spermine11
6H2O11
7PEG400012
8Tris-HCl12
9MgCl212
10LiCl12
11spermine12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1
波長: 0.9001, 0.92035, 0.92014, 0.942411, 0.979877, 0.979647
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月10日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.90011
20.920351
30.920141
40.9424111
50.9798771
60.9796471
反射解像度: 2.05→19.83 Å / Num. obs: 82366 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 4.84 / 冗長度: 7.43 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 35.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / 冗長度: 6.96 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 4.84 / Num. unique all: 8090 / Rsym value: 0.467 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→19.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2402292.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 8255 10 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.234 82366 --
obs0.234 82366 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.5999 Å2 / ksol: 0.344821 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å24.04 Å2
2--2.85 Å20 Å2
3----4.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6833 1746 20 255 8854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.942.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 1344 10 %
Rwork0.289 12153 -
obs-12153 97.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4fou.parfou.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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