[日本語] English
万見
- PDB-6gc2: AbLIFT: Antibody stability and affinity optimization by computati... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gc2
タイトルAbLIFT: Antibody stability and affinity optimization by computational design of the variable light-heavy chain interface
要素
  • Heavy chain
  • Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Warszawski, S. / Katz, A. / Khmelnitsky, L. / Ben Nissan, G. / Javitt, G. / Dym, O. / Unger, T. / Knop, O. / Diskin, R. / Albeck, S. ...Warszawski, S. / Katz, A. / Khmelnitsky, L. / Ben Nissan, G. / Javitt, G. / Dym, O. / Unger, T. / Knop, O. / Diskin, R. / Albeck, S. / Fass, D. / Sharon, M. / Fleishman, S.J.
引用ジャーナル: Plos Comput.Biol. / 年: 2019
タイトル: Optimizing antibody affinity and stability by the automated design of the variable light-heavy chain interfaces.
著者: Warszawski, S. / Katz, A.B. / Lipsh, R. / Khmelnitsky, L. / Ben Nissan, G. / Javitt, G. / Dym, O. / Unger, T. / Knop, O. / Albeck, S. / Diskin, R. / Fass, D. / Sharon, M. / Fleishman, S.J.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen
Item: _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Light Chain
H: Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7432
ポリマ－51,7432
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.510, 75.810, 135.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: 抗体 Light Chain


分子量: 27386.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Heavy chain


分子量: 24356.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Mg formate 2H2O 0.1M Na acetate 3H2O 18% PEG MME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→38.76 Å / Num. obs: 16233 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 26.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08729 / Net I/σ(I): 6.85
反射 シェル解像度: 2.55→2.641 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3291 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 1575 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MLB

1mlb


解像度: 2.55→39.644 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2608 806 4.97 %RANDOM
Rwork0.1929 ---
obs0.1964 16228 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→39.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3238 0 0 154 3392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0144515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.4551974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.70970.31381090.23162529X-RAY DIFFRACTION100
2.7097-2.91890.29681260.2592526X-RAY DIFFRACTION100
2.9189-3.21250.35771280.23612523X-RAY DIFFRACTION100
3.2125-3.67710.28861360.20652570X-RAY DIFFRACTION100
3.6771-4.63160.23351610.15562568X-RAY DIFFRACTION100
4.6316-39.64840.17991460.14692706X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る