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万見
- PDB-6g0s: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g0s
タイトルCrystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated SIRT7 peptide (K272ac/K275ac)
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-7
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / : / nucleolus organizer region / : / : / : / protein depropionylation / protein-propionyllysine depropionylase activity / protein deglutarylation ...: / regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / : / nucleolus organizer region / : / : / : / protein depropionylation / protein-propionyllysine depropionylase activity / protein deglutarylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / NAD-dependent histone H3K18 deacetylase activity / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein-succinyllysine desuccinylase activity / deacetylase activity / R-loop processing / homologous chromosome pairing at meiosis / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / positive regulation of rRNA processing / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / regulation of protein export from nucleus / regulation of mitochondrion organization / regulation of gluconeogenesis / histone deacetylase activity / rRNA transcription / RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / NAD+ binding / negative regulation by host of viral transcription / regulation of DNA repair / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of protein ubiquitination / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / osteoblast differentiation / transcription corepressor activity / p53 binding / chromosome / site of double-strand break / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / : / NET domain superfamily / NET domain profile. ...Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / : / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4 / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust095751/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Interactome Rewiring Following Pharmacological Targeting of BET Bromodomains.
著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R ...著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R Knight / Beatriz Gonzalez-Badillo / Nicole St-Denis / Joseph A Newman / Manuel Stucki / Laurence Pelletier / Nuno Bandeira / Michael D Wilson / Panagis Filippakopoulos / Anne-Claude Gingras /
要旨: Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, ...Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, BRD3, BRD4, and BRDT following treatment with the pan-BET BRD inhibitor JQ1, revealing broad rewiring of the interaction landscape, with three distinct classes of behavior for the 603 unique interactors identified. A group of proteins associate in a JQ1-sensitive manner with BET BRDs through canonical and new binding modes, while two classes of extra-terminal (ET)-domain binding motifs mediate acetylation-independent interactions. Last, we identify an unexpected increase in several interactions following JQ1 treatment that define negative functions for BRD3 in the regulation of rRNA synthesis and potentially RNAPII-dependent gene expression that result in decreased cell proliferation. Together, our data highlight the contributions of BET protein modules to their interactomes allowing for a better understanding of pharmacological rewiring in response to JQ1.
履歴
登録2018年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
D: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-7
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7966
ポリマ－31,6093
非ポリマー1863
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.393, 59.376, 106.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-7 / Regulatory protein SIR2 homolog 7 / SIR2-like protein 7


分子量: 1410.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SIRT7 peptide acetylated at K272 and K275 C-terminal TYR added for UV detection
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9NRC8, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20.0 % PEG3350 10.0 % EtGly 0.1 M bis-tris-propane pH 8.5 0.2M NaOOCCH3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.475→51.805 Å / Num. all: 45984 / Num. obs: 45984 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 7.4 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 328804
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.48-1.5570.9550.866340.3851.0310.955100
1.55-1.657.20.6341.262530.2520.6830.634100
1.65-1.767.20.4431.759210.1770.4780.443100
1.76-1.97.20.2612.954760.1040.2820.261100
1.9-2.097.30.1465.150850.0580.1580.146100
2.09-2.337.30.0898.346200.0350.0960.089100
2.33-2.697.30.0661141140.0260.0710.066100
2.69-3.37.10.04614.735120.0190.050.046100
3.3-4.6670.03517.427480.0140.0380.035100
4.66-51.8056.50.03514.316210.0150.0380.03599.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å39.54 Å
Translation2 Å39.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of 2OSS, 2OUO, 2GRC, 2OO1, 3DAI, 3D7C, 3DWY

2oss

2ouo

2grc

2oo1

3dai

3d7c

3dwy


解像度: 1.48→51.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.795 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.074
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2095 2061 4.5 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
obs0.1786 43853 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.9 Å2 / Biso mean: 21.015 Å2 / Biso min: 9.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.48→51.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2162 0 12 245 2419
Biso mean--25.8 30.97 -
残基数----262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.9763095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02634970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7715267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90925.755106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17715383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.081155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02509
LS精密化 シェル解像度: 1.475→1.513 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 171 -
Rwork0.29 3206 -
all-3377 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.394-0.244-0.4160.37970.32140.5796-0.06040.00850.00630.00680.03750.00270.03850.01560.02290.0335-0.00350.00530.013-0.00270.06533.34262.142912.6876
20.1911-0.1186-0.42850.25780.15031.0535-0.03240.0155-0.0180.03360.0030.05420.0426-0.03990.02940.0334-0.00490.00690.00260.00320.078810.29972.428141.4257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2B43 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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