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- PDB-5nnd: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nnd
タイトルCrystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a diacetylated histone 4 peptide (H3K9ac/K14ac)
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Histone H3
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K8ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / histone H3K9ac reader activity / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / host-mediated suppression of viral transcription ...histone H4K8ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / histone H3K9ac reader activity / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / histone H4K16ac reader activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Chromatin modifying enzymes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / condensed nuclear chromosome / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / transcription coregulator activity / HDACs deacetylate histones / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / HDMs demethylate histones / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RMTs methylate histone arginines / HCMV Early Events / p53 binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromosome / HATs acetylate histones / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / regulation of inflammatory response / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / cadherin binding / chromatin remodeling / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Histone-fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4 / Histone H3.1 / Histone H3-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust095751/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Interactome Rewiring Following Pharmacological Targeting of BET Bromodomains.
著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R ...著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R Knight / Beatriz Gonzalez-Badillo / Nicole St-Denis / Joseph A Newman / Manuel Stucki / Laurence Pelletier / Nuno Bandeira / Michael D Wilson / Panagis Filippakopoulos / Anne-Claude Gingras /
要旨: Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, ...Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, BRD3, BRD4, and BRDT following treatment with the pan-BET BRD inhibitor JQ1, revealing broad rewiring of the interaction landscape, with three distinct classes of behavior for the 603 unique interactors identified. A group of proteins associate in a JQ1-sensitive manner with BET BRDs through canonical and new binding modes, while two classes of extra-terminal (ET)-domain binding motifs mediate acetylation-independent interactions. Last, we identify an unexpected increase in several interactions following JQ1 treatment that define negative functions for BRD3 in the regulation of rRNA synthesis and potentially RNAPII-dependent gene expression that result in decreased cell proliferation. Together, our data highlight the contributions of BET protein modules to their interactomes allowing for a better understanding of pharmacological rewiring in response to JQ1.
履歴
登録2017年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
D: Histone H3
E: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4075
ポリマ－34,3454
非ポリマー621
水2,270126
1
A: Bromodomain-containing protein 4
D: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2353
ポリマ－17,1732
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 4
E: Histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1732
ポリマ－17,1732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.630, 50.490, 64.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 2073.250 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 5-21 / 由来タイプ: 合成
詳細: Histone H3 peptide acetylated at K9/K14 and phosphorylated at S10. C-terminal TYR added for UV detection
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5TEC6, UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.20M Na(acetate) 0.1M BTProp pH 7.5 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→19.82 Å / Num. obs: 18357 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.041 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1952 / Rsym value: 0.635 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OSS

2oss


解像度: 1.82→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 7.541 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28495 1173 5.1 %RANDOM
Rwork0.20604 ---
obs0.21015 18357 92.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å20.08 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.82→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2188 0 4 126 2318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.022284
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3071.9933109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2235076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8825272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.74825.686102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.90415389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.038156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0212543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7083.5111074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.6963.5061073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1316.461338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1366.4671339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.2624.2791210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.2594.281211
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.5487.5541767
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.06523.342588
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.07223.2412569
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 75 -
Rwork0.247 1397 -
obs--81.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40540.00830.1090.19870.03320.5542-0.0397-0.00290.00790.02480.03120.0035-0.03810.00230.00840.051-0.0056-0.00860.0219-0.00720.037327.52412.756158.8006
20.39790.0386-0.40270.27630.14860.7241-0.0184-0-0.02040.05350.0187-0.01640.05070.0071-0.00030.056-0.0048-0.01550.02160.00920.038536.141422.116730.3562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2B42 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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