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- PDB-6fy4: Structure of human NAD(P) H:quinone oxidoreductase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fy4
タイトルStructure of human NAD(P) H:quinone oxidoreductase in complex with N-(2-bromophenyl)pyrrolidine-1-sulfonamide
要素NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein ligand complex quinone reduction oxidative stress drug metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / vitamin K metabolic process / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) ...ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / vitamin K metabolic process / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / negative regulation of ferroptosis / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / protein catabolic process / negative regulation of protein catabolic process / response to toxic substance / protein polyubiquitination / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / innate immune response / synapse / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(2-bromophenyl)pyrrolidine-1-sulfonamide / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Gruber, K. / Hromic, A.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: A small molecule chaperone rescues the stability and activity of a cancer-associated variant of NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 in vitro.
著者: Strandback, E. / Lienhart, W.D. / Hromic-Jahjefendic, A. / Bourgeois, B. / Hogler, A. / Waltenstorfer, D. / Winkler, A. / Zangger, K. / Madl, T. / Gruber, K. / Macheroux, P.
履歴
登録2018年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,0789
ポリマ－123,6304
非ポリマー3,4475
水00
1
A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6925
ポリマ－61,8152
非ポリマー1,8763
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
2
C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3864
ポリマ－61,8152
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.369, 121.369, 158.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質
NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 / Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / ...Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / Phylloquinone reductase / Quinone reductase 1 / QR1


分子量: 30907.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO1, DIA4, NMOR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS AG / 参照: UniProt: P15559, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EAW / N-(2-bromophenyl)pyrrolidine-1-sulfonamide


分子量: 305.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13BrN2O2S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350, pH 5.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0009 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月1日 / 詳細: Si-111 and Si-113 reflection
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→87.56 Å / Num. obs: 34531 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.76→2.89 Å / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 4561 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.604 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CET

4cet


解像度: 2.76→52.751 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2902 1717 4.98 %random selection
Rwork0.218 ---
obs0.2216 34483 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→52.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8616 0 228 0 8844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2112358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.895240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.84130.38661330.3042707X-RAY DIFFRACTION100
2.8413-2.9330.40641200.30262724X-RAY DIFFRACTION100
2.933-3.03780.36791420.29322714X-RAY DIFFRACTION100
3.0378-3.15940.35411320.28292719X-RAY DIFFRACTION100
3.1594-3.30320.36111420.27292702X-RAY DIFFRACTION100
3.3032-3.47730.32211550.24682708X-RAY DIFFRACTION100
3.4773-3.69510.28841540.22482730X-RAY DIFFRACTION100
3.6951-3.98030.28881270.20982732X-RAY DIFFRACTION100
3.9803-4.38070.25981580.19382719X-RAY DIFFRACTION100
4.3807-5.01410.271310.1732748X-RAY DIFFRACTION100
5.0141-6.31560.24571410.19692758X-RAY DIFFRACTION100
6.3156-52.76030.24821820.17852805X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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