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- PDB-6llc: Discovery of A Dual Inhibitor of NQO1 and GSTP1 for Treating Mali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6llc
タイトルDiscovery of A Dual Inhibitor of NQO1 and GSTP1 for Treating Malignant Glioblastoma
要素NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxidative stress / GBM / small molecular inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / cellular response to metal ion / vitamin K metabolic process / : / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H ...response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / cellular response to metal ion / vitamin K metabolic process / : / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / : / response to tetrachloromethane / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / response to hydrogen sulfide / response to carbohydrate / response to alkaloid / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / negative regulation of ferroptosis / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / response to amine / superoxide dismutase activity / response to testosterone / response to electrical stimulus / response to hormone / nitric oxide biosynthetic process / response to nutrient / xenobiotic metabolic process / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / response to ischemia / protein catabolic process / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / response to toxic substance / protein polyubiquitination / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / innate immune response / neuronal cell body / synapse / dendrite / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EHL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Ye, K. / Li, H.
引用ジャーナル: J Hematol Oncol / 年: 2020
タイトル: Discovery of a dual inhibitor of NQO1 and GSTP1 for treating glioblastoma.
著者: Lei, K. / Gu, X. / Alvarado, A.G. / Du, Y. / Luo, S. / Ahn, E.H. / Kang, S.S. / Ji, B. / Liu, X. / Mao, H. / Fu, H. / Kornblum, H.I. / Jin, L. / Li, H. / Ye, K.
履歴
登録2019年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
I: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
J: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
K: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
L: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,77036
ポリマ－369,31712
非ポリマー12,45324
水4,486249
1
A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9778
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,4246
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9000 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
2
B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5506
ポリマ－61,5532
非ポリマー1,9974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA
3
C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子

E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4545
ポリマ－61,5532
非ポリマー1,9013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_654y+1,-x,z-1/41
Buried area8510 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21330 Å2
手法PISA
4
G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4545
ポリマ－61,5532
非ポリマー1,9013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
5
I: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
J: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8817
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,3285
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
6
K: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
L: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4545
ポリマ－61,5532
非ポリマー1,9013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.882, 147.882, 209.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 / Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / ...Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / Phylloquinone reductase / Quinone reductase 1 / QR1


分子量: 30776.412 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO1, DIA4, NMOR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15559, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EHL / 5-methyl-N-(5-nitro-1,3-thiazol-2-yl)-3-phenyl-1,2-oxazole-4-carboxamide


分子量: 330.319 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10N4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Lithium Sulfate,1.8M Ammonium Sulfate,0.1M Imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K-W / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→32.66 Å / Num. obs: 154628 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13.89
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.635 / Num. unique obs: 7739 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.281 / Rrim(I) all: 0.776 / Rsym value: 0.605

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2f1o

2f1o


解像度: 2.501→29.576 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 2005 1.3 %
Rwork0.2222 --
obs0.2228 154572 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.01 Å2 / Biso mean: 45.8668 Å2 / Biso min: 15.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.501→29.576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25898 0 20 249 26167
Biso mean--75.59 36.78 -
残基数----3250
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5011-2.56360.36371420.30381078299
2.5636-2.63290.30821420.281810863100
2.6329-2.71030.3431450.265210900100
2.7103-2.79770.33151410.259410901100
2.7977-2.89760.32671440.25710884100
2.8976-3.01350.32531420.260410916100
3.0135-3.15050.30531430.262910881100
3.1505-3.31640.30771440.253710877100
3.3164-3.52390.28691420.240110940100
3.5239-3.79550.26191450.21510907100
3.7955-4.17650.24911380.201110903100
4.1765-4.77860.21391450.167510958100
4.7786-6.01220.22731450.19410922100
6.0122-29.5760.19771470.20091093399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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