PDB-5a4k: Crystal structure of the R139W variant of human NAD(P)H:quinone o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a4k

タイトル

Crystal structure of the R139W variant of human NAD(P)H:quinone oxidoreductase

要素

NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NQO1 / FAD / FLAVOPROTEIN / OXIDATIVE STRESS / QUINONE REDUCTASE / DRUG METABOLISM / SINGLE AMINO ACID EXCHANGE

機能・相同性

機能・相同性情報

response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / cellular response to metal ion / vitamin K metabolic process / : / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.093 Å

データ登録者

Lienhart, W.D. / Strandback, E. / Gudipati, V. / Uhl, M.K. / Rantase, D.M. / Zangger, K. / Gruber, K. / Macheroux, P.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Catalytic competence, structure and stability of the cancer-associated R139W variant of the human NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 (NQO1).
著者: Lienhart, W.D. / Strandback, E. / Gudipati, V. / Koch, K. / Binter, A. / Uhl, M.K. / Rantasa, D.M. / Bourgeois, B. / Madl, T. / Zangger, K. / Gruber, K. / Macheroux, P.

履歴

登録	2015年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a4k.cif.gz	459.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a4k.ent.gz	378.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5a4k_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a4k_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5a4k_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	5a4k_validation.cif.gz	75.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a4k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qbgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fy4-1 1qbg-6 1dxo-1 5eai-7 1d4a-1 1kbo-2 2f1o-4 6llc-1 1dxo-2 1h69-1 2f1o-3 1gg5-1 1gg5-2 5eai-5 1kbo-1 5eai-3 3jsx-3 2f1o-1 4cf6-d 6fy4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1

B: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1

C: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1

D: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1

C: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1

D: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.606, 56.928, 99.827
Angle α, β, γ (deg.)	100.37, 92.85, 90.22
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.993274, 0.05409, 0.102374), (0.050005, -0.597062, 0.800635), (0.10443, 0.800369, 0.590342)	16.719, 17.47, -9.931
2	given	(-0.992907, -0.056015, -0.104869), (-0.050851, -0.597219, 0.800464), (-0.107468, 0.800119, 0.590135)	31.852, 35.016, -15.518

#1: タンパク質	NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1 / AZOREDUCTASE / DT-DIAPHORASE / DTD / MENADIONE REDUCTASE / NAD(P)H\:QUINONE OXIDOREDUCTASE 1 / ...AZOREDUCTASE / DT-DIAPHORASE / DTD / MENADIONE REDUCTASE / NAD(P)H\:QUINONE OXIDOREDUCTASE 1 / PHYLLOQUINONE REDUCTASE / QUINONE REDUCTASE 1 / QR1 / NADPH QUINONE OXIDOREDUCTASE 分子量: 33107.984 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P15559, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1052 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL HIS-TAG AND CLEAVAGE SITE R139W VARIANT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.57 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 200 MM LI2SO4, 100 MM BISTRIS (PH 6.5), 25% W/V PEG 3350, PROTEIN CONCENTRATION: 6.1 MG/ML

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 詳細: TOROIDAL FOCUSING
放射	モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→49.03 Å / Num. obs: 67587 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.27
反射シェル	解像度: 2.09→2.17 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QBG

1qbg

解像度: 2.093→49.033 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	3418	5.1 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1709	67536	97.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.093→49.033 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8644	0	240	1052	9936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.951	12429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.898	3333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	1299
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1545

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0932-2.1231	0.3198	95	0.2621	2016	X-RAY DIFFRACTION	73
2.1231-2.1548	0.239	151	0.215	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1548-2.1885	0.2532	166	0.2086	2724	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1885-2.2243	0.298	141	0.207	2584	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2243-2.2627	0.2583	136	0.2	2735	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2627-2.3038	0.2194	139	0.1971	2648	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3038-2.3481	0.235	166	0.1865	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3481-2.3961	0.2255	134	0.1839	2697	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3961-2.4482	0.2176	117	0.1777	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4482-2.5051	0.2343	141	0.1852	2694	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5051-2.5678	0.2099	138	0.1719	2752	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5678-2.6372	0.1972	144	0.1808	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6372-2.7148	0.1992	131	0.1815	2726	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7148-2.8024	0.2337	150	0.1778	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8024-2.9025	0.2425	150	0.1885	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9025-3.0187	0.2115	176	0.1788	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0187-3.1561	0.1908	135	0.1733	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1561-3.3225	0.1856	153	0.172	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3225-3.5306	0.1858	125	0.1512	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5306-3.8031	0.1771	134	0.1444	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8031-4.1856	0.1759	133	0.1391	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1856-4.7908	0.1443	150	0.1297	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7908-6.0342	0.1702	164	0.1488	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0342-49.0464	0.1804	149	0.1694	2716	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1215	-0.0914	0.0831	0.8334	0.273	1.4014	-0.0378	-0.1369	-0.0711	0.0848	-0.0228	0.1028	0.122	-0.2542	0.0378	0.1415	-0.0193	0.0208	0.1914	0	0.1505	0.6618	20.4788	33.1882
2	1.8523	-0.2454	0.3969	1.0589	0.7679	1.4266	-0.1863	-0.4046	0.347	0.1855	-0.0104	0.0978	-0.2632	-0.3978	0.1966	0.2828	0.0527	-0.0165	0.3764	-0.0857	0.2254	0.5082	40.5096	48.274
3	0.9378	0.1715	-0.0717	0.587	0.1409	1.4466	-0.0191	0.172	0.1269	-0.0745	-0.0175	0.0742	-0.11	-0.2653	0.0262	0.1519	0.0323	-0.014	0.196	0.0051	0.1658	5.8688	23.6081	-10.494
4	1.5616	0.1478	-0.3361	0.6042	0.5715	1.2073	-0.0895	0.4333	-0.3099	-0.1649	-0.0993	0.1059	0.2918	-0.2724	0.1708	0.276	-0.0636	0.01	0.3743	-0.1028	0.2111	5.783	3.581	-25.4278
5	0.9853	-0.0902	-0.0383	1.3508	0.1451	0.9346	0.0002	-0.0308	0.0255	0.0757	0.0097	-0.1456	-0.0717	0.0736	-0.0094	0.1501	-0.0085	-0.0003	0.1106	-0.0018	0.1552	26.8611	18.1758	1.1224
6	1.1475	0.0172	0.0737	0.8838	0.0511	1.263	-0.0608	0.2227	-0.1178	-0.1308	0.0091	-0.1235	0.0621	0.0892	0.0442	0.1732	-0.0091	0.0337	0.1736	-0.0467	0.1792	25.8041	6.9633	-15.8221
7	0.8936	0.0256	0.1014	1.3961	0.2265	0.8166	-0.0055	0.0312	-0.0512	-0.0431	0.0276	-0.1095	0.0528	0.0826	-0.0013	0.1323	0.0181	0.0029	0.0958	0.0102	0.1275	21.6359	25.8802	21.627
8	1.1195	-0.0156	-0.0396	0.9968	0.0439	1.1242	-0.0303	-0.187	0.109	0.1384	0.0186	-0.0994	-0.0528	0.0832	0.0051	0.176	0.016	-0.0204	0.1728	-0.0389	0.1632	20.5351	37.0216	38.6394

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 3:223)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 224:274)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESID 3:223)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 224:274)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND RESID 3:128)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND RESID 129:273)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND RESID 3:128)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESID 129:272)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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