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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eyn | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the 8D6 (anti-IgE) Fab | ||||||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin E / Fab / antibody | ||||||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. ...Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M. / Davies, A.M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for selective inhibition of immunoglobulin E-receptor interactions by an anti-IgE antibody. 著者: Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M. / Davies, A.M. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 486.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 403.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 497.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 504.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 2種, 6分子 LACHBD
#1: 抗体 | 分子量: 23803.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 8D6 Fab light chain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24555.291 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 8D6 Fab heavy chain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 262分子 






#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M ADA (N-(2-acetamido) iminodiacetic acid) pH6.5 and 12% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→70.64 Å / Num. obs: 74039 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4617 / CC1/2: 0.643 / Rpim(I) all: 0.581 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1I7Z 解像度: 2.4→43.553 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.63
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.553 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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