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- PDB-6eyn: Structure of the 8D6 (anti-IgE) Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eyn
タイトルStructure of the 8D6 (anti-IgE) Fab
要素
  • 8D6 Fab heavy chain
  • 8D6 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin E / Fab / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. ...Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M. / Davies, A.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号
Medical Research Council (United Kingdom)G1100090 英国
Asthma UKAUK-PG-2013-183 英国
Wellcome Trust085944 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2018
タイトル: Structural basis for selective inhibition of immunoglobulin E-receptor interactions by an anti-IgE antibody.
著者: Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M. / Davies, A.M.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 8D6 Fab light chain
H: 8D6 Fab heavy chain
A: 8D6 Fab light chain
B: 8D6 Fab heavy chain
C: 8D6 Fab light chain
D: 8D6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,04919
ポリマ-145,0766
非ポリマー97313
4,486249
1
L: 8D6 Fab light chain
H: 8D6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,98710
ポリマ-48,3592
非ポリマー6298
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
2
A: 8D6 Fab light chain
B: 8D6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4834
ポリマ-48,3592
非ポリマー1242
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
3
C: 8D6 Fab light chain
D: 8D6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5795
ポリマ-48,3592
非ポリマー2203
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.957, 157.957, 77.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

-
抗体 , 2種, 6分子 LACHBD

#1: 抗体 8D6 Fab light chain


分子量: 23803.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 8D6 Fab light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 8D6 Fab heavy chain


分子量: 24555.291 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 8D6 Fab heavy chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 262分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M ADA (N-(2-acetamido) iminodiacetic acid) pH6.5 and 12% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→70.64 Å / Num. obs: 74039 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4617 / CC1/2: 0.643 / Rpim(I) all: 0.581 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I7Z
解像度: 2.4→43.553 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2121 3694 4.99 %
Rwork0.1813 --
obs0.1828 73961 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9109 0 59 249 9417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64312910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4665516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041671
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.43170.34341470.28942744X-RAY DIFFRACTION100
2.4317-2.4650.33131440.28232715X-RAY DIFFRACTION100
2.465-2.50020.32641440.27722719X-RAY DIFFRACTION100
2.5002-2.53750.29581440.25122690X-RAY DIFFRACTION100
2.5375-2.57710.24821460.2422720X-RAY DIFFRACTION100
2.5771-2.61940.28231420.23282716X-RAY DIFFRACTION100
2.6194-2.66450.29181430.23362751X-RAY DIFFRACTION100
2.6645-2.7130.28651410.22662696X-RAY DIFFRACTION100
2.713-2.76520.2551450.21952736X-RAY DIFFRACTION100
2.7652-2.82160.26491440.22492691X-RAY DIFFRACTION100
2.8216-2.88290.32711470.23942755X-RAY DIFFRACTION100
2.8829-2.950.26881420.23382700X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.02370.2711440.22822732X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.10550.2691440.20522721X-RAY DIFFRACTION100
3.1055-3.19680.2121380.19972761X-RAY DIFFRACTION100
3.1968-3.30.22611440.18742691X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.41790.20251410.18692751X-RAY DIFFRACTION100
3.4179-3.55470.19641450.17972713X-RAY DIFFRACTION100
3.5547-3.71640.17241410.16322744X-RAY DIFFRACTION100
3.7164-3.91220.1861400.16162751X-RAY DIFFRACTION100
3.9122-4.15710.18551470.15152742X-RAY DIFFRACTION100
4.1571-4.47780.14781470.13212737X-RAY DIFFRACTION100
4.4778-4.92780.15951440.12762758X-RAY DIFFRACTION100
4.9278-5.63960.17341440.14212764X-RAY DIFFRACTION100
5.6396-7.10030.19611430.18282765X-RAY DIFFRACTION99
7.1003-43.55970.24331030.20632004X-RAY DIFFRACTION70
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.05951.1741-0.32222.8229-1.7255.1040.03070.2455-0.6136-0.24820.0837-0.21180.6460.2096-0.10470.448-0.0084-0.12620.2854-0.07520.474228.7356112.9172-7.2852
20.83490.06250.30993.4071-0.78572.34180.0281-0.0378-0.13-0.1910.20310.11810.06350.0514-0.21330.1993-0.0486-0.01450.29290.02480.2943228.9313131.3118-3.7676
31.80412.13731.96464.36163.54224.2477-0.33180.23770.1819-0.35750.41910.0498-0.62790.4296-0.0760.5469-0.1653-0.02950.4110.02840.3592234.2253151.4183-4.4514
42.88391.056-0.49853.29440.54121.68120.2035-0.63890.06430.439-0.23630.29630.1249-0.7339-0.08460.5666-0.0238-0.05480.58790.01560.3921227.2432123.597619.7955
54.03770.17410.68866.83310.79417.85380.1879-0.3132-0.5652-0.1908-0.1069-0.3970.3089-0.1774-0.16130.39860.0022-0.17520.35720.03990.4446229.9799114.015411.1495
64.2822-0.2763-0.50721.01821.35542.1183-0.0581-1.3337-1.21290.3194-0.0295-0.9471.28190.1544-0.05950.79740.0499-0.28960.51480.14660.8228232.8085107.162417.5013
71.7950.65721.33554.49081.83192.95190.3127-0.5061-0.38850.4482-0.0956-0.06290.3923-0.3611-0.15690.482-0.039-0.09640.42970.10020.3981228.7412118.670815.5775
82.880.84590.35032.84230.66734.8829-0.08420.00790.4972-0.1136-0.12260.3421-0.7313-0.81550.28640.45160.0979-0.00630.3968-0.00210.3549224.3799151.20146.085
93.12160.75280.21613.5864-0.58855.46320.1045-0.10150.1479-0.0040.19830.4138-0.0641-0.9685-0.28640.3953-0.00570.04370.43740.04390.3522222.1862144.43036.9952
103.8773-0.18071.4855.0691-1.19794.5486-0.3104-0.54860.74990.16450.47410.3833-0.9455-1.34380.04080.70350.14560.13530.6621-0.07040.623218.7907151.837612.3084
112.18270.4117-0.24382.07480.23931.55570.11330.4793-0.159-0.7632-0.33610.39530.0831-0.16610.26440.62950.3132-0.06130.72350.04560.7266256.2975112.1674-5.1667
122.5271-1.0261-1.92473.3691-0.58882.12560.39650.5663-0.0657-0.6991-0.61680.0719-0.00790.14130.23710.67180.3530.03110.68560.13340.6146264.5632113.4693-4.7726
132.2107-1.9911-0.47433.7292-1.00572.53390.0054-0.06670.3027-0.1067-0.3348-0.4234-0.08960.07940.37450.34250.1167-0.07530.55640.11010.623259.0919116.555311.7187
142.7473-0.1567-0.25622.9971-0.82622.5538-0.5076-0.6392-0.00420.67190.147-0.1981-0.2752-0.07410.33810.57130.2345-0.07620.7770.08790.5206254.5243115.54527.4357
151.3835-0.4583-0.9832.35691.65051.4948-0.6543-0.778-0.09241.5876-0.04620.1986-0.6116-0.55770.50381.4160.557-0.10191.2214-0.03190.5497250.6168120.45938.0524
162.744-0.0061-0.66466.68773.70234.493-0.3967-0.9766-0.32621.0185-0.1845-0.0219-0.0075-0.38060.56570.86550.34380.00771.01150.1560.5062255.6814109.537537.2608
172.87080.9883-0.09951.0582-0.15571.85650.0413-0.13781.3272-0.3375-0.133-1.27150.0460.84370.01390.45530.07520.10770.62470.1651.1438260.5939139.95892.7086
182.3498-0.643-0.01484.12111.16594.10390.30470.55760.4303-0.1519-0.5287-0.61040.0571-0.01090.11510.56630.24530.170.60880.25470.6951256.4223131.1513-4.4768
192.7242-0.1963-1.79092.24760.99132.77870.59810.81651.1346-0.8398-0.389-0.3427-0.7034-0.3012-0.20230.72280.28360.21570.62790.27870.8906256.6093140.1563-8.0921
201.8939-1.7795-0.44953.12550.97522.84220.48930.19130.748-0.4521-0.4841-0.866-0.00940.3730.13690.46190.15260.03930.53130.17010.788258.0156133.26391.4092
211.7992-0.2711-0.32091.0985-1.03821.6982-0.4362-0.53730.48420.8332-0.0853-1.2927-0.02860.68470.31080.63650.1349-0.44350.81950.01070.9954263.5974127.113927.0049
222.7466-0.38120.01690.56220.85211.449-0.3279-0.27811.06311.0849-0.036-1.1586-0.31551.23460.06010.9290.0463-0.56770.9834-0.11431.497266.3884135.770826.159
233.38970.98280.87735.4213-0.37034.3043-0.08270.3321-0.0794-0.56170.32980.17420.536-0.1227-0.19890.5514-0.1787-0.10640.44870.05520.3597217.8274131.1161-34.6683
241.29730.2122-0.33482.09340.69881.36680.29010.26760.1365-0.55390.15891.60830.1529-0.9096-0.14020.7032-0.3537-0.50281.21520.5771.6044183.4071129.0002-39.7116
254.9210.2896-1.01233.09850.4851.6596-0.0898-0.34440.41580.03820.12130.5329-0.3333-0.3725-0.02030.6352-0.0949-0.07410.51140.19860.5647211.8704153.3313-29.9134
263.8252-0.4071-0.69144.1659-0.66024.4664-0.18650.57020.0781-0.88320.23970.4812-0.6265-0.1398-0.06490.7346-0.1497-0.0860.52120.15010.4946217.993152.972-38.8984
273.83790.01050.60843.2181-0.41541.4829-0.23390.17420.4443-0.14930.29290.859-0.385-0.35540.01670.633-0.0953-0.11180.52240.18280.6054210.746151.5467-33.8472
281.54670.59010.29184.02681.22380.37370.0631-0.05620.81490.4074-0.01191.6406-0.1092-0.4423-0.08130.739-0.1153-0.01721.05350.3821.4628186.0339143.3217-31.4221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 79 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 80 through 132 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 133 through 217 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 2 through 25 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 29 through 52 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 53 through 64 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 65 through 125 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 126 through 151 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 152 through 209 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 210 through 221 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 42 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 43 through 79 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 80 through 132 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 133 through 178 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 179 through 202 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 203 through 216 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 2 through 31 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 32 through 52 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 53 through 83 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 84 through 125 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 126 through 200 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 201 through 219 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 1 through 105 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 106 through 212 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 1 through 39 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 40 through 73 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 74 through 125 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 126 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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