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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6eyo | ||||||||||||
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Title | Structure of extended IgE-Fc in complex with two anti-IgE Fabs | ||||||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin E / Fab / antibody / complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / complement activation, classical pathway / FCERI mediated MAPK activation / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / inflammatory response / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. ...Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M. / Davies, A.M. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for selective inhibition of immunoglobulin E-receptor interactions by an anti-IgE antibody. Authors: Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M. / Davies, A.M. | ||||||||||||
History |
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6eynC ![]() 2wqrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36354.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fc region of immunoglobulin E / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 24555.291 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: 8D6 Fab heavy chain / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23803.211 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: 8D6 Fab light chain / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1M Tris-HCl pH8.0 and 45% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4PO/OH) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.7→88.93 Å / Num. obs: 20732 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.6 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Rpim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 6.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.7→4.05 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4698 / CC1/2: 0.819 / Rpim(I) all: 0.284 / % possible all: 95.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2wqr Resolution: 3.7→88.93 Å / SU ML: 0.49 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.25 / Phase error: 29.32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.7→88.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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