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Yorodumi- PDB-6u7l: 2.75 Angstrom Crystal Structure of Galactarate Dehydratase from E... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u7l | ||||||
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Title | 2.75 Angstrom Crystal Structure of Galactarate Dehydratase from Escherichia coli. | ||||||
Components | (Galactarate dehydratase (L-threo-forming)) x 2 | ||||||
Keywords | LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / galactarate dehydratase / garD | ||||||
Function / homology | Function and homology information galactarate dehydratase / galactarate catabolic process / galactarate dehydratase activity / D-galacturonate catabolic process / ferrous iron binding / protein homodimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2020 Title: Structure of galactarate dehydratase, a new fold in an enolase involved in bacterial fitness after antibiotic treatment. Authors: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Mih, N. / Jaroszewski, L. / Palsson, B. / Godzik, A. / Satchell, K.J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u7l.cif.gz | 709.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u7l.ent.gz | 608.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u7l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6u7l_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6u7l_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 6u7l_validation.xml.gz | 62.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6u7l_validation.cif.gz | 86.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u7l | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 57326.410 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: garD, yhaG, b3128, JW3097 / Variant: MG1655 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Magic / References: UniProt: P39829, galactarate dehydratase #2: Protein | Mass: 57246.434 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: garD, yhaG, b3128, JW3097 / Variant: MG1655 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Magic / References: UniProt: P39829, galactarate dehydratase #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: Protein: 7.6 mg/ml, 0.5 Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PACT (D11), 0.2M Calcium chloride, 0.1M Tris pH 8.0, 20% (w/v) PEG 6000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2017 / Details: C(111) |
Radiation | Monochromator: Be / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→30 Å / Num. obs: 56199 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 59.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.1 / Χ2: 1.115 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.8 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2851 / CC1/2: 0.779 / Rpim(I) all: 0.349 / Rrim(I) all: 0.867 / Rsym value: 0.793 / Χ2: 1.001 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.75→29.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 29.778 / SU ML: 0.283 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.347 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 222.69 Å2 / Biso mean: 72.094 Å2 / Biso min: 27.52 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.75→29.23 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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