PDB-6u7l: 2.75 Angstrom Crystal Structure of Galactarate Dehydratase from E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u7l

タイトル

2.75 Angstrom Crystal Structure of Galactarate Dehydratase from Escherichia coli.

要素

(Galactarate dehydratase (L-threo-forming)) x 2

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID /

galactarate dehydratase / garD

機能・相同性

機能・相同性情報

galactarate dehydratase / D-galacturonate catabolic process / galactarate catabolic process /

galactarate dehydratase activity /

ferrous iron binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structure of galactarate dehydratase, a new fold in an enolase involved in bacterial fitness after antibiotic treatment.
著者: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Mih, N. / Jaroszewski, L. / Palsson, B. / Godzik, A. / Satchell, K.J.F.

履歴

登録	2019年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u7l.cif.gz	709.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u7l.ent.gz	608.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/6u7l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qnk-1 4aps-d 1gkx-1 2uvf-d 5k6v-1 6i3j-d 3one-d 4b9d-d 7nqt-d 3b98-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galactarate dehydratase (L-threo-forming)

B: Galactarate dehydratase (L-threo-forming)

C: Galactarate dehydratase (L-threo-forming)

D: Galactarate dehydratase (L-threo-forming)

ヘテロ分子

230 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galactarate dehydratase (L-threo-forming)

B: Galactarate dehydratase (L-threo-forming)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Galactarate dehydratase (L-threo-forming)

D: Galactarate dehydratase (L-threo-forming)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.462, 167.574, 117.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	14 - 523
2	1	B	14 - 523
1	2	A	10 - 523
2	2	C	10 - 523
1	3	A	12 - 523
2	3	D	12 - 523
1	4	B	14 - 522
2	4	C	14 - 522
1	5	B	14 - 523
2	5	D	14 - 523
1	6	C	12 - 523
2	6	D	12 - 523

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Galactarate dehydratase (L-threo-forming) / GalcD 分子量: 57326.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: garD, yhaG, b3128, JW3097 / Variant: MG1655 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: P39829, galactarate dehydratase
#2: タンパク質	Galactarate dehydratase (L-threo-forming) / GalcD 分子量: 57246.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: garD, yhaG, b3128, JW3097 / Variant: MG1655 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: P39829, galactarate dehydratase
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein: 7.6 mg/ml, 0.5 Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PACT (D11), 0.2M Calcium chloride, 0.1M Tris pH 8.0, 20% (w/v) PEG 6000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月2日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 56199 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 59.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.109 / R_sym value: 0.1 / Χ²: 1.115 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2851 / CC_1/2: 0.779 / R_pim(I) all: 0.349 / R_rim(I) all: 0.867 / R_sym value: 0.793 / Χ²: 1.001 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→29.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 29.778 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.347
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2409	2734	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2065	-	-	-
obs	0.2082	53337	98.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 222.69 Å² / B_iso mean: 72.094 Å² / B_iso min: 27.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.51 Å²	0 Å²	-1.47 Å²
2-	-	-7.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→29.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13852	0	16	150	14018
B_iso mean	-	-	82.58	56.02	-
残基数	-	-	-	-	1816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	14197
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.645	19292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.321	1.568	30959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.745	5	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.806	22.764	662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	7.565	15	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.64	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.053	0.02	15860
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.049	0.02	2776

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13424	0.09
1	2	B	13424	0.09
2	1	A	13689	0.08
2	2	C	13689	0.08
3	1	A	13434	0.09
3	2	D	13434	0.09
4	1	B	13352	0.09
4	2	C	13352	0.09
5	1	B	13348	0.09
5	2	D	13348	0.09
6	1	C	13352	0.1
6	2	D	13352	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	210	-
R_work	0.301	3849	-
all	-	4059	-
obs	-	-	97.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6965	-3.4984	-0.6262	4.1892	-0.6788	1.8518	-0.0522	-0.0691	0.2736	-0.1397	0.1651	-0.0697	-0.4638	-0.2104	-0.1129	0.4009	0.0352	-0.0613	0.2953	0.1704	0.1709	-9.1317	42.0509	231.6366
2	2.9283	2.6458	0.6592	5.2143	0.3478	2.2408	-0.0032	0.2658	-0.1328	-0.3538	0.0194	-0.1756	0.1832	0.0994	-0.0161	0.0703	0.0581	0.0422	0.2947	0.0334	0.0872	2.2947	-1.2777	241.3407
3	1.786	2.493	1.3199	5.2734	1.4448	1.1302	0.1296	0.4834	-0.328	-0.7485	-0.069	-0.69	0.4268	0.5038	-0.0606	0.7934	0.2397	0.2959	0.713	0.0484	0.403	3.0665	-4.3203	229.7881
4	0.6551	0.1024	0.4175	1.3412	0.1474	1.7647	-0.0188	0.2863	0.0753	-0.5457	-0.0798	-0.3282	-0.1805	0.1806	0.0987	0.2386	0.0091	0.1274	0.4181	0.0918	0.1016	2.7289	12.775	233.6013
5	0.6822	-0.0269	-0.062	1.3397	-0.5052	0.7879	-0.0733	0.124	0.0924	-0.3006	-0.0371	-0.0906	-0.0853	-0.0064	0.1104	0.1573	0.0145	-0.008	0.356	0.0934	0.0574	-2.4053	17.4379	239.122
6	6.9878	-3.1304	-2.7226	9.8774	-2.1652	2.4236	-0.2644	0.0812	-0.754	-1.2971	-0.2147	-0.1667	0.5974	0.0852	0.4791	0.9076	-0.1243	0.1391	0.3077	-0.0236	0.1138	-8.6856	-30.2949	199.2402
7	1.6951	1.1637	-1.9127	2.5348	0.5884	4.4884	-0.5225	0.2326	0.2183	-1.0875	0.0954	0.7983	0.042	-0.3929	0.427	0.7094	0.0077	-0.3699	0.5098	0.0693	0.286	-27.9133	-13.6674	208.3104
8	1.9119	1.3167	-0.8221	2.9705	1.2299	6.1065	-0.096	-0.2882	0.2093	-0.577	-0.1055	0.5945	-0.289	-0.1358	0.2015	0.1522	-0.0163	-0.0775	0.3068	-0.0826	0.2707	-25.0186	1.1695	235.8321
9	0.7827	0.6618	0.5186	3.1382	1.2389	2.1037	-0.1592	0.1151	0.0508	-0.8738	0.012	0.4962	-0.0687	-0.2748	0.1471	0.2938	-0.0811	-0.1457	0.33	0.0047	0.0836	-24.1088	-9.8375	220.7138
10	2.1298	1.1244	0.3465	2.3732	1.315	2.198	-0.1113	-0.2264	0.0561	-0.3737	-0.2499	0.5842	0.4297	-0.3746	0.3612	0.3726	-0.0666	-0.0939	0.4838	-0.0493	0.1778	-23.4769	-17.7558	225.412
11	4.4538	3.201	2.2344	3.3427	0.5815	2.7853	0.3116	-0.2461	-0.4747	0.4564	0.1196	0.0344	0.2653	-0.2635	-0.4312	0.2557	0.0914	0.1454	0.24	0.1614	0.2364	5.8296	-23.9358	281.7289
12	2.3256	-1.6875	-0.7158	4.7898	0.9685	2.1722	-0.0504	-0.1199	0.3071	0.0752	0.0331	-0.0216	-0.1434	0.0712	0.0173	0.0442	-0.0382	0.0514	0.378	0.0106	0.2324	18.5582	17.8407	270.0833
13	1.6004	0.2702	-0.3658	2.5279	0.322	1.27	0.0522	-0.1402	0.2466	0.4969	0.0643	-0.4031	0.086	0.1489	-0.1165	0.1461	0.0052	-0.012	0.5083	0.0203	0.2215	19.2754	14.4473	272.579
14	6.7653	-3.1337	0.2244	3.5904	0.4578	4.6387	-0.0118	-0.416	-0.1116	0.6722	-0.144	0.0294	0.1495	0.1942	0.1557	0.2765	-0.0145	0.0224	0.2568	0.0712	0.024	18.9069	-3.8715	291.3016
15	1.196	-0.0352	0.5092	1.9422	0.0885	1.9335	-0.046	-0.0368	0.0597	0.3798	-0.0103	0.0369	0.1541	0.1274	0.0563	0.1253	0.0194	0.0741	0.4173	0.0455	0.1274	13.6526	-0.157	272.8949
16	5.4844	7.3568	0.4146	11.1148	-1.4296	7.0829	0.1342	-0.2384	0.6432	1.0472	-0.3489	-0.0513	-0.8381	1.0567	0.2147	0.7383	0.0398	-0.5189	0.6168	-0.4624	1.312	6.9892	52.8842	305.3567
17	3.7734	0.7813	0.1502	3.8162	-2.7866	2.2592	-0.1363	-1.6197	0.1504	1.6553	-0.7413	-1.073	-1.0221	0.3857	0.8776	1.932	0.0645	-0.5033	1.476	-0.3916	1.0464	3.5656	38.685	315.0622
18	1.1796	-1.1465	-0.5698	2.8973	2.1889	3.3925	-0.1369	-0.0233	-0.2425	0.3438	-0.0486	0.5931	0.38	-0.0391	0.1855	0.0729	-0.0133	0.0991	0.2512	-0.0103	0.2637	-12.3443	19.2044	277.404
19	0.6203	-0.6649	-0.0075	2.5869	0.8913	0.7149	-0.2071	-0.1518	0.1475	0.7906	0.0466	0.1704	0.2154	-0.12	0.1605	0.2776	0.0405	0.0916	0.3666	-0.0767	0.1678	-10.5751	26.4745	291.8065
20	1.2785	-0.9542	-0.6197	1.3936	1.3264	1.5007	-0.0476	-0.1129	0.299	0.054	0.1122	-0.1841	-0.0452	0.0514	-0.0646	0.1143	-0.0015	0.0508	0.2833	-0.0993	0.2613	-4.078	37.6225	284.7068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	111 - 176
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	186 - 248
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	249 - 377
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	378 - 523
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	14 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	86 - 130
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	131 - 208
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	209 - 476
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	477 - 523
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	9 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	110 - 187
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	188 - 319
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	320 - 377
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	378 - 523
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	12 - 54
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	55 - 107
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	108 - 249
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	250 - 434
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	435 - 523

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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