+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5gw0 | ||||||
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Title | Crystal structure of SNX16 PX-Coiled coil | ||||||
Components | Sorting nexin-16 | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Sorting nexin / PX domain / endosome sorting | ||||||
Function / homology | Function and homology information extrinsic component of endosome membrane / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / endosome to lysosome transport / phosphatidylinositol binding / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / lysosome / early endosome ...extrinsic component of endosome membrane / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / endosome to lysosome transport / phosphatidylinositol binding / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / lysosome / early endosome / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Xu, J. / Liu, J. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2017 Title: SNX16 Regulates the Recycling of E-Cadherin through a Unique Mechanism of Coordinated Membrane and Cargo Binding. Authors: Xu, J. / Zhang, L. / Ye, Y. / Shan, Y. / Wan, C. / Wang, J. / Pei, D. / Shu, X. / Liu, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5gw0.cif.gz | 437 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5gw0.ent.gz | 379.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5gw0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5gw0_validation.pdf.gz | 470.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5gw0_full_validation.pdf.gz | 492.6 KB | Display | |
Data in XML | 5gw0_validation.xml.gz | 37 KB | Display | |
Data in CIF | 5gw0_validation.cif.gz | 50.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/5gw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/5gw0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21451.066 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP RESIDUES 100-278 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SNX16 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P57768 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.49 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS Mosaicity: 0.56 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 31mM Citric, 69mM Bis-tris Propanol, 18% PEG 5000, 70mM NaF, 2mM TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9791 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.3→56.77 Å / Num. obs: 27200 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 110.09 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 98589 / Scaling rejects: 8 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 3.6 % / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.3→19.991 Å / SU ML: 0.51 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / Phase error: 33.31 / Stereochemistry target values: MLHL Details: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→19.991 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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