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万見
- PDB-6eds: Structure of Cysteine-free Human Insulin-Degrading Enzyme in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eds
タイトルStructure of Cysteine-free Human Insulin-Degrading Enzyme in complex with Glucagon and Substrate-selective Macrocyclic Inhibitor 63
要素
  • Glucagon
  • Insulin-degrading enzyme
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Insulin / Glucagon / Diabetes / Exo-site / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior ...glucagon receptor binding / insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / ubiquitin-modified protein reader activity / insulin binding / regulation of aerobic respiration / peptide catabolic process / positive regulation of calcium ion import / cellular response to glucagon stimulus / amyloid-beta clearance / response to starvation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of insulin secretion / peroxisomal matrix / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / amyloid-beta metabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / protein kinase A signaling / Insulin receptor recycling / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / proteolysis involved in protein catabolic process / response to activity / gluconeogenesis / Peroxisomal protein import / peptide binding / protein catabolic process / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Glucagon signaling in metabolic regulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / metalloendopeptidase activity / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of protein catabolic process / peroxisome / positive regulation of protein binding / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / glucose homeostasis / virus receptor activity / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / basolateral plasma membrane / secretory granule lumen / endopeptidase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Ub-specific processing proteases / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glucagon / Peptidase M16, middle/third domain / Middle or third domain of peptidase_M16 / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Peptidase M16, zinc-binding site ...Glucagon / Peptidase M16, middle/third domain / Middle or third domain of peptidase_M16 / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Chem-J22 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pro-glucagon / Insulin-degrading enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18071730876 Å
データ登録者Tan, G.A. / Seeliger, M.A. / Maianti, J.P. / Liu, D.R. / Welsh, A.J.
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Substrate-selective inhibitors that reprogram the activity of insulin-degrading enzyme.
著者: Maianti, J.P. / Tan, G.A. / Vetere, A. / Welsh, A.J. / Wagner, B.K. / Seeliger, M.A. / Liu, D.R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Anti-diabetic activity of insulin-degrading enzyme inhibitors mediated by multiple hormones.
著者: Maianti, J.P. / McFedries, A. / Foda, Z.H. / Kleiner, R.E. / Du, X.Q. / Leissring, M.A. / Tang, W.J. / Charron, M.J. / Seeliger, M.A. / Saghatelian, A. / Liu, D.R.
履歴
登録2018年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-degrading enzyme
B: Insulin-degrading enzyme
C: Glucagon
D: Glucagon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,21012
ポリマ－233,3564
非ポリマー1,8548
水00
1
A: Insulin-degrading enzyme
C: Glucagon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6056
ポリマ－116,6782
非ポリマー9274
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area37500 Å2
手法PISA
2
B: Insulin-degrading enzyme
D: Glucagon
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Glucagon was previously crystallized in the IDE cavity by Shen et al. (2006), PDB ID: 2G49. We modeled glucagon into our IDE structure based on the 2G49 structure.
  • 118 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6056
ポリマ－116,6782
非ポリマー9274
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area37470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)263.119, 263.119, 90.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNPROPROchain 'A'AA43 - 9672 - 926
121ILEILEHISHISchain 'A'AA978 - 1011937 - 970
211ASNASNPROPRO(chain 'B' and (resid 43 through 526 or (resid 527...BB43 - 9672 - 926
221ILEILEHISHIS(chain 'B' and (resid 43 through 526 or (resid 527...BB978 - 1011937 - 970
112HISHISTHRTHRchain 'C'CC1 - 51 - 5
122PHEPHEASNASNchain 'C'CC22 - 2822 - 28
212HISHISTHRTHRchain 'D'DD1 - 51 - 5
222PHEPHEASNASNchain 'D'DD22 - 2822 - 28

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Insulin-degrading enzyme / Abeta-degrading protease / Insulin protease / Insulinase / Insulysin


分子量: 113191.031 Da / 分子数: 2
変異: C110L, E111Q, C171S, C178A, C257V, C414L, C573N, C590S, C789S, C812A, C819A, C904S, C966N, C974A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14735, insulysin
#2: タンパク質・ペプチド Glucagon


分子量: 3486.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Glucagon, marketed as Glucagen and manufactured by Boehringer Ingelheim.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCG / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01275

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-J22 / {(8R,9S,10S)-9-(2',3'-dimethyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-6-[(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)sulfonyl]-1,6-diazabicyclo[6.2.0]decan-10-yl}methanol


分子量: 494.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 12% Tacsimate pH 7.0, 13% PEGMME, 10% Dioxane
PH範囲: 6.8-7.0 / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979341 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979341 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→131.559 Å / Num. obs: 60302 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 57.9001204686 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.369 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.378 / Net I/σ(I): 10.98
反射 シェル解像度: 3.181→3.2356 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LTE

4lte


解像度: 3.18071730876→131.559 Å / SU ML: 0.332870484009 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33583552402 / 位相誤差: 21.3338903277
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222083555612 2869 4.76127254925 %R-free arrays for test set were copied from a different, previously refined crystal structure of ligand-bound IDE (different crystal, but identical protein and ligands). Additionally, Rfree array for test set was further expanded to resolution range of crystal.
Rwork0.176784619198 ---
obs0.178934820394 60257 99.9270327192 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.5855318537 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18071730876→131.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15800 0 126 0 15926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038273187095116328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64529426052722100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04169539744712366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004168016388652850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2339699189832
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1807-3.23560.2681352334061400.2400794743112867X-RAY DIFFRACTION100
3.2356-3.29440.3164305129721410.2509292804792847X-RAY DIFFRACTION100
3.2944-3.35780.3068260466871430.2448124058512852X-RAY DIFFRACTION100
3.3578-3.42630.2853433289871420.2420508851022840X-RAY DIFFRACTION100
3.4263-3.50080.2758486812551420.2234058463382849X-RAY DIFFRACTION100
3.5008-3.58230.2687991582421420.2115791720392843X-RAY DIFFRACTION100
3.5823-3.67190.2299944564121360.1992003545562852X-RAY DIFFRACTION100
3.6719-3.77110.275470737141470.1992616811522892X-RAY DIFFRACTION100
3.7711-3.88210.2559373813611380.1957820712252813X-RAY DIFFRACTION100
3.8821-4.00740.274620198141430.1925867193312862X-RAY DIFFRACTION100
4.0074-4.15070.2334799267341510.1780633337642892X-RAY DIFFRACTION100
4.1507-4.31690.21102222531400.1513588369972858X-RAY DIFFRACTION100
4.3169-4.51330.152458154931450.1365064268642855X-RAY DIFFRACTION100
4.5133-4.75130.155244994851490.1288111677952876X-RAY DIFFRACTION100
4.7513-5.0490.170788005241430.1357232224872869X-RAY DIFFRACTION100
5.049-5.43880.2208910947031450.1524880784532862X-RAY DIFFRACTION99.9667553191
5.4388-5.98620.2127354937971430.174522980122898X-RAY DIFFRACTION100
5.9862-6.85240.2185050593181440.1769404223292887X-RAY DIFFRACTION100
6.8524-8.6330.2001845327471470.1529569750932920X-RAY DIFFRACTION100
8.633-131.67210.1781468310071480.1594714605562954X-RAY DIFFRACTION98.6327503975
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 72.4902556943 Å / Origin y: -78.3115153621 Å / Origin z: 4.86863644608 Å
111213212223313233
T0.219624829456 Å2-0.0509939685964 Å2-0.0109079168917 Å2-0.199521258058 Å2-0.0624559920884 Å2--0.193571918022 Å2
L0.258352041512 °20.138994572921 °2-0.133036257465 °2-0.0635031657893 °2-0.106644472432 °2--0.0493262852621 °2
S0.0308750590584 Å °0.027254757198 Å °0.000221417665649 Å °0.017716643231 Å °-0.0291341282511 Å °-0.00259016592314 Å °0.00653728216513 Å °-0.0306840269724 Å °0.00117384039258 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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