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万見
- PDB-6e85: 1.25 Angstrom Resolution Crystal Structure of 4-hydroxythreonine-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+85
タイトル1.25 Angstrom Resolution Crystal Structure of 4-hydroxythreonine-4-phosphate Dehydrogenase from Klebsiella pneumoniae.
要素D-threonate 4-phosphate dehydrogenase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 4-hydroxythreonine-4-phosphate Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PdxA family / Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxA / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / NICKEL (II) ION / PYROPHOSPHATE 2- / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase PdxA
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-threonate 4-phosphate dehydrogenase
B: D-threonate 4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,65312
ポリマ－70,8482
非ポリマー80510
水17,186954
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.355, 76.216, 92.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

POP

21A-964-

HOH

31B-910-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-threonate 4-phosphate dehydrogenase


分子量: 35423.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: pdxA, AN676_0302560, C4Z09_19135, C4Z14_08130, C4Z36_17000, C5Y00_08690, C5Y06_22400, CLQ72_17060, CVG30_05510
プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) Magic
参照: UniProt: A0A1Y0PY16, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

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非ポリマー , 6種, 964分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein: 6.9 mg/ml, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; Screen: Classics II (G2), 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350;

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月24日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 177342 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.053 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 8637 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.349 / Rrim(I) all: 0.654 / Rsym value: 0.549 / Χ2: 0.999 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HI1

2hi1


解像度: 1.25→29.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.22 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1392 8941 5 %RANDOM
Rwork0.11384 ---
obs0.11509 168266 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20.01 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.25→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4923 0 38 954 5915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0145678
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.6637810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4891.62512145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6795777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35921.208265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.27515915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4751542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0420.026700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.040.021004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2610.9862955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2610.9862956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4581.4843783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4571.4853784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6851.2682723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6131.2472689
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9811.793985
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.05714.8186603
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.54513.46291
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.784310845
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.8995693
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.937511096
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 646 -
Rwork0.225 12159 -
obs--97.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51260.1181-0.25290.7572-0.22311.3611-0.0316-0.0264-0.0785-0.032-0.0345-0.07340.09760.08970.06620.01620.0130.01080.01070.00920.01758.35883.304270.4178
20.6164-0.2478-0.56950.61790.18820.78550.05410.0907-0.0240.0357-0.0830.0761-0.0611-0.11920.02890.0121-0.00170.0060.099-0.03540.01893.2314-2.629539.5349
31.05570.2840.00830.5071-0.23511.0762-0.04880.0596-0.0335-0.1252-0.0246-0.08340.07850.04930.07350.03620.01210.02510.0279-0.0090.037511.40865.11160.1026
40.3305-0.0286-0.07050.9898-0.67491.61430.0082-0.0099-0.00170.09380.04010.1009-0.0825-0.1551-0.04830.01820.01010.01150.01950.00290.011222.28883.94983.6009
50.6203-0.1188-0.27830.41710.15350.83080.0241-0.03310.0248-0.0174-0.0267-0.0193-0.05440.04370.00260.006-0.0119-0.00060.05110.0040.002626.8473-5.734533.4301
61.6957-0.61260.82741.306-0.62022.1367-0.0582-0.16080.03680.30680.09150.0845-0.2847-0.3009-0.03340.11680.05040.04950.08120.01610.033819.32076.365713.8578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2A147 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3A289 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 146
5X-RAY DIFFRACTION5B147 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6B290 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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