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万見
- PDB-6dkj: human GIPR ECD and Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dkj
タイトルhuman GIPR ECD and Fab complex
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Gastric inhibitory polypeptide receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / endocrine pancreas development / response to fatty acid / G protein-coupled peptide receptor activity / immunoglobulin complex / peptide hormone binding / response to axon injury ...gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / endocrine pancreas development / response to fatty acid / G protein-coupled peptide receptor activity / immunoglobulin complex / peptide hormone binding / response to axon injury / response to glucose / activation of adenylate cyclase activity / response to nutrient / regulation of insulin secretion / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to calcium ion / Glucagon-type ligand receptors / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / immune response / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, gastric inhibitory polypeptide receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily ...GPCR, family 2, gastric inhibitory polypeptide receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / : / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Gastric inhibitory polypeptide receptor / Epididymis luminal protein 213
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Min, X. / Wang, Z.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2018
タイトル: Anti-obesity effects of GIPR antagonists alone and in combination with GLP-1R agonists in preclinical models.
著者: Killion, E.A. / Wang, J. / Yie, J. / Shi, S.D. / Bates, D. / Min, X. / Komorowski, R. / Hager, T. / Deng, L. / Atangan, L. / Lu, S.C. / Kurzeja, R.J.M. / Sivits, G. / Lin, J. / Chen, Q. / ...著者: Killion, E.A. / Wang, J. / Yie, J. / Shi, S.D. / Bates, D. / Min, X. / Komorowski, R. / Hager, T. / Deng, L. / Atangan, L. / Lu, S.C. / Kurzeja, R.J.M. / Sivits, G. / Lin, J. / Chen, Q. / Wang, Z. / Thibault, S.A. / Abbott, C.M. / Meng, T. / Clavette, B. / Murawsky, C.M. / Foltz, I.N. / Rottman, J.B. / Hale, C. / Veniant, M.M. / Lloyd, D.J.
履歴
登録2018年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
C: Gastric inhibitory polypeptide receptor
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
D: Gastric inhibitory polypeptide receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,0478
ポリマ－120,9236
非ポリマー1242
水18,0691003
1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
C: Gastric inhibitory polypeptide receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4613
ポリマ－60,4613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area24580 Å2
手法PISA
2
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
D: Gastric inhibitory polypeptide receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5855
ポリマ－60,4613
非ポリマー1242
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.907, 63.649, 159.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23806.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DOX5
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23206.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEL-213
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: V9HW34
#3: タンパク質 Gastric inhibitory polypeptide receptor / GIP-R / Glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor


分子量: 13447.896 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 22-138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIPR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P48546
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 4000 and 20% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.74 Å / Num. obs: 79376 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 294866
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-1.993.80.63345370.8170.3750.73797.1
9.94-19.743.60.0285630.9990.0170.03386.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev-2328_1692)精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.12データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.719 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 3838 4.84 %
Rwork0.1986 --
obs0.2005 79290 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.65 Å2 / Biso mean: 26.4336 Å2 / Biso min: 8.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→19.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8259 0 8 1003 9270
Biso mean--23.22 33.96 -
残基数----1077

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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