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- PDB-2hi1: The structure of a putative 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hi1
タイトルThe structure of a putative 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase from Salmonella typhimurium.
要素4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase 2
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Pyridoxal phosphate biosynthesis / Salmonella Typhimurium / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


4-phospho-D-threonate 3-dehydrogenase / NAD binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PdxA family / Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxA / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-threonate 4-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Quartey, P. / Holzle, D. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of a putative 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase from Salmonella typhimurium.
著者: Cuff, M.E. / Quartey, P. / Holzle, D. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300Author states that biological unit for the protein is not yet known

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase 2
B: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5102
ポリマ－71,5102
非ポリマー00
水7,602422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area25750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.660, 92.892, 101.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase 2 / 4-(phosphohydroxy)-L-threonine dehydrogenase 2


分子量: 35754.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: pdxA2 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P58718, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Na formate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918, 0.97932
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月22日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
20.979321
反射解像度: 2.3→39.9 Å / Num. all: 28553 / Num. obs: 28553 / % possible obs: 90.59 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.198 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 64.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
autoSHARP位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 15.301 / SU ML: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.278
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26613 1559 5.2 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.191 28553 --
obs0.191 28553 90.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.851 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.13 Å20 Å20 Å2
2--4.51 Å20 Å2
3----2.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4861 0 0 422 5283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9756774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0675647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6823.542192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.18915832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6481533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.22490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8081.53317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2225174
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81931859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7884.51599
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 77 -
Rwork0.225 1567 -
obs--67.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35170.2763-0.01131.0972-0.29463.11960.08490.00720.0496-0.0378-0.01330.0058-0.2294-0.0855-0.0716-0.2250.0282-0.005-0.17140.0077-0.186311.814781.4239-6.864
20.459-0.141-0.33010.6761-0.56523.58640.02840.0461-0.0850.0696-0.0270.04710.1929-0.4836-0.0014-0.2239-0.0519-0.0079-0.1-0.01-0.17469.034671.357717.5483
32.6248-0.07380.30233.0693-0.8034.12120.0268-0.6673-0.71920.3856-0.01510.2332-0.0019-0.099-0.0117-0.28190.00240.04770.07850.2094-0.082228.650456.397955.1898
42.2924-0.4389-0.04651.2676-1.0272.7343-0.0343-0.1436-0.0861-0.0599-0.01270.0622-0.0080.21310.0471-0.2340.0058-0.0043-0.1692-0.015-0.231828.576370.648633.169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1555 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2AA156 - 327159 - 330
3X-RAY DIFFRACTION3BB3 - 1556 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4BB156 - 327159 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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