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- PDB-6dzn: Pan-ebolavirus human antibody ADI-15878 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dzn
タイトルPan-ebolavirus human antibody ADI-15878 Fab
要素(Antibody ADI-15878, ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / ADI-15878 / Antibody / pan-ebolavirus / immunotherapeutic / Ebola virus / Bundibugyo virus
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Murin, C.D. / Ward, A.B. / Bruhn, J.F. / Stanfield, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109762 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Pan-Ebolavirus Neutralization by an Antibody Targeting the Glycoprotein Fusion Loop.
著者: Charles D Murin / Jessica F Bruhn / Zachary A Bornholdt / Jeffrey Copps / Robyn Stanfield / Andrew B Ward /
要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) with pan-ebolavirus cross-reactivity are highly desirable, but development of such mAbs is limited by a lack of a molecular understanding of cross-reactive epitopes. The ...Monoclonal antibodies (mAbs) with pan-ebolavirus cross-reactivity are highly desirable, but development of such mAbs is limited by a lack of a molecular understanding of cross-reactive epitopes. The antibody ADI-15878 was previously identified from a human survivor of Ebola virus Makona variant (EBOV/Mak) infection. This mAb demonstrated potent neutralizing activity against all known ebolaviruses and provided protection in rodent and ferret models against three ebolavirus species. Here, we describe the unliganded crystal structure of ADI-15878 as well as the cryo-EM structures of ADI-15878 in complex with the EBOV/Mak and Bundibugyo virus (BDBV) glycoproteins (GPs). ADI-15878 binds through an induced-fit mechanism by targeting highly conserved residues in the internal fusion loop (IFL), bridging across GP protomers via the heptad repeat 1 (HR1) region. Our structures provide a more complete description of the ebolavirus immunogenic landscape, as well as a molecular basis for how rare but potent antibodies target conserved filoviral fusion machinery.
履歴
登録2018年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Antibody ADI-15878, light chain
H: Antibody ADI-15878, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,65910
ポリマ－47,1172
非ポリマー5418
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.057, 96.837, 54.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Antibody ADI-15878, light chain


分子量: 23175.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AbVec / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Antibody ADI-15878, heavy chain


分子量: 23941.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AbVec / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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非ポリマー , 4種, 282分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV


分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M citric acid pH 5.0, 1 M LiCl and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.45 Å / Num. obs: 24142 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.92 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / CC1/2: 0.73 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.12 / Net I/av σ(I): 2 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.82 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1150 / CC1/2: 0.31 / Rpim(I) all: 0.82 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→46.449 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 1166 4.84 %
Rwork0.2236 --
obs0.2256 24114 96.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3315 0 28 274 3617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.584718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5021251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0946-2.190.39471370.3552795X-RAY DIFFRACTION95
2.19-2.30540.37621370.33112829X-RAY DIFFRACTION95
2.3054-2.44980.3511520.31832904X-RAY DIFFRACTION98
2.4498-2.6390.33061590.29522884X-RAY DIFFRACTION98
2.639-2.90450.30641350.26552837X-RAY DIFFRACTION96
2.9045-3.32470.25381510.21052917X-RAY DIFFRACTION98
3.3247-4.18840.22281390.16162914X-RAY DIFFRACTION97
4.1884-46.46090.19571560.16912868X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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