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- EMDB-8936: Bundibugyo virus GP (mucin-deleted) in complex with pan-ebolaviru... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8936
タイトルBundibugyo virus GP (mucin-deleted) in complex with pan-ebolavirus human antibody ADI-15878 Fab
マップデータBundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab
試料
  • 複合体: Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab
    • 複合体: Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Bundibugyo virus GP2
    • 複合体: Human survivor antibody ADI-15878 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Antibody ADI-15878 Fab, light chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody ADI-15878 Fab, heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: Bundibugyo virus GP1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードantibody / pan-ebolavirus / internal fusion loop / HR1 / glycoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus (エボラウイルス) / Bundibugyo virus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Bundibugyo ebolavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.29 Å
データ登録者Murin CD / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109762 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Pan-Ebolavirus Neutralization by an Antibody Targeting the Glycoprotein Fusion Loop.
著者: Charles D Murin / Jessica F Bruhn / Zachary A Bornholdt / Jeffrey Copps / Robyn Stanfield / Andrew B Ward /
要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) with pan-ebolavirus cross-reactivity are highly desirable, but development of such mAbs is limited by a lack of a molecular understanding of cross-reactive epitopes. The ...Monoclonal antibodies (mAbs) with pan-ebolavirus cross-reactivity are highly desirable, but development of such mAbs is limited by a lack of a molecular understanding of cross-reactive epitopes. The antibody ADI-15878 was previously identified from a human survivor of Ebola virus Makona variant (EBOV/Mak) infection. This mAb demonstrated potent neutralizing activity against all known ebolaviruses and provided protection in rodent and ferret models against three ebolavirus species. Here, we describe the unliganded crystal structure of ADI-15878 as well as the cryo-EM structures of ADI-15878 in complex with the EBOV/Mak and Bundibugyo virus (BDBV) glycoproteins (GPs). ADI-15878 binds through an induced-fit mechanism by targeting highly conserved residues in the internal fusion loop (IFL), bridging across GP protomers via the heptad repeat 1 (HR1) region. Our structures provide a more complete description of the ebolavirus immunogenic landscape, as well as a molecular basis for how rare but potent antibodies target conserved filoviral fusion machinery.
履歴
登録2018年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月12日-
マップ公開2018年9月12日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0393
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0393
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6dzm
  • 表面レベル: 0.0393
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6dzm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8936.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8936.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 328 pix.
= 429.68 Å		1.31 Å/pix.
x 328 pix.
= 429.68 Å		1.31 Å/pix.
x 328 pix.
= 429.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0393 / ムービー #1: 0.0393
最小 - 最大-0.045263845 - 0.12573333
平均 (標準偏差)0.00022437646 (±0.0031417415)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ328328328
Spacing328328328
セルA=B=C: 429.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z328328328
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z429.680429.680429.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-69-50-137
NX/NY/NZ136114193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS328328328
D min/max/mean-0.0450.1260.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to...

全体名称: Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab
要素
  • 複合体: Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab
    • 複合体: Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Bundibugyo virus GP2
    • 複合体: Human survivor antibody ADI-15878 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Antibody ADI-15878 Fab, light chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody ADI-15878 Fab, heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: Bundibugyo virus GP1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to...

超分子名称: Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
分子量理論値: 45 KDa

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超分子 #2: Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain

超分子名称: Bundibugyo virus glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bundibugyo virus (ウイルス)

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超分子 #3: Human survivor antibody ADI-15878 Fab

超分子名称: Human survivor antibody ADI-15878 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 / 詳細: Fab was generated by papain digestion of IgG
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Bundibugyo virus GP1

分子名称: Bundibugyo virus GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bundibugyo ebolavirus (ウイルス)
分子量理論値: 34.697938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IPLGVVHNNT LQVSDIDKLV CRDKLSSTSQ LKSVGLNLEG NGVATDVPTA TKRWGFRAGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLD IKKADGSEC LPEAPEGVRG FPRCRYVHKV SGTGPCPEGY AFHKEGAFFL YDRLASTIIY RSTTFSEGVV AFLILPETKK D FFQSPPLH ...文字列:
IPLGVVHNNT LQVSDIDKLV CRDKLSSTSQ LKSVGLNLEG NGVATDVPTA TKRWGFRAGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLD IKKADGSEC LPEAPEGVRG FPRCRYVHKV SGTGPCPEGY AFHKEGAFFL YDRLASTIIY RSTTFSEGVV AFLILPETKK D FFQSPPLH EPANMTTDPS SYYHTVTLNY VADNFGTNMT NFLFQVDHLT YVQLEPRFTP QFLVQLNETI YTNGRRSNTT GT LIWKVNP TVDTGVGEWA FWENKKNFTK TLSSEELSVI FVPIDISEST EPGPLTNTTR GAANLLTGSR RTRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #2: Bundibugyo virus GP2

分子名称: Bundibugyo virus GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bundibugyo ebolavirus (ウイルス)
分子量理論値: 19.683902 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EITLRTQAKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYTEGIMHNQ NGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF IDKPLPDQTD VEVDDDDKAG WSHPQFEKGG G SGGGSGGG SWSHPQFEK

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #3: Antibody ADI-15878 Fab, light chain

分子名称: Antibody ADI-15878 Fab, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.333459 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列:
DIVLTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GEAPKLLISD ASSLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYYSSPTFGG GTKVEIK

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分子 #4: Antibody ADI-15878 Fab, heavy chain

分子名称: Antibody ADI-15878 Fab, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.043574 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列:
VQLVQSGVTL VQPGGSLRVS CAASGFTFSS YAMSWVRQAP GKGLEWVSAI SGLGGSTYYA DSVKGRFTIS RDNSKNTLYL QMNSLRAED TAVYYCAKDH RVWAAGYHFD YWGQGALVTV S

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 milimolarNaClsodium chloride
20.0 milimolarTrisTris

詳細: Solutions were made fresh from 10X concentrate and filtered with a 0.2 micrometer filter into a sterile glass container.
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3.5s blot on both sides of the grid using Whattman No. 1 filter paper.
詳細Antibody ADI-15878 Fab was added in 10 molar excess to glycoprotein and allowed to incubate overnight at 4 degrees Celsius followed by size exclusion chromatography to purify the complex and rid of excess Fab.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Preliminary grid screening was performed manually
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8700


詳細: Starting model was a negative stain reconstruction and low pass filtered
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 35961
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
詳細: Particles were initially classified with 3D classification in Relion
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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