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- PDB-6dxf: Crystal structure of chalcone synthase from Selaginella moellendo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxf
タイトルCrystal structure of chalcone synthase from Selaginella moellendorffii - hydrogen peroxide treated
要素Chalcone synthase
キーワードTRANSFERASE / Thiolase / Flavonoid / Polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1709616 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants.
著者: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chalcone synthase
B: Chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0192
ポリマ－84,0192
非ポリマー00
水12,358686
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.540, 67.064, 102.993
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chalcone synthase


分子量: 42009.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
遺伝子: SELMODRAFT_271225 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D8S128
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1 M MOPSO (pH 6.6), 0.3 M Mg(NO3)2, 19% (v/v) PEG 4000, and 5 mM DTT. H2O2 soaking was performed by adding hydrogen peroxide to 1 mM to the cryoprotection solution (17% glycerol and 83% ...詳細: 0.1 M MOPSO (pH 6.6), 0.3 M Mg(NO3)2, 19% (v/v) PEG 4000, and 5 mM DTT. H2O2 soaking was performed by adding hydrogen peroxide to 1 mM to the cryoprotection solution (17% glycerol and 83% reservoir solution) and incubating at 277 K for 75 min

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月30日
放射モノクロメーター: single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→102.947 Å / Num. obs: 108309 / % possible obs: 98.71 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08912 / Rpim(I) all: 0.05381 / Rrim(I) all: 0.1046 / Net I/σ(I): 11.08
反射 シェル解像度: 1.55→1.605 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 10712 / CC1/2: 0.532 / Rpim(I) all: 0.5135 / Rrim(I) all: 0.977 / % possible all: 98.24

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→102.947 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1825 5408 4.99 %
Rwork0.1532 --
obs0.1547 108286 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.23 Å2 / Biso mean: 24.03 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→102.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5772 0 0 686 6458
Biso mean---33.43 -
残基数----757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2468036
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071035
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1752206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.56760.33561670.28913377354498
1.5676-1.58610.28971900.2763417360798
1.5861-1.60540.29421470.273408355599
1.6054-1.62570.25161940.24853394358899
1.6257-1.64710.26281920.25573414360699
1.6471-1.66970.26961690.24633473364299
1.6697-1.69350.28611420.24533428357099
1.6935-1.71880.26182060.25013392359899
1.7188-1.74570.29661900.24543421361199
1.7457-1.77430.27931760.22883399357598
1.7743-1.80490.26471670.22333417358498
1.8049-1.83770.21622050.20813378358399
1.8377-1.87310.2311730.18763375354898
1.8731-1.91130.17741980.16753423362198
1.9113-1.95290.20981720.15393408358099
1.9529-1.99830.18722020.14793437363999
1.9983-2.04830.16371700.14433458362899
2.0483-2.10370.1611860.14353450363699
2.1037-2.16560.19271780.13933462364099
2.1656-2.23550.18391760.13013484366099
2.2355-2.31540.18421700.13483410358099
2.3154-2.40810.16351810.13573391357298
2.4081-2.51770.16231890.13063438362799
2.5177-2.65050.17371810.13313444362599
2.6505-2.81650.1511860.141434763662100
2.8165-3.0340.16361900.14423452364299
3.034-3.33930.18091590.13943475363499
3.3393-3.82260.1731740.13023434360898
3.8226-4.81610.11891810.11043461364298
4.8161-103.17440.16411970.14483482367997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1035-0.03160.45070.43160.03464.58120.01540.1614-0.0696-0.1704-0.00920.0864-0.0592-0.3361-0.03660.17340.0028-0.03310.1301-0.03060.1838101.2185-13.3004113.9973
21.55450.2782-0.23023.15460.90164.226-0.05470.1537-0.102-0.3219-0.02170.10830.1211-0.08670.07630.17740.0077-0.04230.2016-0.04450.1647101.7118-18.0247106.619
39.1656-0.4477-3.09544.2170.87664.9474-0.17190.54040.4275-0.2770.08050.3846-0.061-0.14890.04960.2326-0.0022-0.08220.19720.02870.2011107.6841-1.8744104.3716
42.35341.059-3.18341.2113-2.27967.3230.07020.11640.1137-0.02740.01650.1343-0.2052-0.1881-0.12840.12110.0127-0.01320.1172-0.00970.1315104.6792-3.2527125.5589
51.56010.3461-0.1621.2983-0.20820.40080.0426-0.01480.0885-0.0547-0.01450.0943-0.1102-0-0.0540.1320.0126-0.00110.1579-0.0130.1378110.2119-1.7595134.9873
60.66420.00660.47170.27310.05071.10690.02220.0921-0.0886-0.08740.00550.00790.01440.0625-0.03130.14830.002-0.00750.1642-0.01790.139112.2764-12.6416125.1794
70.807-0.1929-0.19551.1023-0.01530.9729-0.0585-0.0545-0.1693-0.06260.01220.07630.17310.04230.0420.13330.003-0.03960.1653-0.00650.1761114.9886-20.5746131.6225
80.8958-0.1297-0.09015.7548-2.17131.73530.04220.1904-0.3387-0.3174-0.02480.10840.23650.11260.02870.23790.0237-0.04510.2242-0.06120.2728118.8598-24.6606116.0108
91.776-0.19260.05210.8982-0.26091.30170.0255-0.0085-0.44590.0126-0.0040.10450.1595-0.011-0.02910.1521-0.0072-0.01330.1174-0.01180.2539106.286-29.0519129.6915
100.93890.5401-0.40793.0586-2.08412.17610.00710.10760.1435-0.1606-0.0652-0.0871-0.08030.14250.06050.1485-0.01720.0090.15570.00150.1152139.75316.4321123.4792
111.89630.45741.2861.9967-0.05172.1329-0.09350.25320.1822-0.18920.07880.0418-0.22260.1291-0.01010.1877-0.01690.04210.17720.05270.1637137.190111.9916116.678
122.2674-1.89673.16392.4374-3.73936.38050.11440.2201-0.0052-0.2269-0.1161-0.01130.22810.23860.08670.15890.00610.0120.1499-0.00630.132136.6856-8.7338122.95
130.74670.0484-0.03630.7418-0.16280.42710.01310.05470.0247-0.04670.00650.0525-0.050.0106-0.02810.13050.00180.00130.12940.00940.1225129.7868-7.5333129.178
140.9018-2.02350.5724.6042-1.55241.2774-0.0967-0.25-0.13210.11070.14850.07050.0076-0.008-0.06170.1293-0.00840.00510.14430.00130.1036131.7118-8.8905146.8918
150.241-0.3367-0.77121.01682.3156.4451-0.00630.07660.1358-0.2102-0.0980.1313-0.5657-0.16380.09430.25420.0098-0.00960.17530.01770.2123119.659110.3879125.3587
161.3902-1.0630.86787.6296-7.36448.285-0.0406-0.12850.02730.22950.07610.2751-0.1382-0.0697-0.09530.1484-0.00410.00550.1441-0.04690.1639123.81697.2281150.1491
171.4281-0.2877-0.25291.38250.63893.44470.03-0.07640.14560.02180.0505-0.0402-0.1682-0.0193-0.09260.145-0.01510.01210.1336-0.01030.1356135.928510.0445143.6872
181.6268-0.25060.11860.8848-0.07521.20810.0248-0.12420.0324-0.02050.0008-0.07140.01650.0665-0.0120.1517-0.01110.00460.1375-0.00420.1352136.81450.7578143.9893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 44 )A9 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 68 )A45 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 85 )A69 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 112 )A86 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 113 through 149 )A113 - 149
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 150 through 220 )A150 - 220
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 221 through 253 )A221 - 253
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 254 through 276 )A254 - 276
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 277 through 386 )A277 - 386
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 8 through 44 )B8 - 44
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 45 through 85 )B45 - 85
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 86 through 112 )B86 - 112
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 113 through 220 )B113 - 220
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 221 through 240 )B221 - 240
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 241 through 264 )B241 - 264
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 265 through 288 )B265 - 288
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 289 through 336 )B289 - 336
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 337 through 386 )B337 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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