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- PDB-6j1m: Anisodus acutangulus type III polyketide sythase AaPKS2 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j1m
タイトルAnisodus acutangulus type III polyketide sythase AaPKS2 in complex with 4-carboxy-3-oxobutanoyl covalent to C166
要素A. acutangulus PKS2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Anisodus acutangulus / type III polyketide sythase / tropane alkaloids biosythesis
機能・相同性Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 3-oxopentanedioic acid
機能・相同性情報
生物種Anisodus acutangulus (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Fang, C.L. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Tropane alkaloids biosynthesis involves an unusual type III polyketide synthase and non-enzymatic condensation.
著者: Huang, J.P. / Fang, C. / Ma, X. / Wang, L. / Yang, J. / Luo, J. / Yan, Y. / Zhang, Y. / Huang, S.X.
履歴
登録2018年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A. acutangulus PKS2
B: A. acutangulus PKS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9948
ポリマ－93,4542
非ポリマー5406
水11,295627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.144, 108.144, 191.075
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-721-

HOH

21B-756-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 16 and (name N or name...
21(chain B and (resid 16 through 52 or (resid 53...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 16 and (name N or name...AA1652
12LYSLYSILEILE(chain A and ((resid 16 and (name N or name...AA11 - 39147 - 427
13LYSLYSILEILE(chain A and ((resid 16 and (name N or name...AA11 - 39147 - 427
14LYSLYSILEILE(chain A and ((resid 16 and (name N or name...AA11 - 39147 - 427
15LYSLYSILEILE(chain A and ((resid 16 and (name N or name...AA11 - 39147 - 427
21GLUGLUVALVAL(chain B and (resid 16 through 52 or (resid 53...BB16 - 5252 - 88
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 16 through 52 or (resid 53...BB5389
23GLUGLUILEILE(chain B and (resid 16 through 52 or (resid 53...BB16 - 39152 - 427
24GLUGLUILEILE(chain B and (resid 16 through 52 or (resid 53...BB16 - 39152 - 427
25GLUGLUILEILE(chain B and (resid 16 through 52 or (resid 53...BB16 - 39152 - 427
26GLUGLUILEILE(chain B and (resid 16 through 52 or (resid 53...BB16 - 39152 - 427
27GLUGLUILEILE(chain B and (resid 16 through 52 or (resid 53...BB16 - 39152 - 427
28GLUGLUILEILE(chain B and (resid 16 through 52 or (resid 53...BB16 - 39152 - 427

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要素

#1: タンパク質 A. acutangulus PKS2


分子量: 46726.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anisodus acutangulus (ナス科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-6JN / 3-oxopentanedioic acid / 3-オキソグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.36 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1% tryptone, 0.05M HEPES 7.0, 20% PEG3350, 0.001M sodium azide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 87808 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 41.89 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.107 / Rsym value: 0.104 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 24.892
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10.1 % / Num. unique obs: 4331 / CC1/2: 0.922 / Rpim(I) all: 0.293 / Rrim(I) all: 0.972 / Χ2: 0.922 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CML

1cml


解像度: 2.001→47.058 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1941 2004 2.36 %
Rwork0.1805 83053 -
obs0.1808 85057 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.45 Å2 / Biso mean: 28.2921 Å2 / Biso min: 12.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.001→47.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5789 0 34 627 6450
Biso mean--40.04 37.2 -
残基数----757
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3527X-RAY DIFFRACTION3.999TORSIONAL
12B3527X-RAY DIFFRACTION3.999TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0006-2.05070.31871010.2754127422868
2.0507-2.10610.26121310.25745409554089
2.1061-2.16810.26251410.23145959610098
2.1681-2.2380.24541500.225660416191100
2.238-2.3180.24051410.21360466187100
2.318-2.41080.23241470.201361126259100
2.4108-2.52060.18981450.198760546199100
2.5206-2.65340.22461430.18960936236100
2.6534-2.81970.23061490.188461216270100
2.8197-3.03730.2191480.187561146262100
3.0373-3.34290.181510.177261446295100
3.3429-3.82650.15831510.159661636314100
3.8265-4.82020.15511480.141362346382100
4.8202-47.07080.16141580.160164366594100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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