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万見
- PDB-4v0j: The channel-block Ser202Glu, Thr104Lys double mutant of Stearoyl-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v0j
タイトルThe channel-block Ser202Glu, Thr104Lys double mutant of Stearoyl-ACP- Desaturase from Castor bean (Ricinus communis)
要素ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / stearoyl-[ACP] desaturase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase type 2, conserved site / Fatty acid desaturases family 2 signature. / Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種RICINUS COMMUNIS (トウゴマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Moche, M. / Guy, J. / Whittle, E. / Lindqvist, Y. / Shanklin, J.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2015
タイトル: Half-of-the-Sites Reactivity of the Castor Delta9-18:0-Acp Desaturase.
著者: Liu, Q. / Chai, J. / Moche, M. / Guy, J. / Lindqvist, Y. / Shanklin, J.
履歴
登録2014年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
B: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
C: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
D: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
E: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
F: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,09421
ポリマ－229,1486
非ポリマー94615
水34219
1
C: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
D: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6987
ポリマ－76,3832
非ポリマー3155
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-65.7 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
2
E: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
F: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6987
ポリマ－76,3832
非ポリマー3155
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-66.4 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
3
A: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
B: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6987
ポリマ－76,3832
非ポリマー3155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-64.9 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.719, 139.719, 86.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEUAA33 - 3631 - 331
21PROPROLEULEUBB33 - 3631 - 331
12GLNGLNLEULEUAA35 - 3633 - 331
22GLNGLNLEULEUCC35 - 3633 - 331
13PROPROLYSLYSAA34 - 3622 - 330
23PROPROLYSLYSDD34 - 3622 - 330
14PROPROLEULEUAA34 - 3632 - 331
24PROPROLEULEUEE34 - 3632 - 331
15PROPROLEULEUAA34 - 3632 - 331
25PROPROLEULEUFF34 - 3632 - 331
16GLNGLNLYSLYSBB35 - 3623 - 330
26GLNGLNLYSLYSCC35 - 3623 - 330
17PROPROLEULEUBB34 - 3632 - 331
27PROPROLEULEUDD34 - 3632 - 331
18PROPROLYSLYSBB34 - 3622 - 330
28PROPROLYSLYSEE34 - 3622 - 330
19PROPROLEULEUBB34 - 3632 - 331
29PROPROLEULEUFF34 - 3632 - 331
110GLNGLNLEULEUCC35 - 3633 - 331
210GLNGLNLEULEUDD35 - 3633 - 331
111GLNGLNLYSLYSCC35 - 3623 - 330
211GLNGLNLYSLYSEE35 - 3623 - 330
112GLNGLNLEULEUCC35 - 3633 - 331
212GLNGLNLEULEUFF35 - 3633 - 331
113PROPROLEULEUDD34 - 3632 - 331
213PROPROLEULEUEE34 - 3632 - 331
114PROPROLEULEUDD34 - 3632 - 331
214PROPROLEULEUFF34 - 3632 - 331
115PROPROLEULEUEE34 - 3632 - 331
215PROPROLEULEUFF34 - 3632 - 331

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC / DELTA(9) STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE / STEAROYL-ACP DESATURASE


分子量: 38191.273 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 66-396 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RICINUS COMMUNIS (トウゴマ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SER202GLU AND THR104LYS DOUBLE MUTANT. RESIDUES 1-65 OF P22337 IS NOT PRESENT IN THE CONSTRUCT.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
検出器タイプ: Brandeis B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→120 Å / Num. obs: 41961 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 68.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 71.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AFR

1afr


解像度: 2.8→119.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 20.137 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26418 1772 4.1 %RANDOM
Rwork0.21183 ---
obs0.21399 41961 93.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.753 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→119.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15910 0 30 19 15959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01916295
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0215377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3861.95522038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.304335418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.02551952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97723.947826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.511152866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.01315130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02118335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.126.0557835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1196.0557834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.8899.079778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0956.3988460
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A206200.07
12B206200.07
21A204950.07
22C204950.07
31A202990.07
32D202990.07
41A205620.07
42E205620.07
51A206100.08
52F206100.08
61B208200.06
62C208200.06
71B204550.08
72D204550.08
81B210070.06
82E210070.06
91B206460.07
92F206460.07
101C202350.09
102D202350.09
111C207300.07
112E207300.07
121C204580.07
122F204580.07
131D204630.08
132E204630.08
141D205210.07
142F205210.07
151E206770.07
152F206770.07
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 90 -
Rwork0.335 2223 -
obs--67.3 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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