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- PDB-1oq4: The Crystal Structure of the Complex between Stearoyl Acyl Carrie... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1oq4 | ||||||
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Title | The Crystal Structure of the Complex between Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from Ricinus Communis (Castor Bean) and Azide. | ||||||
![]() | Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / di-iron enzyme / four-helix bundle / fatty acid biosynthesis / electron transfer | ||||||
Function / homology | ![]() stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / : / stearoyl-[ACP] desaturase activity / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / chloroplast stroma / defense response / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moche, M. / Ghoshal, A.K. / Shanklin, J. / Lindqvist, Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Azide and acetate complexes plus two iron-depleted crystal structures of the di-iron enzyme delta 9 stearoyl-ACP desaturase- implications for oxygen activation and catalytic intermediates. Authors: Moche, M. / Shanklin, J. / Ghoshal, A. / Lindqvist, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 420.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 343.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 438.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 469.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 41.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 61.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1oq7C ![]() 1oq9C ![]() 1oqbC ![]() 1afrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 18 - 363 / Label seq-ID: 18 - 363
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Details | The enzyme is dimeric and the unit cell contains three of these dimers giving six protein chains |
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Components
#1: Protein | Mass: 41703.312 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-AZI / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 47.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 70mM Sodium Azide, 12-15% Peg4000, 80mM Cacodylate, 200 mM Magnesium Acetate, 75mM Ammonium Sulphate, 0.2% Octyl glucoside and water exchanged for 20% MPD for freezing, pH 6.2, VAPOR ...Details: 70mM Sodium Azide, 12-15% Peg4000, 80mM Cacodylate, 200 mM Magnesium Acetate, 75mM Ammonium Sulphate, 0.2% Octyl glucoside and water exchanged for 20% MPD for freezing, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 28, 1998 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.986 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→25 Å / Num. all: 90664 / Num. obs: 90115 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Rsym value: 0.299 / % possible all: 97.9 |
Reflection | *PLUS % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.299 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1AFR Resolution: 2.4→24.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.789 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.528 / ESU R Free: 0.259 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.646 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→24.92 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 2851 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.397→2.459 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 2.4 Å / Lowest resolution: 2.46 Å |