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万見
- PDB-1afr: STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE FROM CASTOR SEEDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1afr
タイトルSTEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE FROM CASTOR SEEDS
要素DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FATTY ACID DESATURASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / BINUCLEAR IRON CENTER / ELECTRON TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / stearoyl-[ACP] desaturase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase type 2, conserved site / Fatty acid desaturases family 2 signature. / Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, NCS / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lindqvist, Y. / Huang, W. / Schneider, G.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of delta9 stearoyl-acyl carrier protein desaturase from castor seed and its relationship to other di-iron proteins.
著者: Lindqvist, Y. / Huang, W. / Schneider, G. / Shanklin, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Preliminary Crystallographic Data for Stearoyl-Acyl Carrier Protein Desaturase from Castor Seed
著者: Schneider, G. / Lindqvist, Y. / Shanklin, J. / Somerville, C.
履歴
登録1997年3月13日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
B: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
C: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
D: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
E: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
F: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,19518
ポリマ－238,5246
非ポリマー67012
水9,692538
1
A: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
F: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7326
ポリマ－79,5082
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area27190 Å2
手法PISA
2
B: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
C: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7326
ポリマ－79,5082
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area27070 Å2
手法PISA
3
D: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
E: DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7326
ポリマ－79,5082
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.200, 147.800, 198.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9996, 0.020006, 0.02001), (0.020105, 0.999786, 0.004782), (-0.01991, 0.005182, -0.999788)74.17559, -1.439, 57.51155
2given(0.99976, -0.021591, -0.003601), (-0.01386, -0.497084, -0.867592), (0.016942, 0.867434, -0.497264)-54.5699, 32.33702, 36.88653
3given(-0.999525, 0.021604, 0.021956), (0.008235, -0.499442, 0.866308), (0.029681, 0.866078, 0.499027)101.57135, -17.70161, 8.03085
4given(0.999815, -0.018222, -0.006207), (-0.003828, -0.50418, 0.86359), (-0.018866, -0.863406, -0.504156)-27.14411, -16.72521, 47.60679
5given(-0.999983, -0.001201, 0.005636), (-0.004307, -0.49411, -0.869389), (0.003829, -0.869399, 0.494096)129.67854, 31.7986, 18.15608

-
要素

#1: タンパク質
DELTA9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE / FATTY ACID DESATURASE


分子量: 39754.074 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 組織: SEEDS / 器官: SEED / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22337, EC: 1.14.99.6
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16-9 mg/mlenzyme1drop
20.04 Mcacodylate1drop
3100 mMmagnesium acetate1drop
437.5 mMammonium sulfate1drop
51 mM1dropLiCl
60.5 mM1dropKCl
70.1 %beta-octylglucoside1drop
86-7.5 %PEG40001drop
90.08 Mcacodylate1reservoir
10200 mMmagnesium acetate1reservoir
1175 mMammonium sulfate1reservoir
122 mM1reservoirLiCl
131 mM1reservoirKCl
140.2 %beta-octylglucoside1reservoir
1512-15 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. obs: 79674 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075
反射
*PLUS
Num. measured all: 403539

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, NCS / 解像度: 2.4→7 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1928 -RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 77044 87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.7 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16776 0 12 538 17326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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