PDB-4v0j: The channel-block Ser202Glu, Thr104Lys double mutant of Stearoyl-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v0j

タイトル

The channel-block Ser202Glu, Thr104Lys double mutant of Stearoyl-ACP- Desaturase from Castor bean (Ricinus communis)

要素

ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / stearoyl-[acp] desaturase activity / acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase activity /

葉緑体 / fatty acid biosynthetic process /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

RICINUS COMMUNIS (トウゴマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Moche, M. / Guy, J. / Whittle, E. / Lindqvist, Y. / Shanklin, J.

引用

ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2015
タイトル: Half-of-the-Sites Reactivity of the Castor Delta9-18:0-Acp Desaturase.
著者: Liu, Q. / Chai, J. / Moche, M. / Guy, J. / Lindqvist, Y. / Shanklin, J.

履歴

登録	2014年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v0j.cif.gz	392.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v0j.ent.gz	323.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1afrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2j2f-2 1oq4-1 6l78-2 1oq7-3 1oq7-1 2qvv-d 1oq7-2 1xet-1 1afr-3 1i8b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

B: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

C: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

D: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

E: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

F: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

230 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

D: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

F: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.7 kDa, 2 ポリマー
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3

A: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

B: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	139.719, 139.719, 86.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	33 - 363	1 - 331
2	1	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	33 - 363	1 - 331
1	2	GLN	GLN	LEU	LEU	A	A	35 - 363	3 - 331
2	2	GLN	GLN	LEU	LEU	C	C	35 - 363	3 - 331
1	3	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	34 - 362	2 - 330
2	3	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	34 - 362	2 - 330
1	4	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	34 - 363	2 - 331
2	4	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	34 - 363	2 - 331
1	5	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	34 - 363	2 - 331
2	5	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	34 - 363	2 - 331
1	6	GLN	GLN	LYS	LYS	B	B	35 - 362	3 - 330
2	6	GLN	GLN	LYS	LYS	C	C	35 - 362	3 - 330
1	7	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	34 - 363	2 - 331
2	7	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	34 - 363	2 - 331
1	8	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	34 - 362	2 - 330
2	8	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	34 - 362	2 - 330
1	9	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	34 - 363	2 - 331
2	9	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	34 - 363	2 - 331
1	10	GLN	GLN	LEU	LEU	C	C	35 - 363	3 - 331
2	10	GLN	GLN	LEU	LEU	D	D	35 - 363	3 - 331
1	11	GLN	GLN	LYS	LYS	C	C	35 - 362	3 - 330
2	11	GLN	GLN	LYS	LYS	E	E	35 - 362	3 - 330
1	12	GLN	GLN	LEU	LEU	C	C	35 - 363	3 - 331
2	12	GLN	GLN	LEU	LEU	F	F	35 - 363	3 - 331
1	13	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	34 - 363	2 - 331
2	13	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	34 - 363	2 - 331
1	14	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	34 - 363	2 - 331
2	14	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	34 - 363	2 - 331
1	15	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	34 - 363	2 - 331
2	15	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	34 - 363	2 - 331

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE, CHLOROPLASTIC / DELTA(9) STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE / STEAROYL-ACP DESATURASE 分子量: 38191.273 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 66-396 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RICINUS COMMUNIS (トウゴマ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SER202GLU AND THR104LYS DOUBLE MUTANT. RESIDUES 1-65 OF P22337 IS NOT PRESENT IN THE CONSTRUCT.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.43 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
検出器	タイプ: Brandeis B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→120 Å / Num. obs: 41961 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 68.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 71.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AFR

1afr

解像度: 2.8→119.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 20.137 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26418	1772	4.1 %	RANDOM
R_work	0.21183	-	-	-
obs	0.21399	41961	93.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.753 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→119.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15910	0	30	19	15959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	16295
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	15377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.386	1.955	22038
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.304	3	35418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.025	5	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.977	23.947	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.511	15	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.013	15	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	18335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	3779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.12	6.055	7835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.119	6.055	7834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.889	9.07	9778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.095	6.398	8460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20620	0.07
1	2	B	20620	0.07
2	1	A	20495	0.07
2	2	C	20495	0.07
3	1	A	20299	0.07
3	2	D	20299	0.07
4	1	A	20562	0.07
4	2	E	20562	0.07
5	1	A	20610	0.08
5	2	F	20610	0.08
6	1	B	20820	0.06
6	2	C	20820	0.06
7	1	B	20455	0.08
7	2	D	20455	0.08
8	1	B	21007	0.06
8	2	E	21007	0.06
9	1	B	20646	0.07
9	2	F	20646	0.07
10	1	C	20235	0.09
10	2	D	20235	0.09
11	1	C	20730	0.07
11	2	E	20730	0.07
12	1	C	20458	0.07
12	2	F	20458	0.07
13	1	D	20463	0.08
13	2	E	20463	0.08
14	1	D	20521	0.07
14	2	F	20521	0.07
15	1	E	20677	0.07
15	2	F	20677	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	90	-
R_work	0.335	2223	-
obs	-	-	67.3 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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