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- PDB-6con: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis IpdAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6con
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis IpdAB
要素
  • CoA-transferase subunit alpha
  • CoA-transferase subunit beta
キーワードHYDROLASE / Cholesterol / Ring cleaving / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoadipate CoA-transferase / 3-oxoadipate CoA-transferase activity / glutaconate CoA-transferase / glutaconate CoA-transferase activity / 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素 / Lyases; Carbon-carbon lyases; Other carbon-carbon lyases / CoA-transferase activity / biological process involved in interaction with host / cholesterol catabolic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoadipate CoA-transferase subunit B / CoA-transferase (Alpha subunit) / Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdB subunit / Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdA subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: IpdAB, a virulence factor inMycobacterium tuberculosis, is a cholesterol ring-cleaving hydrolase.
著者: Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D.
履歴
登録2018年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CoA-transferase subunit alpha
B: CoA-transferase subunit beta
C: CoA-transferase subunit alpha
D: CoA-transferase subunit beta
E: CoA-transferase subunit alpha
F: CoA-transferase subunit beta
G: CoA-transferase subunit alpha
H: CoA-transferase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,0078
ポリマ－243,0078
非ポリマー00
水17,673981
1
A: CoA-transferase subunit alpha
B: CoA-transferase subunit beta
C: CoA-transferase subunit alpha
D: CoA-transferase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,5034
ポリマ－121,5034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13770 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area37000 Å2
手法PISA
2
E: CoA-transferase subunit alpha
F: CoA-transferase subunit beta
G: CoA-transferase subunit alpha
H: CoA-transferase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,5034
ポリマ－121,5034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13770 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area36870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.878, 133.823, 118.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CoA-transferase subunit alpha


分子量: 33325.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: gctA, CRX58_09925, ERS007663_04080, ERS007665_02371, ERS023446_02783, ERS027646_00148, ERS027654_03521, ERS027656_00696, ERS124361_01188, SAMEA2682864_02618, SAMEA2683035_00650
発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A045J8X5, UniProt: P9WPW1*PLUS, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素, glutaconate CoA-transferase
#2: タンパク質
CoA-transferase subunit beta


分子量: 27426.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: catJ, CRX58_09930, ERS007657_01926, ERS007661_02237, ERS007665_02370, ERS007670_03185, ERS007672_03945, ERS007679_04090, ERS007681_03977, ERS007688_03438, ERS007703_04697, ERS007722_01813, ...遺伝子: catJ, CRX58_09930, ERS007657_01926, ERS007661_02237, ERS007665_02370, ERS007670_03185, ERS007672_03945, ERS007679_04090, ERS007681_03977, ERS007688_03438, ERS007703_04697, ERS007722_01813, ERS007741_03174, ERS023446_02782, ERS024213_01521, ERS024276_02483, ERS027644_04603, ERS027646_00147, ERS027656_00695, ERS027659_03102, ERS027661_03605, ERS027666_03707, ERS124361_01187, SAMEA2682864_02619, SAMEA2683035_00651
発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A045H5Z8, UniProt: P9WPV9*PLUS, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素, 3-oxoadipate CoA-transferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.5 M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97777 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→88.86 Å / Num. obs: 119998 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 456667 / Scaling rejects: 38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.143.40.1851692750230.9460.1160.2194.884.3
11.5-88.863.60.03127817790.9980.020.0371999.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CO6

6co6


解像度: 2.1→88.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / WRfactor Rfree: 0.2764 / WRfactor Rwork: 0.2523 / FOM work R set: 0.8159 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.2117 / SU Rfree: 0.2313 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2743 5983 5 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.2522 113984 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.33 Å2 / Biso mean: 25.566 Å2 / Biso min: 9.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0.54 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→88.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16612 0 0 982 17594
Biso mean---31.62 -
残基数----2164
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 356 -
Rwork0.244 7436 -
all-7792 -
obs--86.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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