PDB-2xxx: Crystal structure of the GluK2 (GluR6) D776K LBD dimer in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xxx

タイトル

Crystal structure of the GluK2 (GluR6) D776K LBD dimer in complex with glutamate (P21 21 21)

要素

GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.098 Å

データ登録者

Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

引用

ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2011
タイトル: Conformational Flexibility of the Ligand-Binding Domain Dimer in Kainate Receptor Gating and Desensitization
著者: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

履歴

登録	2010年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xxx.cif.gz	415.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xxx.ent.gz	341.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2xxx_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xxx_full_validation.pdf.gz	483.3 KB	表示
XML形式データ	2xxx_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	2xxx_validation.cif.gz	56.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xxrSC 2xxtC 2xxuC 2xxvC 2xxwC 2xxyC 1s50 1s7y 1s9t 1sd3 1tt1 1yae 2i0b 2i0c S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bdl-d 4bdn-1 4bdm-2 2xxy-1 3g3h-d 4bdm-1 3g3i-d 3fvk-d 4e0x-d 3g3g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

C: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

D: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

D: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.560, 101.341, 125.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 / GLUTAMATE RECEPTOR 6 / GLUR-6 / GLUR6 分子量: 29640.037 Da / 分子数: 4 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 776 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 776 TO LYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 776 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 776 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 776 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASP 776 TO LYS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 21% PEG 4000, 9% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→19.9 Å / Num. obs: 63552 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 32.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XXR

2xxr

解像度: 2.098→19.928 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2309	3232	5.1 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.1812	63552	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.155 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.0963 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.4804 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3841 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.098→19.928 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7920	0	40	394	8354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8107
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.816	10919
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.75	3005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1368

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0981-2.1294	0.3321	138	0.2481	2420	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1294-2.1626	0.3141	147	0.2525	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1626-2.198	0.2872	146	0.2353	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.198-2.2359	0.2941	138	0.2316	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2359-2.2765	0.2848	118	0.2172	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2765-2.3202	0.2551	148	0.2059	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3202-2.3675	0.2674	148	0.2082	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3675-2.4189	0.2837	144	0.1989	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4189-2.475	0.2622	153	0.2059	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.475-2.5368	0.27	146	0.1837	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5368-2.6053	0.2107	138	0.1842	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6053-2.6818	0.2263	139	0.1778	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6818-2.7681	0.2553	139	0.1919	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7681-2.8668	0.279	138	0.1978	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8668-2.9812	0.2267	140	0.1927	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9812-3.1164	0.2215	140	0.1909	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1164-3.28	0.2584	138	0.1889	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
3.28-3.4845	0.2279	140	0.1752	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4845-3.7519	0.2056	139	0.1665	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7519-4.1264	0.1972	139	0.1482	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1264-4.7166	0.1808	137	0.1322	2635	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7166-5.9165	0.2018	139	0.1449	2645	X-RAY DIFFRACTION	96
5.9165-19.9285	0.1797	140	0.1563	2713	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3938	-0.0449	0.0689	0.6783	-0.1732	2.49	0.0677	0.3987	0.1313	-0.2103	-0.0733	0.18	-0.5724	-0.3836	0.0036	0.2628	0.0811	-0.0249	0.2345	-0.0023	0.2476	-26.4447	9.0474	-23.7482
2	1.0581	-0.8003	-0.7536	2.2584	-1.3729	3.5037	0.1718	-0.1479	0.3217	-0.0597	-0.2164	-0.2684	-0.183	0.7449	0.0438	0.1772	-0.0921	0.0307	0.3141	-0.0322	0.2427	-8.6514	10.0352	-19.4712
3	2.4177	-0.876	-0.108	1.5052	-0.0237	3.4239	0.1292	0.5057	-0.049	-0.2214	-0.1895	-0.4871	0.6061	1.4108	0.0396	0.31	0.2077	0.0594	0.7134	-0.013	0.2316	-0.0924	-8.8378	-28.8003
4	2.3373	-0.6804	0.3702	2.8052	0.6252	4.4275	0.2024	0.4929	-0.0986	-0.4728	-0.3075	0.284	0.3384	0.8093	0.0326	0.2286	0.1359	-0.0301	0.3181	-0.0165	0.0725	-11.2683	-6.4276	-29.4127
5	0.9947	-0.6686	-0.5209	0.7791	-0.3463	1.8457	-0.0847	-0.2921	-0.1012	0.2151	0.0638	0.252	0.1513	0.1329	0.0169	0.1201	0.0201	0.005	0.1421	-0.0523	0.1614	-22.9891	2.0285	-10.8652
6	1.9025	-0.3952	-0.7121	2.5003	0.0636	1.6779	-0.0955	-0.8744	0.0612	0.4558	0.1691	-0.1821	0.049	1.0426	-0.0473	0.2352	0.1135	-0.0597	0.8374	-0.0843	0.1295	-6.2094	-3.189	8.7684
7	1.8864	-1.786	-0.25	1.8225	0.7018	1.6582	0.0327	0.2657	-0.6894	0.0374	0.118	0.8355	0.8262	0.2511	-0.1602	0.4661	0.1536	-0.0749	0.1419	0.0171	0.3803	-24.0411	-23.0874	-1.0937
8	1.9337	0.1686	-1.2393	2.0192	0.332	2.3802	0.0192	-0.4602	-0.2151	0.455	0.2087	0.2675	0.3147	0.0423	-0.1448	0.3209	0.1146	0.0543	0.222	0.1131	0.2084	-27.6668	-14.6867	8.0861
9	1.0088	0.2285	-0.5024	1.0101	0.2254	1.985	-0.0935	-0.0661	-0.0949	0.1077	0.3127	-0.2119	0.4567	0.8908	-0.0878	0.2901	0.227	-0.0233	0.3499	0.02	0.1576	-14.9936	-14.8254	2.2431
10	0.4549	-0.4941	0.3438	0.798	-1.1777	2.6853	0.1815	0.0565	0.2843	-0.2536	-0.3636	-0.1184	0.1366	1.3059	0.1672	0.1777	0.11	-0.0258	0.7141	-0.0212	0.2332	-0.7618	-6.373	-6.4907
11	0.3175	-0.1495	0.6002	1.2837	0.8572	2.2075	-0.013	-0.4213	0.1459	0.5316	-0.3772	0.5634	0.3942	-1.541	0.3396	0.2863	-0.1141	0.2619	0.9061	-0.1559	0.3492	-66.4	7.4812	12.8767
12	1.3315	-0.1017	0.0608	1.9524	0.9849	2.4573	-0.1022	-0.4917	-0.0951	0.4964	-0.0096	0.0912	0.5111	-0.2976	0.1189	0.2958	0.0329	0.0632	0.3606	0.0448	0.1456	-48.7951	4.5593	8.3946
13	2.6019	-0.1342	1.7169	2.5175	1.1337	2.5164	-0.0656	-0.323	0.065	0.2867	0.2331	-0.268	-0.0555	0.1683	-0.1429	0.2302	0.0876	-0.0156	0.2332	-0.0451	0.1842	-36.9294	16.5213	7.1632
14	0.9999	0.0068	-0.7712	0.9638	0.2498	0.6568	-0.1752	-0.0386	0.1087	-0.1511	0.0577	0.1625	-0.2381	-0.413	0.1016	0.2943	0.1941	-0.0052	0.2015	-0.0573	0.1612	-48.4364	21.866	3.5695
15	0.0732	0.1602	-0.1977	2.0964	0.5474	2.7582	-0.1107	0.0373	0.016	0.2374	-0.1733	0.7049	0.2455	-1.1661	0.2472	0.2031	-0.0593	0.1006	0.5775	-0.0537	0.3595	-62.9174	3.0956	-0.5818
16	2.2348	0.3645	-1.023	1.031	0.4412	2.5345	0.0135	0.3604	-0.0537	-0.0251	0.0832	0.008	0.7278	0.115	-0.0728	0.2721	0.0495	0.0156	0.1227	-0.0139	0.2088	-41.1885	-8.4707	-22.6486
17	2.6235	-0.0782	0.2147	2.6575	1.1916	3.8377	-0.0075	0.0677	-0.346	0.1178	-0.1912	0.4331	0.6893	-0.7009	0.2034	0.2719	-0.152	0.0417	0.2381	0.0108	0.3584	-57.531	-9.0891	-16.4639
18	4.3032	0.4744	1.3805	1.3258	-0.3374	2.6725	0.1787	0.8562	0.4187	-0.1702	-0.0001	0.2029	0.0182	-0.3336	-0.1693	0.1176	0.038	-0.0001	0.4672	0.1427	0.27	-65.4311	8.1361	-27.2555
19	2.7868	-1.1701	0.8963	0.4838	-0.491	1.7217	-0.0129	0.3335	0.5034	0.0209	-0.2527	-0.3088	0.1548	-0.1085	0.2778	0.1694	-0.0231	0.0838	0.1859	0.0756	0.3156	-53.0109	4.4378	-18.6903
20	1.8858	-0.2886	-1.0626	0.5118	0.835	1.5582	-0.0866	-0.1563	0.3943	0.2144	0.226	0.0174	-0.1631	0.0022	-0.1206	0.1404	0.0377	0.0092	0.1125	0.0315	0.206	-41.6184	1.7233	-10.4396

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 432:483)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 484:535)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 536:712)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 713:769)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 770:799)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 432:534)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 535:673)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 674:726)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 727:775)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 776:799)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 432:482)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 483:668)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 669:726)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 727:763)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 764:799)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 431:483)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN D AND RESID 484:535)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN D AND RESID 536:741)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 742:775)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 776:799)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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