PDB-3g3g: Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer K665R ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g3g

タイトル

Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer K665R mutant with glutamate and NaCl at 1.3 Angstrom resolution

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Cell junction / Cell membrane / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Postsynaptic cell membrane / Receptor / RNA editing / Synapse / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.303 Å

データ登録者

Chaudhry, C. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Stability of ligand-binding domain dimer assembly controls kainate receptor desensitization.
著者: Chaudhry, C. / Weston, M.C. / Schuck, P. / Rosenmund, C. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2009年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g3g.cif.gz	228.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g3g.ent.gz	186.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g3g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g3g_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g3g_full_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示
XML形式データ	3g3g_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	3g3g_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g3g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g3fC 3g3hC 3g3iC 3g3jC 3g3kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g3i-d 3g3j-d 3g3h-d 4bdm-1 4bdl-d 2xxw-d 3g3f-d 2xxu-d 2xxx-2 4bdn-1 3g3k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.990, 113.532, 52.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The native protein is believed to be a dimer of dimers; only 1 copy of the dimer formed by chains A and B is present in this crystal form.

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6 分子量: 29399.648 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 429-544, 667-806 / 変異: K696R / 由来タイプ: 組換発現詳細: The K665R mutation was created intentionally. The 1st residue is a vector encod ed affinity tag fragment. Residues 398-513 and 636-775 are coupled by a syntheti c GT peptide. The numbering is ...詳細: The K665R mutation was created intentionally. The 1st residue is a vector encod ed affinity tag fragment. Residues 398-513 and 636-775 are coupled by a syntheti c GT peptide. The numbering is for the mature protein after cleavage of the 31 A A signal peptide. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GriK2 / プラスミド: pET22B modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrigamiB (DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% PEG 4K, 13% ISOPROPANOL, 0.1 M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→30 Å / Num. obs: 130744 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.303→29.256 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement was started with Refmac_5.2. The final rounds of refinement were performed with phenix and included occupancy refinement for ions, and for residues with alternative conformations.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1676	6491	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1463	-	-	-
all	0.1474	129531	-	-
obs	0.1474	129531	99.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.247 Å² / k_sol: 0.425 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.303→29.256 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8702	0	38	663	9403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	8863
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.392	16115
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.121	665
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1343
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.222	2296

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3031-1.3179	0.2415	193	0.2175	3724	X-RAY DIFFRACTION	91
1.3179-1.3334	0.2328	223	0.2055	4052	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3334-1.3497	0.2089	256	0.1874	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3497-1.3668	0.2011	217	0.1786	4126	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3668-1.3848	0.1914	210	0.1721	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3848-1.4037	0.1977	209	0.1642	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4037-1.4238	0.1685	208	0.157	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4238-1.445	0.1765	218	0.1515	4120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.445-1.4676	0.1709	188	0.1471	4120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4676-1.4917	0.1695	228	0.1384	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4917-1.5174	0.15	209	0.1304	4085	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5174-1.545	0.1585	208	0.1265	4152	X-RAY DIFFRACTION	100
1.545-1.5747	0.1613	201	0.1267	4141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5747-1.6068	0.1428	209	0.1258	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6068-1.6418	0.1548	211	0.1245	4127	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6418-1.68	0.1607	220	0.1303	4135	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.722	0.1651	189	0.1351	4111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.722-1.7685	0.1684	228	0.1273	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7685-1.8205	0.1492	226	0.1314	4151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8205-1.8793	0.143	213	0.1342	4087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8793-1.9465	0.1507	240	0.1318	4107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9465-2.0244	0.1668	208	0.1304	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0244-2.1165	0.1624	218	0.1261	4138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1165-2.228	0.14	209	0.124	4112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.228-2.3676	0.1428	231	0.1265	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3676-2.5503	0.1613	229	0.1405	4125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5503-2.8067	0.1885	236	0.1439	4098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8067-3.2124	0.1725	211	0.1488	4146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2124-4.0456	0.1372	240	0.1373	4113	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0456-29.2636	0.181	205	0.1516	4184	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7456	0.3053	-0.0929	1.3219	-0.1225	0.9459	-0.0538	0.1008	0.1087	-0.2567	0.0665	0.0263	-0.0867	-0.0025	-0.0212	0.1316	-0.0105	0.0015	0.0852	0.0228	0.085	14.8148	29.4656	-5.4539
2	0.6291	0.3798	0.3069	1.4216	0.4492	0.6182	0.0225	-0.0145	0.0465	0.0852	0.0078	-0.0923	0.0004	0.0454	-0.0234	0.0598	-0.0024	0.0069	0.0522	-0.0026	0.0549	21.6617	31.8368	15.3981
3	0.4686	0.0792	0.0454	0.8755	-0.1184	0.4595	-0.0173	0.0709	-0.0255	-0.141	0.0126	-0.0724	0.0995	0.0333	-0.0051	0.1021	-0.0015	0.0108	0.0822	0.0045	0.0747	17.2158	15.3701	-1.5769
4	1.0146	-0.0496	-0.21	0.826	0.053	0.714	0.0149	-0.0558	-0.056	0.0277	0.0133	0.0689	0.0183	-0.0329	-0.0255	0.0265	-0.0044	-0.0091	0.0409	0.0106	0.0374	5.0989	0.6479	16.6813
5	1.3402	-0.1947	0.0892	0.7258	-0.0202	0.7343	0.0343	-0.0343	-0.0689	-0.0032	-0.0337	-0.0542	0.056	0.0698	-0.0011	0.048	0.0052	0.0005	0.0631	0.0018	0.0574	27.4059	-4.9062	11.581
6	0.5174	-0.0246	-0.0891	0.5479	-0.2563	0.5276	0.0302	-0.0465	0.1105	0.071	0.0101	0.0268	-0.0903	0.0232	-0.04	0.0782	-0.0022	0.0043	0.0715	-0.0075	0.0777	7.9562	12.9801	17.5559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 3:86)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 87:218)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 219:253)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 2:108)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 109:216)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 217:253)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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