PDB-4bdn: Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bdn

タイトル

Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex with glutamate

要素

GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

キーワード

METAL TRANSPORT / IONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR / KAINATE RECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

引用

ジャーナル: Open Biol. / 年: 2013
タイトル: Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
著者: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

履歴

登録	2012年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月12日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月29日	Group: Data collection
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bdn.cif.gz	411 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bdn.ent.gz	338.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bdn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4bdn_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bdn_full_validation.pdf.gz	479.6 KB	表示
XML形式データ	4bdn_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	4bdn_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bdlC 4bdmC 4bdoC 4bdqC 4bdrC 2xxrS 1s50 1s7y 1s9t 1sd3 1tt1 1yae 2i0b 2i0c 2xxt 2xxu 2xxv 2xxw 2xxx 2xxy 4bdp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xxw-d 2xxx-1 2xxx-2 3g3f-d 2xxu-d 4bdl-d 3g3g-d 4bdm-1 4bdm-2 3fvk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (14) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

C: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

D: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

D: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.729, 100.133, 126.199
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.983, -0.1786, -0.0432), (-0.1669, 0.7701, 0.6157), (-0.0767, 0.6124, -0.7868)	-24.6489, -7.1795, 13.941
2	given	(-0.9959, 0.0057, -0.0906), (-0.0021, -0.9992, -0.0398), (-0.0907, -0.0394, 0.9951)	-65.3261, -0.1379, -2.7279
3	given	(0.9866, 0.1568, 0.0452), (0.0928, -0.767, 0.6349), (0.1342, -0.6222, -0.7713)	40.0177, 1.0354, 20.4289

#1: タンパク質	GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 / GLUTAMATE RECEPTOR 6 / GLUR-6 / GLUR6 分子量: 29523.787 Da / 分子数: 4 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 25% PEG 4,000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	BESSY	14.2	1	0.91841
シンクロトロン	Diamond	I02	2	1.5498

検出器

タイプ	ID	検出器
MARRESEARCH	1	CCD
ADSC CCD	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91841	1
2	1.5498	1

反射

解像度: 2.5→32.56 Å / Num. obs: 38135 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 31.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XXR

2xxr

解像度: 2.5→32.561 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2479	1908	5 %
R_work	0.1975	-	-
obs	0.2001	38135	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 20.025 Å² / k_sol: 0.312 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.3568 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.7569 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.561 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7902	0	44	337	8283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8362
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.721	10887
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.661	3023
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1371

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5625	0.2922	135	0.2501	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5625-2.6318	0.3199	135	0.2498	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6318-2.7092	0.3218	134	0.2636	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7092-2.7966	0.3194	134	0.2478	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7966-2.8965	0.293	135	0.245	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8965-3.0123	0.277	135	0.2224	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0123-3.1493	0.2794	136	0.2169	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1493-3.3152	0.2785	135	0.2112	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3152-3.5227	0.2745	135	0.2102	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5227-3.7943	0.2497	136	0.2008	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7943-4.1754	0.2209	136	0.1711	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1754-4.778	0.1925	138	0.1373	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
4.778-6.0136	0.1813	139	0.165	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0136-32.5638	0.2214	145	0.1815	2734	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3159	0.459	0.0002	0.6704	-0.1112	2.6454	-0.0156	-0.0447	0.1155	0.0564	-0.0532	0.1973	0.1988	-0.3284	0.0524	0.0304	-0.0245	0.0343	0.072	-0.0049	0.0792	-26.9116	-9.2307	23.9607
2	0.3581	0.0703	-0.3041	0.3483	-0.2998	1.0463	0.0423	-0.1	-0.0315	-0.0568	-0.1127	0.0013	0.0302	0.2732	0.0534	0.0445	-0.0344	-0.0025	0.1247	0.0176	0.0466	-7.5194	-3.081	22.8235
3	1.1763	1.082	-0.9607	1.4346	-0.596	2.2017	0.2179	-0.4126	-0.1298	0.2848	-0.2812	-0.1556	-0.2345	0.7089	0.0507	0.0767	-0.055	-0.0124	0.2386	0.0003	-0.0221	-3.6056	4.6749	31.2152
4	0.2939	0.9668	0.5041	3.1477	1.6331	1.6537	-0.1119	0.0621	0.1303	0.0934	-0.0387	0.4726	0.0287	0.16	0.147	0.0296	-0.0215	0.005	0.0964	0.013	0.0762	-13.9556	2.6675	20.5149
5	0.7818	-0.1052	0.0895	2.4192	2.8589	3.7059	-0.2307	-0.0737	-0.1445	-0.2393	0.102	0.4137	-0.2885	0.3472	0.1208	0.0461	-0.0178	-0.0497	0.0561	0.0586	0.1348	-25.2593	1.1451	12.3251
6	2	7.8529	6.2147	2	2	9.6622	-0.0174	-0.0781	-0.0825	0.28	-0.1576	-0.0646	-0.2201	0.1824	0.1741	0.22	-0.0796	-0.0608	0.1046	0.094	0.0482	-9.6852	-1.3149	24.6039
7	0.6386	0.7253	-0.3729	0.8241	-0.3923	1.1142	0.0267	-0.0654	-0.1372	-0.0426	-0.0088	-0.1742	-0.127	0.4486	0.0032	0.0869	-0.0488	0.0413	0.2128	0.0044	0.1342	1.6539	7.2964	-9.7505
8	1.3139	0.0452	-0.2508	0.4201	-0.339	0.3094	-0.0068	0.1969	-0.0683	-0.0674	-0.0047	0.0311	0.1114	-0.0303	0.0044	0.0714	0.0138	0.0112	0.1243	-0.0143	0.0217	-11.4031	-1.8451	-7.4864
9	1.7142	0.815	-0.9159	0.7188	-1.0116	1.4873	0.136	0.237	0.6145	0.0529	0.2161	0.2787	-0.0688	-0.2203	-0.3462	0.1112	-0.0782	0.067	0.0177	0.2093	0.192	-24.18	17.807	-5.3111
10	1.1935	0.8115	-0.393	0.6135	-0.1217	0.4911	-0.1225	-0.0896	-0.0298	-0.0409	0.1639	0.0084	-0.0564	0.2719	-0.0347	0.0929	-0.0506	-0.0154	0.112	0.0207	0.1155	-10.834	6.6012	1.4011
11	2.2736	-1.4652	0.1933	2.0838	-1.3133	2.1732	-0.0275	-0.2882	-0.4336	0.0996	0.1738	0.1375	-0.2234	0.3694	-0.1416	0.0196	-0.0993	0.0318	0.1838	-0.0158	0.1453	0.2398	10.2341	6.4112
12	2	2	-7.5567	2	2	5.3905	-0.0227	0.0131	-0.0394	-0.0948	-0.054	0.0436	-0.1005	-0.0277	0.0752	0.5505	0.1746	0.1257	0.1967	0.0923	0.0585	-16.3935	8.48	-5.5075
13	0.6881	-0.6441	0.334	0.7247	-0.048	0.8057	-0.0609	-0.0639	-0.0681	0.1289	0.105	0.144	-0.1971	-0.077	-0.0337	0.0879	0.0375	-0.0137	0.0723	0.0252	0.2129	-44.676	8.9987	23.5339
14	0.8695	0.274	-0.2121	0.4082	-0.3161	0.3512	0.0074	0.1052	0.307	0.0433	0.1274	0.1759	-0.0348	-0.2148	-0.1414	-0.0338	0.0833	-0.0574	0.0557	0.1254	0.2365	-58.9018	-0.54	19.5397
15	0.5387	0.2548	-0.3943	1.585	0.1854	1.7269	0.1935	0.0351	0.1414	0.1482	0.0322	0.0716	-0.0849	-0.5518	-0.2206	0.0467	0.0481	0.0174	0.2086	0.0692	0.1157	-64.5783	-5.8283	27.8899
16	0.1265	0.581	-0.3022	2.6211	-1.4107	0.7616	-0.1666	0.1173	-0.1048	0.3692	0.2443	-0.4013	-0.1952	-0.3356	-0.0764	0.09	0.0466	-0.142	0.1723	0.113	0.2399	-53.5321	-2.8363	17.9546
17	2.0362	1.7824	-0.7319	1.9413	-1.3983	1.7912	-0.2219	0.1451	-0.1728	-0.1736	0.2279	-0.1898	0.1844	-0.1628	-0.0085	0.0607	-0.0018	-0.0216	0.0426	0.0284	0.2271	-41.3755	-1.6241	11.227
18	2	2	2	2	2	2	-0.4623	0.1424	0.3056	0.342	0.6061	0.111	-0.1085	-0.2957	-0.1448	0.2182	0.0516	0.0159	0.3071	0.0655	0.3217	-58.1378	0.557	22.4281
19	0.6164	0.5233	0.1194	0.4553	0.0915	0.0283	-0.2807	0.4649	0.4464	-0.2469	0.4281	0.412	0.0081	-0.1958	-0.1237	0.0014	-0.2517	-0.4458	0.3947	0.3585	0.2549	-60.5869	-3.0086	-12.4214
20	1.1058	0.6424	-0.1124	0.406	0.0007	0.1222	-0.1947	0.2716	0.2011	-0.0412	0.1649	0.0258	0.1196	-0.0711	0.0084	0.1064	-0.0913	-0.1125	0.1433	0.113	0.077	-48.513	-6.5193	-4.4589
21	1.1553	0.2762	-0.2188	1.0788	-0.201	0.0641	-0.1588	0.4234	0.0137	-0.338	0.2592	-0.0914	0.0552	0.0277	-0.0659	0.0055	-0.1915	-0.1024	0.0528	-0.1295	-0.1169	-39.8553	-16.4266	-7.9709
22	0.8751	1.5311	-0.3926	3.3539	-0.6693	0.1724	-0.2717	0.2042	0.1666	-0.2099	0.3137	0.3508	0.1272	-0.1494	-0.0428	0.1843	-0.1289	-0.0927	0.1041	0.0559	0.0861	-53.3285	-12.2851	-1.6702
23	2.7059	-0.3878	2.0527	0.4405	-0.1115	1.6415	-0.3187	-0.0142	0.8254	0.0389	0.1534	0.2296	-0.0163	-0.3724	0.1414	0.0163	-0.0559	-0.0337	0.2487	0.1601	0.4081	-65.1542	-4.5223	3.345
24	9.1602	-6.5404	0.6322	2	0.2977	4.3293	-0.0443	0.22	0.0461	0.0018	0.0012	-0.0217	0.2643	-0.3579	0.0423	0.1448	-0.1433	-0.0443	0.2102	0.0462	0.0366	-48.5955	-8.6099	-7.0939

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 431:483)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 484:677)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 678:746)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND (RESID 747:775 OR RESID 803:804))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 776:801)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 900)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 431:469)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 470:535)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 536:747)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND (RESID 748:783 OR RESID 803:804))
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 784:801)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 900)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 431:499)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 500:678)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 679:746)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND (RESID 747:775 OR RESID 803:804))
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 776:801)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 900)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 432:498)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 499:675)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN D AND RESID 676:742)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND (RESID 743:774 OR RESID 803:804))
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 775:801)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 900)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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