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- PDB-4bdn: Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bdn | ||||||
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Title | Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex with glutamate | ||||||
![]() | GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / IONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR / KAINATE RECEPTOR | ||||||
Function / homology | ![]() mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding / receptor clustering / modulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of JNK cascade / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / neuronal action potential / behavioral fear response / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / dendrite cytoplasm / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / synapse / dendrite / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements. Authors: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 338.5 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 479.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 54.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4bdlC ![]() 4bdmC ![]() 4bdoC ![]() 4bdqC ![]() 4bdrC ![]() 2xxrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 29523.787 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GLU / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 47 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 25% PEG 4,000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.5→32.56 Å / Num. obs: 38135 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 31.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.4 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.56 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2XXR Resolution: 2.5→32.561 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / Phase error: 23.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.025 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→32.561 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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