PDB-4bdl: Crystal structure of the GluK2 K531A LBD dimer in complex with gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bdl

タイトル

Crystal structure of the GluK2 K531A LBD dimer in complex with glutamate

要素

GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

キーワード

METAL TRANSPORT / IONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR / KAINATE RECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

引用

ジャーナル: Open Biol. / 年: 2013
タイトル: Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
著者: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

履歴

登録	2012年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bdl.cif.gz	222.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bdl.ent.gz	178.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bdl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bdl_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bdl_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	4bdl_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	4bdl_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bdmC 4bdnC 4bdoC 4bdqC 4bdrC 1xxrS 1s50 1s7y 1s9t 1sd3 1tt1 1yae 2i0b 2i0c 2xxr 2xxt 2xxu 2xxv 2xxw 2xxx 2xxy 4bdp C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xxx-1 3g3h-d 3g3g-d 4bdm-1 4e0x-d 4bdm-2 4bdn-1 1mqd-2 2xxw-d 2xxy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (14) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.568, 106.611, 113.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2104- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.5052, -0.863, -0.0006), (-0.8628, -0.5051, -0.0236), (0.0201, 0.0125, -0.9997)
ベクター: 23.5707, 41.5805, 40.6379)

#1: タンパク質	GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 / GLUTAMATE RECEPTOR 6 / GLUR-6 / GLUR6 分子量: 29567.842 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 19% PEG 4,000, 3% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→33.92 Å / Num. obs: 59953 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XXR

1xxr

解像度: 1.75→33.924 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2016	2998	5 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1709	59953	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.374 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9166 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.0992 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1827 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.924 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3967	0	22	504	4493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4075
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	5486
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.964	1526
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	691

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7787	0.3002	141	0.2627	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7787-1.8094	0.2561	142	0.2401	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8094-1.8423	0.233	140	0.2108	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8423-1.8777	0.2476	143	0.2003	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8777-1.916	0.2225	140	0.1913	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.916-1.9577	0.2374	142	0.1797	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9577-2.0032	0.2156	141	0.1698	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0533	0.2082	142	0.1573	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0533-2.1088	0.2055	141	0.1582	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1088-2.1709	0.1844	141	0.1609	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1709-2.2409	0.2125	144	0.1636	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2409-2.321	0.2152	141	0.1687	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.321-2.4139	0.2178	143	0.1665	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4139-2.5237	0.2369	142	0.1689	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5237-2.6567	0.2021	143	0.1757	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6567-2.8231	0.2316	142	0.1826	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8231-3.041	0.22	144	0.1764	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.3467	0.2053	144	0.1723	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3467-3.8304	0.1724	145	0.1581	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8304-4.8237	0.1409	146	0.1318	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8237-33.9306	0.193	151	0.176	2864	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0367	0.7371	0.4288	0.567	-0.0577	0.8768	-0.0884	0.1789	0.2135	-0.0311	0.0523	0.006	-0.2274	0.1061	0.0382	0.12	-0.0223	-0.0135	0.0973	-0.0121	0.1351	42.0345	28.3403	13.9602
2	0.7168	0.0295	-0.1032	0.9933	-0.1213	0.0696	-0.0008	0.3516	-0.1501	-0.3847	0.0256	-0.0939	-0.1028	0.1188	-0.0489	0.2284	-0.0478	0.0515	0.1974	-0.0699	0.138	38.0575	12.215	-1.7529
3	0.4365	0.3531	0.6155	1.5592	0.6376	1.4082	-0.1251	-0.0132	-0.0633	-0.148	-0.0034	0.125	-0.1467	-0.0342	0.0896	0.0758	0.0026	-0.0074	0.0708	-0.0329	0.0658	27.2395	15.4128	6.2981
4	3.2217	-0.6322	1.416	2.0438	0.9261	1.9115	-0.121	0.2486	0.1932	-0.3359	-0.1269	0.2267	-0.2929	0.0457	0.2436	0.1565	-0.0012	-0.0432	0.1381	-0.0109	0.158	20.3735	19.1697	0.9398
5	0.6021	0.5933	0.1116	0.6437	-0.1079	0.772	0.0305	-0.0669	0.0132	0.0688	-0.0827	0.0348	0.0682	-0.0666	0.0449	0.0953	-0.0035	0.005	0.0996	-0.0183	0.1033	35.3923	18.7002	22.3294
6	6.0619	-3.3081	4.3476	6.0888	-5.3628	5.2056	0.1802	0.4358	0.0373	-0.4614	-0.2302	-0.0151	0.534	0.0831	0.0406	0.1817	-0.0217	-0.0162	0.2194	-0.0106	0.1301	28.7786	17.0583	5.4178
7	0.4982	0.5552	0.223	0.6893	0.1463	0.2313	0.0012	-0.0504	-0.2129	0.0364	0.0392	0.0012	0.0669	-0.0292	-0.0303	0.1216	0.0085	0.0415	0.0796	0.0291	0.2084	17.1795	-9.1157	29.3163
8	2.6145	1.4451	0.212	0.9789	0.764	2.3262	-0.111	0.1238	-1.076	0.0085	0.1806	-0.6916	0.4952	0.0496	0.0949	0.1913	-0.0069	0.1094	0.1014	-0.0892	0.4406	25.9767	-10.0448	23.8264
9	1.3887	0.3982	0.5295	1.4183	0.1007	1.0548	-0.0016	-0.1145	-0.2931	0.2387	0.0338	-0.2525	-0.0363	0.1104	-0.0309	0.1539	0.0003	-0.0095	0.1359	0.0181	0.1647	32.1947	2.6339	34.1245
10	1.8413	-0.4935	-0.8491	1.2409	0.0919	0.9706	-0.0252	-0.2518	-0.0908	0.1812	-0.0145	0.093	-0.1243	0.1013	0.0257	0.1457	0.009	0.036	0.1196	-0.0141	0.1021	15.4112	15.4693	40.3905
11	0.9942	0.6855	-0.0974	0.7537	-0.0968	0.6772	-0.1328	0.148	-0.2397	-0.0336	0.1089	-0.1117	0.0135	0.0477	0.0139	0.113	-0.0065	0.0333	0.1139	-0.0377	0.1676	25.2271	0.941	18.8662
12	7.6928	0.1062	-6.2942	2.3428	0.6036	5.3535	-0.1143	-0.5927	0.0285	0.0546	0.2964	-0.193	-0.2204	-0.0391	-0.1808	0.186	0.0662	0.0683	0.2074	-0.0001	0.1705	23.105	7.4836	35.8142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 430:482)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 483:497)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 498:681)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 682:763)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 764:806)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 900)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 430:467)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 468:484)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 485:536)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 537:763)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 764:806)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 900)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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