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Yorodumi- PDB-4bdo: Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bdo | ||||||
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Title | Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex with kainate | ||||||
Components | GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / IONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR / KAINATE RECEPTOR | ||||||
Function / homology | Function and homology information mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding / receptor clustering / modulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of JNK cascade / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / neuronal action potential / behavioral fear response / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / dendrite cytoplasm / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / synapse / dendrite / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | RATTUS NORVEGICUS (Norway rat) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T. | ||||||
Citation | Journal: Open Biol. / Year: 2013 Title: Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements. Authors: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bdo.cif.gz | 406.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bdo.ent.gz | 334.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bdo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4bdo_validation.pdf.gz | 486.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4bdo_full_validation.pdf.gz | 499.5 KB | Display | |
Data in XML | 4bdo_validation.xml.gz | 38.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4bdo_validation.cif.gz | 51.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4bdlC 4bdmC 4bdnC 4bdqC 4bdrC 2xxtS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 29523.787 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) RATTUS NORVEGICUS (Norway rat) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: P42260 #2: Chemical | ChemComp-KAI / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-GLU / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE (KAI): D 900 IS KAI FOR ALT CONF A AND GLU FOR ALT CONF B ...3-(CARBOXYMET | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 47 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 27% PEG 4,000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.95 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→40.79 Å / Num. obs: 35522 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 42.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.62 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2XXT Resolution: 2.55→40.785 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / Phase error: 26.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.456 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→40.785 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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