PDB-4bdo: Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bdo

タイトル

Crystal structure of the GluK2 K531A-T779G LBD dimer in complex with kainate

要素

GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

キーワード

METAL TRANSPORT / IONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR / KAINATE RECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

引用

ジャーナル: Open Biol. / 年: 2013
タイトル: Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
著者: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

履歴

登録	2012年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bdo.cif.gz	405.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bdo.ent.gz	334.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bdlC 4bdmC 4bdnC 4bdqC 4bdrC 2xxtS 1s50 1s7y 1s9t 1sd3 1tt1 1yae 2i0b 2i0c 2xxr 2xxu 2xxv 2xxw 2xxx 2xxy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bdn-2 4gvt-1 3ijx-1 1my4-1 4up2-1 5m96-d 1mm7-1 6eom-d 4q30-1 4xb0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (14) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

C: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

D: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

D: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.838, 99.819, 124.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9947, -0.0942, 0.0416), (-0.1008, 0.8077, -0.5809), (0.0211, -0.582, -0.8129)	64.1049, 6.9441, 11.181
2	given	(-0.9958, 0.0107, -0.0914), (-0.0077, -0.9994, -0.0324), (-0.0917, -0.0315, 0.9953)	105.8793, 0.4079, 4.7812
3	given	(0.9849, 0.1129, 0.1309), (0.1677, -0.8074, -0.5656), (0.0419, 0.5791, -0.8142)	-40.5954, -7.7137, 10.296

#1: タンパク質	GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 / GLUTAMATE RECEPTOR 6 / GLUR-6 / GLUR6 分子量: 29523.787 Da / 分子数: 4 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-KAI / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / KAINATE / カイニン酸分子量: 213.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅NO₄ / コメント: 神経伝達物質, アゴニスト*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE (KAI): D 900 IS KAI FOR ALT CONF A AND GLU FOR ALT CONF B ...3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE (KAI): D 900 IS KAI FOR ALT CONF A AND GLU FOR ALT CONF B GLUTAMIC ACID (GLU): IS PRESENT AS ALT CONF B FOR RESIDUE 900.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 27% PEG 4,000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.95
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→40.79 Å / Num. obs: 35522 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XXT

2xxt

解像度: 2.55→40.785 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2407	1777	5 %
R_work	0.1913	-	-
obs	0.1938	35522	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.456 Å² / k_sol: 0.325 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.8664 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.5651 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.4315 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→40.785 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7749	0	74	154	7977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8229
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.886	10722
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.733	2973
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1206
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.619	0.4126	135	0.3069	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.619-2.696	0.3583	134	0.2792	2545	X-RAY DIFFRACTION	99
2.696-2.783	0.3393	135	0.2645	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.783-2.8824	0.33	135	0.2516	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8824-2.9978	0.3092	135	0.2273	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9978-3.1342	0.2685	137	0.2127	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1342-3.2994	0.2726	136	0.1992	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2994-3.506	0.2447	135	0.1975	2553	X-RAY DIFFRACTION	99
3.506-3.7765	0.2172	137	0.1782	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7765-4.1562	0.1856	136	0.1593	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1562-4.7569	0.1992	139	0.1352	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7569-5.9901	0.1941	139	0.1724	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9901-40.7898	0.2135	144	0.1838	2722	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.324	0.8278	-0.5594	0.959	-0.8422	1.9589	-0.0163	-0.4539	0.3329	0.1116	0.083	0.2253	-0.3131	-0.1236	-0.0486	0.1419	0.0356	-0.0443	0.1549	-0.0075	0.289	33.2936	3.9141	21.7478
2	0.3016	-0.553	-0.169	2.0837	-0.5496	3.7953	0.172	-0.527	0.4318	0.1442	0.2216	0.6645	-0.1488	-1.0771	-0.2373	0.0945	0.071	0.144	0.5093	0.092	0.3844	18.0076	-4.0167	26.9043
3	2.832	0.6146	0.898	2.3861	-1.3994	1.5368	-0.1423	-0.1955	-0.1784	0.0993	0.2381	-0.504	0.0993	-0.4226	-0.1209	0.1609	0.0232	-0.0142	0.3135	0.0706	0.248	30.5317	-7.0306	23.291
4	1.5378	0.0865	-0.7601	2.2206	-0.8015	0.7835	-0.1728	0.29	-0.1683	-0.4055	0.1742	-0.3279	0.2915	0.0825	0.1234	0.104	0.0071	-0.0934	0.201	0.0314	0.2415	43.7386	-0.3145	11.4062
5	4.012	1.2471	1.8716	1.0392	-1.1592	5.9969	-0.0284	0.065	-0.0179	-0.0366	0.1917	0.0386	0.1462	0.0457	-0.1972	0.4344	-0.1078	0.0381	0.4306	0.067	0.3266	28.0749	0.5734	23.2899
6	2.7018	-0.0559	0.2626	1.915	-0.7652	1.5439	-0.0678	0.3711	-0.0107	-0.2346	0.2189	0.3328	0.1075	-0.1374	-0.1708	0.2212	-0.1034	-0.1599	0.252	0.0985	0.2616	31.0672	-4.6251	-8.22
7	2.1098	-0.3208	-0.3811	1.9554	-1.1964	0.9178	-0.1195	0.4658	0.0778	-0.4376	0.0206	-0.2261	0.0994	0.2104	0.0742	0.2525	-0.0552	-0.0102	0.2706	-0.0854	0.2021	45.7253	-16.1208	-7.9776
8	0.3106	-0.4975	-0.491	3.3314	0.7062	0.6991	-0.1829	0.0228	-0.0353	0.1222	0.2305	0.608	0.1081	0.0012	-0.1437	0.3414	-0.0848	-0.1907	0.2536	0.051	0.3476	32.9777	-13.2091	-1.416
9	0.6175	-0.7278	0.5846	2.1372	-0.6264	1.0565	-0.3621	-0.1349	0.1817	0.031	0.5169	0.2292	0.192	-0.4641	-0.0875	0.1377	-0.0793	-0.0748	0.3243	0.1353	0.4233	20.8064	-3.9479	3.1121
10	2.1028	-0.0651	-0.7245	1.811	2.3888	3.5558	-0.0724	0.1961	0.0896	-0.0868	0.1705	0.0653	0.6447	-0.3243	-0.0467	0.4925	0.0198	-0.0334	0.5688	0.0407	0.2727	36.5589	-8.9596	-7.574
11	1.6538	-0.1203	0.599	2.2493	0.1399	1.2324	-0.2027	-0.4396	0.032	0.1674	0.2347	-0.1194	0.1157	0.0072	-0.035	0.1495	0.053	0.0099	0.2663	-0.0396	0.1321	71.3562	-4.8192	23.6636
12	0.5326	-0.9738	1.0271	5.0893	0.0886	3.5784	-0.3155	-0.38	0.2873	0.4602	0.4668	-1.3937	-0.2574	1.1565	-0.0403	0.2946	0.1041	-0.2593	0.4888	-0.1734	0.3304	84.4311	3.7472	31.287
13	0.3054	0.4441	0.4341	4.6931	3.2027	2.814	-0.2748	-0.2457	0.2137	0.081	-0.1008	0.9842	-0.1385	-0.1436	0.2541	0.2238	0.0436	0.0035	0.2962	-0.0746	0.2807	72.0433	5.1341	22.9564
14	0.645	0.4195	-0.4364	2.4157	1.3889	2.2179	-0.1285	-0.2792	0.011	-0.1643	0.2005	0.1891	-0.3271	0.3903	0.004	0.1105	0.0152	-0.0114	0.2444	-0.0308	0.2827	61.1468	-0.2051	12.2672
15	5.0893	2.6999	2.4637	1.9409	2.5913	4.4377	-0.1878	0.1678	-0.0139	-0.5048	-0.0864	-0.0553	0.0692	-0.0716	0.2978	0.4432	0.0112	0.1664	0.6208	-0.0474	0.2134	75.4707	-1.5427	25.4174
16	1.8926	0.2003	0.2838	1.1549	-0.1913	1.8603	0.0382	0.2954	0.3607	-0.1444	-0.0119	-0.0371	0.1848	0.1609	-0.014	0.2092	-0.0386	0.0613	0.2004	0.0349	0.1865	75.9723	4.8871	-5.8859
17	1.7794	0.132	0.0001	2.2718	-0.0501	1.4546	0.022	0.3154	0.5378	-0.1761	0.2063	0.0885	-0.2235	-0.0857	-0.1849	0.3017	-0.0581	0.0082	0.1925	0.1139	0.3638	63.0933	16.9324	-5.5541
18	2.8818	-1.2465	0.1758	1.8208	-0.5819	1.2131	0.1933	-0.5922	0.1223	-0.2599	-0.0809	0.0855	0.1018	-0.0088	-0.0448	0.1303	0.0524	0.0928	0.224	0.0658	0.3177	79.7439	-5.4898	2.522
19	1.3012	0.7749	-1.1497	3.5032	-0.4265	2.2083	-0.1126	-0.4478	0.3781	0.1806	0.1987	0.3134	-0.4331	0.7604	-0.1826	0.2161	-0.058	0.0737	0.3708	-0.0721	0.4653	85.7812	10.6668	6.3002
20	0.2066	0.4138	-0.1018	1.0413	-0.2931	0.0877	0.012	-0.0808	-0.0039	-0.0089	0.0766	-0.0367	-0.0435	0.1331	-0.0472	0.8655	0.205	0.3564	0.3626	0.1344	0.5198	69.6054	8.5731	-5.9465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 431:683)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 684:728)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND (RESID 729:773 OR RESID 804))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 774:800)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 900)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 431:677)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 678:742)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND (RESID 743:773 OR RESID 804))
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 774:800)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 900)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 431:684)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 685:736)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND (RESID 737:773 OR RESID 804))
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 774:800)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 900)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 431:677)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN D AND (RESID 678:762 OR RESID 804))
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN D AND RESID 763:785)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 786:800)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 900)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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