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万見
- PDB-4xb0: Structure of the Plk2 polo-box domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xb0
タイトルStructure of the Plk2 polo-box domain
要素Serine/threonine-protein kinase PLK2
キーワードTRANSFERASE / polo-box domain / Polo-like kinase 2 / Plk2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of centriole replication / Rap protein signal transduction / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / polo kinase / ATP-dependent protein binding / long-term synaptic depression / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cellular senescence ...regulation of centriole replication / Rap protein signal transduction / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / polo kinase / ATP-dependent protein binding / long-term synaptic depression / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of autophagy / NPAS4 regulates expression of target genes / centriole / negative regulation of angiogenesis / mitotic spindle organization / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of synaptic plasticity / kinetochore / memory / long-term synaptic potentiation / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein catabolic process / spindle pole / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / dendrite / negative regulation of apoptotic process / chromatin / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PLK2, catalytic domain / POLO box domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PLK2, catalytic domain / POLO box domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein kinase PLK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Kim, J.H. / Ku, B. / Kim, S.J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea2011-0030027 韓国
Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology Research Initiative Program 韓国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of the polo-box domain of human Polo-like kinase 2
著者: Kim, J.H. / Ku, B. / Lee, K.S. / Kim, S.J.
履歴
登録2014年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK2
B: Serine/threonine-protein kinase PLK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4895
ポリマ－50,3232
非ポリマー1663
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)152.292, 152.292, 152.292
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK2 / Polo-like kinase 2 / hPlk2 / Serine/threonine-protein kinase SNK / hSNK / Serum-inducible kinase


分子量: 25161.703 Da / 分子数: 2 / 断片: polo-box domain, UNP residues 468-685 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK2, SNK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9NYY3, polo kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.26 M sodium phosphate, 0.14 M potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 16508 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 22.1 % / Net I/σ(I): 48.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: the polo-box domain of Plk1

解像度: 2.701→26.922 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.76 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 1622 10 %
Rwork0.2251 --
obs0.2289 16221 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→26.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3438 0 7 22 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0484774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9521284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004606
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7006-2.780.3641340.33681197X-RAY DIFFRACTION99
2.78-2.86960.34921340.31071216X-RAY DIFFRACTION99
2.8696-2.97210.3261320.28621193X-RAY DIFFRACTION99
2.9721-3.09090.30361310.27331190X-RAY DIFFRACTION100
3.0909-3.23140.31811390.26711212X-RAY DIFFRACTION100
3.2314-3.40140.26911350.24991206X-RAY DIFFRACTION100
3.4014-3.61410.27671300.2381214X-RAY DIFFRACTION100
3.6141-3.89230.26211350.21861208X-RAY DIFFRACTION100
3.8923-4.28260.22811370.19171225X-RAY DIFFRACTION100
4.2826-4.89910.20071380.17211223X-RAY DIFFRACTION100
4.8991-6.16020.25171370.22221241X-RAY DIFFRACTION100
6.1602-26.9230.24941400.19661274X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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