[日本語] English
万見
- PDB-4pfw: Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide ABC transpor... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pfw
タイトルCrystal structure of mannohexaose bound oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (TM1226) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.2 A resolution
要素ABC transporter substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / oligopeptide ABC transporter / periplasmic oligopeptide-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannoside ABC transport system, sugar-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Lu, X. / Ghimire-Rijal, S. / Cuneo, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
著者: Ghimire-Rijal, S. / Lu, X. / Myles, D.A. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2014年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年11月5日Group: Database references
改定 2.02017年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate-binding protein
B: ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,45714
ポリマ－127,6702
非ポリマー2,78712
水9,512528
1
A: ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2357
ポリマ－63,8351
非ポリマー1,3996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2237
ポリマ－63,8351
非ポリマー1,3886
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.548, 194.227, 159.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-734-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 ABC transporter substrate-binding protein / Mannoside ABC transport system / sugar-binding protein


分子量: 63835.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: THEMA_08200, Tmari_1233 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4FEC0
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpa1-4DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 538分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 2.2 M AmSO4, 0.2 M tri-Li Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→50 Å / Num. obs: 76389 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.198→2.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.198→44.862 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 3844 5.04 %
Rwork0.1643 --
obs0.167 76290 96.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.198→44.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8826 0 179 528 9533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07412849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5893399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.198-2.22570.35421260.26372527X-RAY DIFFRACTION91
2.2257-2.2550.29921320.25292673X-RAY DIFFRACTION97
2.255-2.28590.3341560.24142626X-RAY DIFFRACTION97
2.2859-2.31860.32411470.23312674X-RAY DIFFRACTION97
2.3186-2.35320.31741370.22822620X-RAY DIFFRACTION97
2.3532-2.390.26621420.22842638X-RAY DIFFRACTION96
2.39-2.42910.28981490.21922643X-RAY DIFFRACTION96
2.4291-2.4710.25591380.20662629X-RAY DIFFRACTION96
2.471-2.51590.28811540.20452619X-RAY DIFFRACTION97
2.5159-2.56430.23481370.20352649X-RAY DIFFRACTION96
2.5643-2.61670.23981280.20132677X-RAY DIFFRACTION96
2.6167-2.67360.28081380.18992639X-RAY DIFFRACTION96
2.6736-2.73570.28811400.19412653X-RAY DIFFRACTION96
2.7357-2.80410.28411330.19072681X-RAY DIFFRACTION97
2.8041-2.880.25621480.19272642X-RAY DIFFRACTION96
2.88-2.96470.22431260.18322687X-RAY DIFFRACTION97
2.9647-3.06040.26721350.19182667X-RAY DIFFRACTION97
3.0604-3.16970.25791430.17542676X-RAY DIFFRACTION97
3.1697-3.29660.25041530.1712685X-RAY DIFFRACTION97
3.2966-3.44660.24191460.16422689X-RAY DIFFRACTION97
3.4466-3.62820.21671260.16012753X-RAY DIFFRACTION98
3.6282-3.85540.18311520.13732758X-RAY DIFFRACTION99
3.8554-4.15290.15631380.12812774X-RAY DIFFRACTION99
4.1529-4.57040.15651590.11832760X-RAY DIFFRACTION99
4.5704-5.23090.1581480.12262777X-RAY DIFFRACTION99
5.2309-6.58710.19251750.15292767X-RAY DIFFRACTION99
6.5871-44.87160.19631380.15452863X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.56531.54160.53922.27140.00873.07310.2742-0.67780.21450.4781-0.52070.39150.2831-0.75560.23390.3421-0.17440.00510.769-0.09070.399-43.8246-51.004625.7846
22.45540.80240.79211.58050.0653.27250.4016-1.0083-0.24980.5602-0.3415-0.1160.5286-0.5369-0.03970.4751-0.2064-0.05520.67230.05590.3083-23.1471-50.096739.1087
31.69870.63381.05881.59390.91142.39310.2786-0.84710.08590.3132-0.38670.31720.2054-0.82990.07950.3195-0.14450.04580.7294-0.08220.3384-39.5322-48.363229.0064
42.546-0.8660.64889.75151.09372.18370.0601-0.1792-0.1963-0.10730.0416-0.06740.0948-0.0416-0.09230.1735-0.04640.01570.2762-0.00030.1867-30.476-60.40026.9451
52.85081.15281.44791.80451.44232.3694-0.0220.2443-0.3093-0.12670.1711-0.42730.10390.3908-0.13760.34640.0252-0.00320.31950.03160.4161-20.3515-60.68475.145
62.81711.00870.92961.64540.91111.61660.3059-0.3605-0.66490.2984-0.1393-0.29190.6207-0.1132-0.14850.4497-0.0356-0.10170.26920.11630.4352-32.1807-72.872511.3851
74.83112.45171.07155.0861-0.06953.05950.3255-0.6157-0.76080.4158-0.1291-0.99610.57620.1959-0.17120.43270.0553-0.18480.39030.09540.6155-12.1837-66.992821.2281
81.31160.2343-0.31174.18671.89021.65250.14-0.37610.2009-0.0865-0.17190.253-0.086-0.21120.02870.24260.0049-0.04550.381-0.0650.2707-33.1864-44.645315.9216
91.56120.2076-2.60185.35242.49835.75350.11120.15260.1839-0.1605-0.2206-0.4083-0.53470.03130.10530.2104-0.0559-0.05420.26330.02380.31021.5724-24.647620.9372
101.0624-1.027-0.28731.72760.73521.5736-0.1007-0.22320.16030.0486-0.1970.377-0.1904-0.59650.26950.25260.0711-0.03350.4161-0.11360.3307-21.434-25.914727.3588
113.8304-0.0721.09261.5022-0.04342.6572-0.0018-0.19830.47460.0092-0.18450.2903-0.5742-0.54790.17410.38310.1177-0.03960.3617-0.10120.3281-16.31-14.618431.1171
121.78330.4062-0.93250.8553-0.3592.9209-0.0626-0.1779-0.05610.0421-0.0626-0.18150.11020.2640.14030.21550.0426-0.0270.25710.01450.24151.4964-30.907625.0041
132.05250.009-0.18750.9398-0.20912.0549-0.08210.22350.0529-0.3219-0.0140.0825-0.0014-0.03910.11030.38720.0118-0.02240.2716-0.04540.2966-12.05-28.108-1.1667
142.8817-0.40730.65512.5943-0.12422.206-0.25850.99410.6958-0.8322-0.150.097-0.8260.2750.31060.8486-0.0238-0.07430.50860.15690.5036-6.5072-11.0473-16.2489
153.1995-0.25091.46312.51860.09133.7157-0.1470.23980.362-0.5186-0.0591-0.0833-0.4750.41880.23680.4271-0.01870.03610.25340.05760.3495-1.6391-17.4744-3.6305
162.49551.20910.44573.205-1.29642.6249-0.259-0.14340.6916-0.0281-0.0310.1357-0.7243-0.17820.3090.49510.1051-0.11830.2626-0.01560.4411-14.5459-13.3547.1053
173.49420.9332-0.98372.8113-0.85253.0152-0.0608-0.22440.7022-0.3330.04850.6568-0.5203-0.64080.02180.48280.1964-0.18450.4538-0.0850.6551-29.3177-14.47825.5683
181.20720.00271.16982.0707-1.9755.85690.0477-0.0839-0.0237-0.1607-0.0785-0.00940.10830.01650.00960.19680.02030.01230.209-0.01470.2257-8.2178-35.579614.8323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 252 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 253 through 301 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 302 through 347 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 348 through 466 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 467 through 505 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 506 through 560 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 21 through 51 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 52 through 91 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 92 through 189 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 190 through 239 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 240 through 347 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 348 through 387 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 388 through 424 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 425 through 466 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 467 through 505 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 506 through 560 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る