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Yorodumi- PDB-6coj: Crystal structure of Rhodococcus jostii RHA1 IpdAB E105A COCHEA-C... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6coj | ||||||
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Title | Crystal structure of Rhodococcus jostii RHA1 IpdAB E105A COCHEA-COA complex | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / Cholesterol / Ring cleaving / virulence factor | ||||||
Function / homology | Function and homology information Lyases; Carbon-carbon lyases; Other carbon-carbon lyases / CoA-transferase activity / cholesterol catabolic process / lyase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhodococcus jostii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: IpdAB, a virulence factor inMycobacterium tuberculosis, is a cholesterol ring-cleaving hydrolase. Authors: Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6coj.cif.gz | 264.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6coj.ent.gz | 209 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6coj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6coj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6coj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6co6SC 6co9C 6conC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33735.230 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (bacteria) Strain: RHA1 / Gene: RHA1_ro04651 / Production host: Rhodococcus jostii RHA1 (bacteria) / References: UniProt: Q0S7P9 | ||||
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#2: Protein | Mass: 27538.000 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus jostii (bacteria) / Strain: RHA1 / Gene: RHA1_ro04650 / Production host: Rhodococcus jostii RHA1 (bacteria) / References: UniProt: Q0S7Q0 | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-F8G / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.9 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium potassium tartrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 0.97874 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Dec 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97874 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→48.912 Å / Num. obs: 116084 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 16.09 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0541 / Net I/σ(I): 20.62 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 1.336 / Num. unique obs: 11331 / CC1/2: 0.624 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6CO6 Resolution: 1.4→48.912 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 203.96 Å2 / Biso mean: 24.6529 Å2 / Biso min: 10.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→48.912 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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