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Yorodumi- PDB-5xt6: A sulfur-transferring catalytic intermediate of SufS-SufU complex... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xt6 | ||||||||||||
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Title | A sulfur-transferring catalytic intermediate of SufS-SufU complex from Bacillus subtilis | ||||||||||||
Components |
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Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Iron-sulfur cluster biosynthesis / SUF machinery / Cysteine desulfurase / Sulfur mobilization / Metalloprotein | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Transferases / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / transferase activity / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | ||||||||||||
Authors | Fujishiro, T. / Kunichika, K. / Takahashi, Y. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: J. Am. Chem. Soc. / Year: 2017 Title: Zinc-Ligand Swapping Mediated Complex Formation and Sulfur Transfer between SufS and SufU for Iron-Sulfur Cluster Biogenesis in Bacillus subtilis Authors: Fujishiro, T. / Terahata, T. / Kunichika, K. / Yokoyama, N. / Maruyama, C. / Asai, K. / Takahashi, Y. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xt6.cif.gz | 440.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xt6.ent.gz | 364.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xt6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xt6_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5xt6_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5xt6_validation.xml.gz | 40.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5xt6_validation.cif.gz | 55.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xt6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5xt5C 2azhS 5j8qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
-Zinc-dependent sulfurtransferase ... , 2 types, 2 molecules DC
#1: Protein | Mass: 17256.633 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (strain 168) (bacteria) Strain: 168 / Gene: sufU, iscU, nifU, yurV, BSU32680 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: O32163, Transferases |
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#3: Protein | Mass: 17288.697 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (strain 168) (bacteria) Strain: 168 / Gene: sufU, iscU, nifU, yurV, BSU32680 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: O32163, Transferases |
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#2: Protein | Mass: 46618.648 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (strain 168) (bacteria) Strain: 168 / Gene: sufS, csd, yurW, BSU32690 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: O32164, cysteine desulfurase |
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-Non-polymers , 3 types, 7 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M Potassium nitrate and 20 % (w/v) PEG3350, 5 mM L-cysteine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B1 / Wavelength: 1.28229 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2017 / Details: bending magnet | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: fixed exit Si double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.28229 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.5→48.29 Å / Num. obs: 27470 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.518 % / Biso Wilson estimate: 81.168 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 1.207 / Net I/σ(I): 7.62 / Num. measured all: 69158 / Scaling rejects: 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5J8Q, 2AZH Resolution: 3.5→48.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 109.131 / SU ML: 0.703 / SU R Cruickshank DPI: 0.6944 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.741 / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 353.53 Å2 / Biso mean: 117.295 Å2 / Biso min: 47.01 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.5→48.29 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 3.5→3.591 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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