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- PDB-5xt6: A sulfur-transferring catalytic intermediate of SufS-SufU complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xt6
タイトルA sulfur-transferring catalytic intermediate of SufS-SufU complex from Bacillus subtilis
要素
  • (Zinc-dependent sulfurtransferase ...) x 2
  • Cysteine desulfurase SufS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Iron-sulfur cluster biosynthesis / SUF machinery / Cysteine desulfurase / Sulfur mobilization / Metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素 / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / transferase activity / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V ...Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PDA / Zinc-dependent sulfurtransferase SufU / Cysteine desulfurase SufS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Fujishiro, T. / Kunichika, K. / Takahashi, Y.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
JSPS15H04472 日本
JSPS17K14510 日本
Sumitomo Foundation163037 日本
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Zinc-Ligand Swapping Mediated Complex Formation and Sulfur Transfer between SufS and SufU for Iron-Sulfur Cluster Biogenesis in Bacillus subtilis
著者: Fujishiro, T. / Terahata, T. / Kunichika, K. / Yokoyama, N. / Maruyama, C. / Asai, K. / Takahashi, Y.
履歴
登録2017年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU
A: Cysteine desulfurase SufS
B: Cysteine desulfurase SufS
C: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5548
ポリマ－127,7834
非ポリマー7714
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, homologous to (IscS)2-(IscU)2
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10960 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area37330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.930, 73.930, 367.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21C
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNGLYGLYDA6 - 1396 - 139
21ASNASNGLYGLYCD6 - 1396 - 139
12METMETTHRTHRAB1 - 4034 - 406
22METMETTHRTHRBC1 - 4034 - 406

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Zinc-dependent sulfurtransferase ... , 2種, 2分子 DC

#1: タンパク質 Zinc-dependent sulfurtransferase SufU / Putative iron-sulfur cluster assembly scaffold protein SufU / Sulfur acceptor protein SufU


分子量: 17256.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sufU, iscU, nifU, yurV, BSU32680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O32163, 転移酵素
#3: タンパク質 Zinc-dependent sulfurtransferase SufU / Putative iron-sulfur cluster assembly scaffold protein SufU / Sulfur acceptor protein SufU


分子量: 17288.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sufU, iscU, nifU, yurV, BSU32680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O32163, 転移酵素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#2: タンパク質 Cysteine desulfurase SufS


分子量: 46618.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase

-
非ポリマー , 3種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PDA / 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-PROPIONIC ACID / PYRIDOXYL-ALANINE-5-PHOSPHATE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-L-アラニン


分子量: 320.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Potassium nitrate and 20 % (w/v) PEG3350, 5 mM L-cysteine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1.28229 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月8日 / 詳細: bending magnet
放射モノクロメーター: fixed exit Si double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28229 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→48.29 Å / Num. obs: 27470 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.518 % / Biso Wilson estimate: 81.168 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 1.207 / Net I/σ(I): 7.62 / Num. measured all: 69158 / Scaling rejects: 60
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.5-3.62.6020.9841.1521910.4031.23998.2
3.6-3.72.5470.7391.820220.7360.9494.8
3.7-3.82.5920.5972.0617130.7470.75396.7
3.8-3.92.5310.5532.4116020.8060.70193.8
3.9-42.5270.462.813370.8550.58491.5
4-4.12.5130.3133.5413520.8930.39796
4.1-4.22.4260.2653.8911050.9420.33895.8
4.2-4.32.3640.2544.1111140.9180.32496.8
4.3-4.42.2020.1884.8310160.9510.24197.7
4.4-4.52.3410.1615.678710.9710.20398.8
4.5-52.4640.1466.8436050.9770.18498.6
5-62.5310.1267.6239890.9810.15997.9
6-102.6470.0516.643650.9980.06398.8
10-48.292.4480.02234.4111880.9980.02897.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J8Q, 2AZH

5j8q

2azh


解像度: 3.5→48.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 109.131 / SU ML: 0.703 / SU R Cruickshank DPI: 0.6944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.741 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2621 709 5 %RANDOM
Rwork0.2228 ---
obs0.2248 13460 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 353.53 Å2 / Biso mean: 117.295 Å2 / Biso min: 47.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.29 Å2-1.65 Å20 Å2
2---3.29 Å20 Å2
3---10.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→48.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8396 0 44 3 8443
Biso mean--107.96 66.28 -
残基数----1082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0198600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.96111636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.90151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.43625.065383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.579151503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2521538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216408
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D71100.24
12C71100.24
21A259660.11
22B259660.11
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 50 -
Rwork0.358 956 -
all-1006 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.91081.30421.59274.08490.05974.61040.5387-0.1642-0.05820.8251-0.3851-1.50290.5768-0.0069-0.15371.0374-0.0537-0.08530.84940.0010.671322.919-5.5083.611
21.51490.5662-0.79487.62471.27284.5507-0.1823-0.05270.24110.58980.265-0.005-0.09130.2287-0.08270.737-0.0354-0.03640.8881-0.00110.10310.52613.50710.162
33.18260.3915-0.07442.3033-0.09381.6203-0.05330.07510.5114-0.39350.0535-0.2983-0.09130.0279-0.00030.7974-0.11190.04570.81710.04350.14197.88418.603-12.82
412.2834-8.1814-2.631812.309916.217674.8592-0.5804-0.39680.28950.6712-0.1661-0.83061.77891.68090.74650.6457-0.13540.07550.62510.01460.787627.9619.508-2.861
52.77450.68130.37595.0835-0.9323.38820.1350.2428-0.5965-0.05560.0699-0.6040.28890.136-0.20490.9992-0.01230.10480.8262-0.10940.209818.633-8.863-14.985
67.3926-3.05020.24121.88371.03822.0907-0.05380.01280.2223-0.0932-0.15570.0166-0.1542-0.17610.20950.92610.0465-0.03531.09380.00850.14680.94611.73528.684
76.3253-1.152.00116.41474.22456.05380.1871-0.152-0.597-0.2080.2603-0.35290.49880.1192-0.44740.8572-0.18840.07330.81920.09680.11551.186-0.8117.246
81.6371-0.39730.66563.301-0.76062.4034-0.2106-0.23770.46680.12840.10510.6501-0.1053-0.60590.10540.7182-0.1339-0.05361.2683-0.00280.3208-21.35818.9672.023
92.18890.13610.24071.22450.54195.59120.0756-0.2566-0.05190.0360.15730.30770.1667-0.4963-0.23290.8663-0.17450.03590.8890.08180.107-10.7737.3495.726
102.0889-1.3011-0.35321.00860.39450.3248-0.3526-0.54360.37950.24590.12580.0599-0.1879-0.39060.22681.20250.1485-0.15281.7708-0.37560.5263-9.04628.37225.684
119.7321-0.6532.13854.2373-0.37621.2561-0.29780.7690.3162-0.28310.2681-0.0504-0.1226-0.09780.02961.0887-0.06980.07091.0036-0.04930.4288-1.999-21.442-19.366
120.02060.3719-0.512110.7603-14.564719.80390.0821-0.0743-0.00290.1925-0.457-0.1305-0.24890.84840.37491.1192-0.077-0.05521.13630.04930.8606-20.196-22.768-22.897
137.54830.269-2.06475.12332.0293.3-0.57170.7085-0.29520.0090.42360.2868-0.0165-0.42570.14811.1461-0.1004-0.15490.97170.12660.4502-10.153-23.872-13.908
145.27771.0219-6.31220.2289-1.333510.65910.49030.1603-0.49490.1136-0.1127-0.0478-0.1113-0.5273-0.37751.20320.0402-0.09691.0733-0.12250.7779-8.268-30.169-6.815
150.97821.59530.21772.61150.36140.0576-0.26660.2021-0.0237-0.37170.3423-0.0931-0.06340.0199-0.07571.0856-0.08230.02871.09450.05660.5584-5.113-17.51-10.138
16110.3912-50.726455.260829.4284-11.604959.1334-1.2158-1.47892.0854-0.64241.3644-1.6018-4.45720.1503-0.14863.91621.1785-0.48941.8793-0.49930.54189.24138.09530.139
170.44111.0514-0.96612.5865-1.667510.32380.06020.02310.2250.27310.01460.5252-0.7275-0.2895-0.07480.95580.1388-0.18050.965-0.0721.0674-0.48447.28613.817
184.6667-0.5623-1.96175.3228-3.98914.4491-0.56910.56911.49030.22971.20660.4051-0.2615-1.4637-0.63751.6257-0.0852-0.58141.0618-0.15261.56341.72752.6966.98
191.20941.2265-0.73754.20741.98193.00350.6351-0.37980.78210.30870.11320.4836-0.54490.6663-0.74841.4489-0.0106-0.01131.2243-0.17961.3466.12650.01914.45
202.17520.1195-2.65164.6432-2.29354.36350.0936-0.21360.53090.3618-0.1703-1.1301-0.63110.35480.07681.2745-0.0338-0.20071.1096-0.01691.037713.23942.4212.141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3A74 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4A292 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5A302 - 404
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 25
7X-RAY DIFFRACTION7B26 - 77
8X-RAY DIFFRACTION8B78 - 200
9X-RAY DIFFRACTION9B201 - 315
10X-RAY DIFFRACTION10B316 - 405
11X-RAY DIFFRACTION11C6 - 46
12X-RAY DIFFRACTION12C47 - 55
13X-RAY DIFFRACTION13C56 - 103
14X-RAY DIFFRACTION14C104 - 117
15X-RAY DIFFRACTION15C118 - 140
16X-RAY DIFFRACTION16D6 - 12
17X-RAY DIFFRACTION17D13 - 45
18X-RAY DIFFRACTION18D46 - 67
19X-RAY DIFFRACTION19D68 - 83
20X-RAY DIFFRACTION20D84 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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