PDB-6co9: Crystal structure of Rhodococcus jostii RHA1 IpdAB COCHEA-COA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6co9

タイトル

Crystal structure of Rhodococcus jostii RHA1 IpdAB COCHEA-COA complex

要素

Probable CoA-transferase alpha subunit
Probable CoA-transferase beta subunit

キーワード

HYDROLASE / Cholesterol / Ring cleaving / virulence factor

機能・相同性

機能・相同性情報

Lyases; Carbon-carbon lyases; Other carbon-carbon lyases / CoA-transferase activity / cholesterol catabolic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus jostii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: IpdAB, a virulence factor inMycobacterium tuberculosis, is a cholesterol ring-cleaving hydrolase.
著者: Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D.

履歴

登録	2018年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2018年6月13日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	6co6SC 6cojC 6conC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6con-2 6con-1 4bdo-d 6co6-1 6coj-1 4bdn-d 6fur-d 7c4l-1 1h2t-d 1h2u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable CoA-transferase alpha subunit

B: Probable CoA-transferase beta subunit

ヘテロ分子

62.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Probable CoA-transferase alpha subunit

B: Probable CoA-transferase beta subunit

ヘテロ分子

A: Probable CoA-transferase alpha subunit

B: Probable CoA-transferase beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
125 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.294, 69.294, 241.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-692- HOH

#1: タンパク質	Probable CoA-transferase alpha subunit 分子量: 33793.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (バクテリア) 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro04651 / 発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0S7P9
#2: タンパク質	Probable CoA-transferase beta subunit 分子量: 27538.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro04650 / 発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0S7Q0
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-F8G / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (5R,10R)-7-hydroxy-10-methyl-2-oxo-1-oxaspiro[4.5]dec-6-ene-6-carbothioate (non-preferred name) 分子量: 975.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₈N₇O₂₀P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium potassium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.602→48.998 Å / Num. obs: 77704 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.0436 / Net I/σ(I): 31.31
反射シェル	解像度: 1.602→1.66 Å / R_merge(I) obs: 0.4061 / Num. unique obs: 6844 / CC_1/2: 0.934

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CO6

6co6

解像度: 1.602→48.998 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1872	3838	4.95 %
R_work	0.1614	-	-
obs	0.1627	77600	98.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.02 Å² / B_iso mean: 26.7615 Å² / B_iso min: 13.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.602→48.998 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4144	0	78	610	4832
B_iso mean	-	-	70.19	38.91	-
残基数	-	-	-	-	541

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6022-1.6225	0.357	102	0.419	1927	2029	72
1.6225-1.6439	0.3814	147	0.4033	2646	2793	98
1.6439-1.6664	0.3476	145	0.3211	2700	2845	99
1.6664-1.6902	0.2514	138	0.244	2753	2891	100
1.6902-1.7154	0.2164	139	0.1994	2646	2785	100
1.7154-1.7422	0.2	151	0.1752	2741	2892	100
1.7422-1.7708	0.1866	133	0.1669	2715	2848	100
1.7708-1.8013	0.2012	137	0.1722	2731	2868	100
1.8013-1.8341	0.1881	146	0.1795	2714	2860	100
1.8341-1.8694	0.22	148	0.1848	2746	2894	100
1.8694-1.9075	0.1941	156	0.1726	2686	2842	100
1.9075-1.949	0.2278	126	0.1912	2699	2825	99
1.949-1.9944	0.1985	156	0.1654	2763	2919	100
1.9944-2.0442	0.1979	125	0.16	2769	2894	100
2.0442-2.0995	0.1801	156	0.159	2732	2888	100
2.0995-2.1613	0.1949	151	0.1531	2735	2886	100
2.1613-2.231	0.1732	139	0.1565	2770	2909	100
2.231-2.3108	0.2031	134	0.1631	2739	2873	100
2.3108-2.4033	0.1828	156	0.1586	2738	2894	100
2.4033-2.5127	0.1836	153	0.1572	2762	2915	100
2.5127-2.6451	0.1673	151	0.1583	2767	2918	100
2.6451-2.8109	0.1725	136	0.1595	2805	2941	100
2.8109-3.0279	0.197	140	0.1619	2808	2948	100
3.0279-3.3325	0.1848	136	0.1566	2831	2967	100
3.3325-3.8146	0.1596	145	0.1394	2844	2989	100
3.8146-4.8053	0.1484	142	0.1223	2896	3038	100
4.8053-49.0212	0.1994	150	0.1656	3099	3249	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6245	0.5851	-0.4412	0.4903	0.1462	0.7221	-0.001	0.1622	-0.3309	-0.0339	-0.0049	-0.1524	0.1183	0.2755	-0.0119	0.2769	-0.0369	0.0274	0.3444	-0.0077	0.1252	3.7533	-18.0553	-21.5983
2	0.866	0.1985	-0.0364	0.4798	0.1167	1.0339	-0.0274	0.221	-0.009	-0.1315	-0.0217	0.0105	-0.1207	-0.0817	0.0216	0.2876	-0.0426	0.0047	0.2919	-0.0026	0.0879	-11.3725	-8.0781	-24.9306
3	0.7135	0.1005	-0.0165	0.9922	0.3305	0.4721	-0.0273	0.2596	-0.0719	-0.2201	0.052	0.1491	0.0224	-0.0689	0.0575	0.2862	-0.0265	-0.0178	0.3596	-0.009	0.1058	-21.665	-10.4892	-27.196
4	1.3981	-0.9391	0.3456	1.198	-0.7868	0.5912	-0.0115	-0.021	0.0156	0.0035	0.0114	0.0009	0.0005	-0.0814	0.0045	0.2454	-0.0553	-0.0027	0.2469	0.0042	0.0814	-19.3896	-15.8095	-7.0012
5	1.8511	0.0743	-0.8208	1.479	-1.6919	5.0754	0.0283	-0.0965	-0.0334	-0.0486	0.0528	0.154	0.2492	-0.2847	-0.0748	0.2484	-0.1151	-0.026	0.299	0.0016	0.1289	-29.9993	-19.5079	-3.7943
6	0.4159	0.0191	0.0777	0.2414	-0.088	0.5862	-0.0128	-0.0289	-0.0088	-0.0047	-0.0019	-0.0344	0.0105	0.061	0.0143	0.2422	-0.0568	0.007	0.2525	-0.002	0.0829	-5.5553	-10.8764	-11.402
7	2.7686	0.433	-0.1739	0.4492	-1.0479	3.8708	-0.0068	0.1898	-0.0109	-0.0148	0.0178	-0.1935	-0.3673	0.5552	-0.0104	0.2383	-0.0577	0.0322	0.2747	0.0021	0.0998	7.6457	-8.5591	-12.5437
8	1.0581	-0.5047	0.5164	0.9103	-0.7186	2.4622	-0.0268	-0.0326	-0.015	0.1159	-0.04	0.0125	-0.2293	0.046	0.029	0.2332	-0.0584	0.0141	0.2837	0.0166	0.0978	3.5512	-10.0678	-6.1327
9	1.3945	-1.2267	0.5798	2.5032	-1.1091	1.9245	-0.0128	0.023	0.2227	-0.1462	-0.0044	-0.2086	-0.2047	0.1023	0.0617	0.3138	-0.0961	0.0079	0.2897	0.014	0.1082	0.1052	0.5686	-21.3408
10	1.435	0.3304	0.8875	1.4738	0.9842	2.7263	-0.3095	0.4618	0.0638	-0.7307	0.2234	0.0645	-0.5064	0.1144	0.058	0.5426	-0.1578	0.0124	0.43	0.0007	0.1208	-8.8154	1.5262	-36.6765
11	4.3207	-3.5601	-0.7589	8.0902	1.4506	1.9209	-0.0462	0.499	0.388	-0.589	-0.2023	-0.4251	-0.1648	0.1939	0.222	0.451	-0.1346	0.0009	0.4046	0.0529	0.167	1.8113	5.5904	-34.0039
12	2.0708	-1.188	1.2004	2.5643	-1.3834	1.7072	-0.0011	-0.0801	-0.011	0.119	-0.0042	0.0663	-0.0038	-0.1406	-0.0033	0.1968	-0.0173	0.012	0.2192	-0.0105	0.1005	-28.0677	15.356	-5.5443
13	1.9197	-1.0834	0.5749	2.7808	-1.1543	0.462	0.0699	0.2271	0.0531	0.0744	-0.109	-0.0334	-0.0709	-0.0554	0.0443	0.2795	-0.0508	0.0009	0.2528	-0.0173	0.108	-16.1107	13.4831	-2.7222
14	1.3675	0.9104	-0.7937	1.1703	-0.6413	0.4848	-0.0742	0.1108	-0.0583	-0.0852	0.0406	-0.0603	-0.0152	-0.0153	0.0302	0.2419	-0.0504	-0.0044	0.2352	-0.0056	0.0913	-14.2049	-0.0215	-2.3049
15	0.5783	-0.2879	0.2336	1.1533	0.3889	1.0751	0.0337	0.1398	-0.0266	-0.0776	-0.0718	0.1056	0.0836	-0.1189	0.0347	0.2049	-0.0614	-0.0093	0.2891	0.0146	0.1032	-32.763	-1.2388	-15.7219
16	0.1792	0.568	-0.0824	5.5162	-2.12	1.242	-0.0089	-0.1426	-0.0471	0.2387	0.101	0.3169	0.1147	-0.2432	-0.0678	0.2565	-0.0879	0.0154	0.3644	0.0172	0.1375	-36.143	-6.9934	-1.1329
17	3.6563	1.7455	-2.511	3.6319	-1.8153	3.3986	-0.174	0.0138	-0.2025	-0.082	0	0.1442	0.3139	-0.4817	0.1803	0.1737	-0.0757	0.0207	0.3331	0.0005	0.1308	-42.5268	6.4205	-9.593
18	1.9986	1.2552	0.4591	6.2067	0.8205	2.0328	-0.0326	0.0956	0.2368	-0.2112	-0.0066	0.6822	0.0135	-0.6513	0.063	0.1656	-0.0116	-0.015	0.4255	0.0162	0.2274	-47.2774	12.3118	-14.5246
19	4.8773	2.9599	-0.1657	3.2514	-0.0639	1.6814	-0.0234	-0.3348	0.3227	0.2638	-0.0805	0.2406	-0.2513	-0.2529	0.0886	0.2793	0.0424	0.0054	0.2591	-0.0306	0.1711	-32.1548	25.8022	-4.6208
20	6.041	1.9202	5.7733	4.0773	1.6271	2.06	0.0425	0.4913	-0.0494	-0.2943	0.1412	0.0351	-0.2384	-0.1474	-0.2798	0.2661	-0.0127	0.0249	0.32	0.0177	0.1033	-25.422	21.696	-16.3424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )	A	2 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 86 )	A	27 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 104 )	A	87 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 105 through 131 )	A	105 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 155 )	A	132 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 196 )	A	156 - 196
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 197 through 217 )	A	197 - 217
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 218 through 231 )	A	218 - 231
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 232 through 252 )	A	232 - 252
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 253 through 280 )	A	253 - 280
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 281 through 296 )	A	281 - 296
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 7 through 47 )	B	7 - 47
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 48 through 73 )	B	48 - 73
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 74 through 89 )	B	74 - 89
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 90 through 163 )	B	90 - 163
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 164 through 178 )	B	164 - 178
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 179 through 195 )	B	179 - 195
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 196 through 222 )	B	196 - 222
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 223 through 239 )	B	223 - 239
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 240 through 253 )	B	240 - 253

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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